事件的起因是南开大学外文系召开批判“俞平伯研究”的讨论会上，以巫宁坤、李天生为首的几位外文系教授，按规定批了一通俞平伯的错误思想，话题逐渐转向了外文系领导人，对系领导专断和不民主的作风以及学术水平低下提出了批评，同时对南开大学如何改进教学工作提出了批评性意见和建议。当时的穆旦也准备了发言稿，但他刚讲了一句话，就被早已气灌心胸、怒冲丹田的会议召集人厉声打断，不许其继续讲下去。穆旦见来势凶猛，揣起发言稿起身离开了会场。巫宁坤等教授面对召集人如此粗暴蛮横大为不满，指责其“这种做法不对，要让大家把话说完”。召集人眼看几个书生竟敢当面对自己不敬，且还顶撞起来，怒发冲冠，用拳头狠狠地捶着桌子将巫宁坤等几人骂了个狗血喷头，继而起身离座，一脚将桌子踹翻，转身走人。巫宁坤等几位教授先是目瞪口呆，待慢慢回过神儿来，一个个垂头丧气地各自回家。当天晚上，南开大学把巫宁坤等参加会议发言的几位教授定为“反党小集团”。尽管穆旦只说了一句话就被打断并离开了会场，仍被以与巫宁坤等人过从甚密，且不怀好意地“准备发言”为由，罗织到“反党小集团”之中。——这便是南开大学轰动一时的“外文系事件”。
这次事件带来的后果是：巫宁坤与李天生被隔离审查，中途退出的穆旦在接受审查的同时，抗战期间参加过“中国远征军”的历史被重新翻出，并作为一种逆天大罪成为“肃反”的对象。当年的穆旦于野人山丛林中九死一生终于活着逃了出来，想不到事隔十年，他在野人山的光影里复陷入另一个看不见、摸不着、再也逃脱不掉的罗网遍布的深山大泽。随着“审查”不断深入，穆旦由国民党远征军的“伪军官”和“蒋匪帮的英文翻译”，晋升为历史和现行的“双重反革命分子。”当1955年大规模批判声讨“胡风反革命集团”运动兴起时，南开文学院召开全院教职员一百多人的大会，主持会议者声色俱厉地宣布巫宁坤不仅是南开的头号“暗藏的反革命分子”，而且是穆旦等人组成的“反革命集团”的头目。主持者的话音落下，巫宁坤与穆旦被从人群中揪到“斗鬼台”接受批判。正当一伙积极分子蜂拥而上，揪住巫宁坤与穆旦等人脖颈往“斗鬼台”连拖加拉的混乱之时，另一伙积极分子跳上讲台宣布在这个集团的背后，还隐藏着一批“反革命分子”，也要一同揪出来。在咄咄逼人的态势和一片啸叫声中，一个曾任伪满洲国皇帝溥仪翻译官的俞姓俄语讲师，吓得当场昏倒在地，口吐白沫不省人事，随后被人抬出扔到会场之外，以落后分子“装死”处理。
继这次行动之后，穆旦和巫宁坤因在芝加哥大学攻读的经历，又被“晋升”为“美国特务”，接下来是搜查凶杀武器和秘密电台等行动。对于这段经历，周与良与巫宁坤皆有回忆文字传世，据巫的回忆说：就在那位曾任伪满洲国皇帝溥仪翻译官的俞姓俄语讲师当场昏倒的批判会结束后，他刚到家，就有三男一女破门而入，自称是公安人员，还亮出一张“搜查证”。那个女的竟搜查已经有孕在身的巫宁坤的妻子李怡楷，并搜查已患糖尿病多年的老继母的身。
翻箱倒柜地搜查，东西扔得满地，并问巫宁坤有没有手枪和别的武器、收发报机等。来者折腾了半天，没有找到任何与“特务活动”有关的物证，感到很失望，便把巫的信件、地址本、笔记本、文稿等全部带走。临出门时，有一人还踹了巫宁坤一脚，警告让其老老实实，不要自绝于人民。
当此之时，穆旦夫人周与良虽也有在芝加哥大学的求学经历，但平时在校不显山露水，实在没有把柄可抓。更重要的，以她时任天津市副市长的父亲为中流砥柱的庞大家族还没有倒塌，且属于光荣的“革命家庭”之列，校方一时无可奈何，其家庭成员的角色从周与良的大哥周一良的回忆中可看出一斑：“我们家大多数对他（南按：指穆旦）过去的情况都不够了解，因此他每次到我们家来，当大家（兄弟姐妹十人中六个党员，两个民主党派）欢聚在父母身边，兴高采烈，高谈阔论时，他常常是向隅独坐，落落寡欢。许多年中，我去天津，记得只上他家去过一次。现在回想起来，那时我们对他的态度是非常不公正的，感到非常内疚。”
这段回忆除了透出当时的周氏家族这个“革命家庭”在天津具有超强的实力，也为穆旦此前给巴金夫人萧