“六教授事件”案发，曾昭抡被打成右派分子并遭革职之后，除了被拉上“斗鬼台”接受批斗，便是猫在自家屋子里痛苦地“反省”。根据上级指示精神，中国科学院化学研究所批判曾氏“反动言行”的大字报也铺天盖地地展开。据胡亚东回忆说：曾昭抡尽管兼任该所所长，但在教育部的工作很忙，很少来化学所，只是每周来一两次，主持重要会议、决策重大事情，日常工作由副所长柳大纲负责。当批斗展开后，“谁也说不出曾到底讲了些什么，做了些什么。他一点分量也没有，轻轻地被送上了舞台。在化学所因为他是所长，所以必须有铺天盖地的大字报，所有大字报的内容都是苍白的。绝大部分写大字报的人既未见过曾，也不知道曾为何许人也，更不知他有什么言论”。这幅图景恰恰反映了历史的诡谲和人生命运的不可捉摸。
令曾昭抡最为痛苦的不是丢掉官帽和接受批斗与凌辱，而是寻找接收工作单位的艰难和不能继续工作的焦虑。自被逐出高教部大门那一天，他就在心中盘算着回北京大学任教，继续自己教书匠的生活，因自己原本就是以北京大学教授、化学系主任、教务长的身份转入政府机关做官的。如今官帽子被咔嚓一下撸掉了，回校当个教书匠总是可以的吧？只是他想得过于简单，在政治风云变幻莫测、人人自危的大趋势中，北大掌权者不敢贸然答应也不可能答应这一要求，曾昭抡在北大校门之外苦苦徘徊而不得入，此为精神上最为沉重的打击。正所谓“时来天地皆同力，运去英雄不自由”。时运已去，往事已矣，再大的英雄也只能对苍天叫喊几声“奈何！奈何！”而又无可奈何！
曾昭抡的同事兼好友、留美博士，曾担任过西南联大化学系主任、联大教务长，时任南开大学校长的杨石先，对曾氏的处境颇为同情，遂产生了冒险“拉兄弟一把”的念头。但当时大学的权力控制在党委手中，并无多少实权的杨石先两次给学校党委打报告，提出要曾氏到南开大学任教，皆未得到如愿的答复。
面对这一上不着天，下不着地，“闲愁最苦”的艰难处境，得知此情的武汉大学校长李达实在不忍听闻，便主动出面聘请曾氏到武大化学系任教。李达之所以在狂飙突起的政治风潮中有些不识时务，或者说胆大包天地如此抉择，与李氏天生具有仗义执言的性格、政治资历以及与毛泽东本人建立的深厚友谊有着密切关联。李达是湖南零陵人，与毛泽东同乡。1920年8月由日本留学归国后，至上海与陈独秀筹建中国共产党小组，主编《共产党》月刊，参加《新青年》编辑事务。1921年与毛泽东一起出席中国共产党第一次全国代表大会，被选为中央宣传主任。同年翻译出版《唯物史观解说》《马克思经济学说》等红色系列书籍。1922年秋应毛泽东邀请，任湖南自修大学校长，并主编《新时代》月刊。原为教务主任的毛泽东因有其他政治使命，只兼任自修大学的教员，当时的教员还有何叔衡、李维汉、夏明翰等人。因自修大学设在原曾国藩祠内的船山学社，而船山学社与曾昭抡的堂姐曾宝荪、堂兄曾约农在曾国藩祠堂内浩园创办的艺芳学校，因争占地盘多次大打出手，虽在当地士绅调解下，船山与艺芳两校筑墙而隔，但以铁器和梭标械斗之事还是时有发生。自修大学进驻后，两家虽未再大打出手，但无论是教员感情还是学校的教学内容都有很大差异，这才有了毛泽东对曾宝荪、曾约农讲的那句话：“你们两位曾先生，书读得好，品德也高尚，可惜我们政见不同。”
继毛泽东之后主持自修大学的李达，与艺芳学校的两位掌门人尽管“道不同”，但私人关系还算和睦，当1923年底，自修大学被湖南军阀赵恒惕查封并强行解散，李达离开船山学社时，已与曾宝荪、曾约农已建立了个人友谊。北伐战争时期，李达出任国民革命军总政治部编审委员会主席。新中国成立后，李达以马列主义哲学家的名头出任湖南大学校长，此后与自北大教务长调任教育部副部长的曾昭抡建立了业务上的关系和个人友谊。这一友谊的建立，除了二人皆为湖南同乡，更重要的还是20年代李与曾氏家族结下的因缘。所谓故交情深，在关键时候便体现了出来。
1952年，随着全国院系调整，湖南大学曾先后更名为中南土木建筑学院和湖南工学院。翌年，63岁的李达调任武汉大学校长。此时的李达与毛泽东仍保持着良好的私人关系，也正因了这层关系，李氏没有把其他的高官大员，特别是中南局、湖北省和武大党委领导班子放在眼里。而除毛泽东之外，其他的一切高官大员暂时对李达也无可奈何。正是李与毛这种特殊的背景和关系，才使李达在故交曾昭抡倒霉，人人避之唯恐不及之时，敢于顶风排浪，不顾“六教授事件”的影响和从上到下掀起的喊打之声，力邀曾氏到武大任教。
1958年4月，在得到中央有关部门批准后，曾昭抡告别爱妻俞大絪，怀着沉重的心情只身一人赴武汉大学化学系报到。按上边要求，曾昭抡由一级教授降为二级，并根据“政治上改造，工作上使用”的原则，武汉大学由一名副校长分工管理曾的工作，每月谈话一次，听取汇报，并明确告诉曾昭抡“只许老老实实接受改造，不许乱说乱动”，否则，党纪国法伺候。
来到武大的曾昭抡自是知道自己的处境和身份，再次显示了湘乡蛮子“埋着脑袋绊犁”的“黄牛性格”，而祖上“好汉打脱牙和血吞”的家训，使他于痛苦中更加省悟了忍韧的重要，自此闭上了嘴巴（当然，也不允许他开口），将自己后半生的全部心血倾注于业务上。因几年没有参与教学工作，曾氏一头扎入图书馆和资料室，开始查阅文献资料，了解最新的前沿科学知识，以便尽快进入已有些陌生的教书先生的角色。对于这一时期的情形，曾昭抡的助手刘基万许多年后仍记忆犹深：“他高度近视，但查资料的速度却十分惊人。只见他小跑一样在书架中穿梭，很快抱出一摞书，摘完后又快速归还原处，马上又抱出一摞。蝇头小字在卡片和笔记本上记得密密麻麻，不少地方还贴上小纸条，精心写着补充或注释。无论是刮风或下雨，严冬或酷暑，总见他穿得比常人少，戴顶褪色的旧帽，脚指头露在鞋外，斜扣着衣扣，提着个旧书包，专心致志地做学问。一天深夜，他提书包回家的路上，不小心撞在树上，碰得满脸是血，跌倒在东山头山坡下，路过的工人听到哼声，才将他扶回家去，第二天他照样上班。”众人皆知，武汉大学校园在著名的珞珈山上，以其地形地物和曾氏的压抑郁闷心情，出现深夜回家撞到树上的情景应是真实的。
1959年底，因曾昭抡确实做到了“老老实实”，没有“乱说乱动”，同时出于业务上需要，被校方任命为化学系元素有机教研室主任。当了主任的曾昭抡除给学生上课和指导教师的教学研究工作，仍是图书馆和阅览室的常客，并以惊人的毅力查阅了近1500篇次文献资料，在两年左右的时间里写出了140万字左右的《元素有机化学》教材，由武汉大学出版社作为内部参考资料出版。这是中国第一部该专业方面的参考书，尽管当时纸张奇缺，印刷水平不高，但该书甫一问世，即在国内化学界产生巨大影响，并受到有关研究单位和高等院校的高度评价，纷纷要求正式出版。未久，中国科学院所属科学出版社派出编辑部负责人专程赴武汉大学找到曾，欲把这部书稿作为国际交流图书由该社作为特约书稿出版。后经曾昭抡带病修改，全稿分为六册交由科学出版社出版。不幸的是，这部丛书只出版两册，“文革”爆发，后四册就此夭折，原稿在“革命”风暴中散失，由此成为曾昭抡死前最大的憾事。
1961年暑假，处于政治旋涡中的曾昭抡仍摆脱不了心中的压抑与苦闷，加之过度劳累，住进北京阜外医院，确诊为淋巴癌，不得不住院通过采取化学疗法控制病情发展。曾氏的爱妻俞大絪闻讯心如刀绞，一方面竭力为曾提供必要的医疗条件；另一方面，千方百计向病人封锁病情消息。经过一个多月的精心治疗，病情得到控制，曾昭抡又回到武大任教，从教师和学生中挑选了7名助手研究有机化学的相关课题。1964年，曾昭抡按惯例向学校党委写的一份思想汇报中称：“我虽年老有病，但精神未衰，自信在党的领导下，还能继续为人民服务10年、20年，以至更长的时间，争取为国家做出更多的贡献。”
曾氏理想虽高，只是命运之神不会遂他之愿了，随着“文革”爆发，他的爱妻俞大絪在不堪凌辱折磨中自杀，而武大党委以“参加武大文化大革命”为由，拒绝曾昭抡赴京办理丧事的请求，一对天作之合的恩爱夫妻，在生命的尽头未能见上最后一面。躺在北大燕园的俞大絪尸体被造反派找人拉于火葬厂火化，骨灰被抛入荒野。曾家的财物全部被造反派没收拉走，住房被他人占领。曾昭抡独自于荒野中翘首北望，含泪祈祷妻子在天堂安息的同时，心中明白，随着妻子撒手归天，自己算是彻底被扫地出门，要做异乡之鬼了。
事实上，就在北京大学进入疯狂“革命”的时候，武汉大学也开始了大规模革命行动。此前，因毛泽东提出“人有多大胆，地有多高产”的口号，身为武汉大学校长的李达认为不合实际，以老同志的资格曾与前往武昌视察的毛泽东当面争论起来，结果是两人争得脸红脖子粗，不欢而散。再后来又由于林彪提出的“天才”、“顶峰”等高帽子问题，李达心中不服，又与前往武汉观察的毛泽东发生了争执。两次争执，使李达在毛泽东心目中的地位一落千丈，并为李的惨死埋下了伏笔。“文革”爆发后，中南局与湖北省委一些平时与李达关系不睦的当权者，见时机已到，开始借机发难，欲置李氏于死地。湖北省委一位当权者公开放言道：“1958、1959年以前咱们对他还有点怕。……我所说的怕，把话说透了，就是因为我们知道李达和毛主席有关系，主席很器重他，表扬过他，主席还叫他编书嘛！后来我们决定打倒他，就不许他走。怕就怕他去北京向毛主席告状。”对方的奇招秘诀果然奏效，再大的英雄身陷绁缧也无计可施，结果是湖北省委发动群众把李达揪出来公开批斗，并以种种方法加以折磨，意在尽快将其置于死地。李达在被斗得奄奄一息之际，偶尔得知毛泽东正在武汉视察的音讯，遂打起精神，想方设法向毛泽东秘密发出了一封简短的求救信：
主席，请救我一命！我写有坦白书，请向武大教育革命工作队取阅为感。
此致最高的敬礼！
李达 七月十九遗憾的是，这封求救信被湖北省委某领导截获扣押，鉴于私拆国家领导人的信件属一种犯罪行为，武汉方面的主政者在不敢烧掉，又不敢长期扣押的两难抉择中，终于想出一条妙计，以平信邮寄的形式发往北京。据他们估计，当毛主席看到这封信的时候，李达应该是一命呜呼了。
8月10日，已回到北京的毛泽东看到了这封信，此时李达尚存一息之气。可惜的是毛泽东只提笔冷冷地批了“陶铸阅后转任重同志酌处”几个字了事。
8月16日，湖北省方面已得知毛主席的态度，一位掌权者率领随员迅速来到武汉大学，召开了师生员工3万人大会。这位掌权者以少见的威风和趾高气扬的口气讲道：“李达，过去我们叫他李老，现在我们叫他老不死。他现在已经搞臭了，你们再用不着斗他了。你们一定要相信省委，把他交给我们处理。让他进博物馆，吃饭、睡觉、拉邑邑！”
8月13日黎明，李达在卧室里突然晕倒，仰卧在地，脸色惨白，口吐鲜血，但校中掌权者不许送医院抢救。直到8月22日，奄奄一息的李达才被送往医院，以“李三”的侮辱性名字（南按：意为李达是武大的“三家村”黑店老板）住院救治。延至8月24日，也就是曾昭抡夫人俞大絪遇难的这一天，李达撒手人寰，含冤死去。李达命赴黄泉，确切地说自李达被揪出批斗之时，就意味着曾昭抡在武汉大学失去了一直庇护、照顾、支持自己的参天大树。当大树摧折，哲人其萎之时，便是曾昭抡死到临头之日。他很快被隔离审查，并在审查中不时被揪上“斗鬼台”，以“全国大右派”、“资产阶级反动学术权威”、“汉奸、刽子手曾国藩的孝子贤孙”等罪名接受批斗与羞辱。每听到高音喇叭广播，曾昭抡便心惊肉跳，随之被拉出去站台批斗并等待棍棒与铜头皮带的伺候。如此反复折磨迫害，曾昭抡体内的癌细胞开始大面积扩散转移，死神已经逼近。在越来越疯狂惨烈的批斗与棍棒、皮带锤击抽打中，曾昭抡几次昏倒，从“斗鬼台”上滚下来。每当醒来，批斗仍按既定计划进行。在一次批斗中，造反派指着曾氏的鼻子恶毒咒骂一阵后，当面揭开了各方人士对本人保密了五年多的“癌症秘密”。站在台上的曾昭抡突闻这一凶讯，全身颤抖，当场小便失禁，从“斗鬼台”滚下来昏死过去。此次重击，曾氏一病不起，大小便亦不自知。延至1967年12月8日，曾昭抡在精神苦痛与病魔双重摧残夹击下悄然死去，终年68岁。
因当时最有可能暗中给予曾昭抡一点照顾的助手已被隔离审查，曾昭抡死后，无人收尸，任其在床上慢慢变质腐臭。多亏未久曾氏有一侄子从外地前来探望叔父，看到了这悲惨的一幕。这位侄儿找了一辆平板车，含泪将曾昭抡已变质的尸体拉到火葬场火化，而后将骨灰撒入长江，随水漂走。
曾昭抡命赴黄泉，对于留在大陆的曾氏家族而言，故事并未结束。“文革”开始不久，南京博物院揭竿而起的造反派在一位司机出身的首领指挥下，浩浩荡荡地来到几十公里之外的南唐二陵所在地——祖堂山下，找到已故院长曾昭燏的埋葬处，欲刨坟掘墓，抛骨扬灰。只是刚动手不久，突然天昏地暗，狂风大作，山谷沟壑飞沙走石，将挥镐弄锹的造反派击打得东倒西歪，睁不开眼睛。少顷，大雨倾盆而下，天地一片混沌。已被风雨跐巴得呈泥猴状的造反派，在急促中集中力量把立于荒草中的曾昭燏墓碑砸毁，四散奔逃。回到博物院的造反派带着恼怒开始抄家，曾昭燏集毕生心血所购置的藏书，一夜之间被抄没，凡稍微值钱的家具与生活用具也一扫而光。曾昭燏身死灵谷寺的前两年，她的二妹、时任北京第三医院院长兼北京市卫生学校校长的曾昭懿，因身体不好和一直未婚，调往南京鼓楼医院工作，每天门诊半日，吃住则和姐姐曾昭燏在一起。对于这位妹妹，曾昭燏有一段深情的回忆：“昭懿在小的时候，因为生的不好看，父母不钟爱，只有我袒护她，所以她和我友谊最深。”正是这段深挚的情感，曾昭懿在生命的晚年来到姐姐身边相依为命。想不到好日子仅过了两年余，随着曾昭燏家被抄，其妹曾昭懿被扫地出门，先是流浪街头，后被安排到宁海路鼓楼医院一间破旧的职工宿舍居住。到了1969年，曾昭懿因家庭出身和年轻时在重庆中央医院工作的经历，被红卫兵拖出来逼迫交代和认罪，折腾了几个星期，又被造反派关在宿舍中反思，因门被从外面锁死，造反派又忙于批斗其他的牛鬼蛇神，曾昭懿于这年7月被活活饿死于狭小简陋的宿舍中。曾经盛极一时，诗书传家延绵五代之久的湘乡荷叶塘曾氏家族，随着曾昭抡、曾昭燏兄妹这两颗耀眼明星的陨落，其家族成员在大陆的声名渐渐淡出了人们的视线——声播四方、名扬天下的豪门世家，连同这个世家的文化遗存，在精神层面上已香销玉殒，消散殆尽，于日后的神州大地不复见矣。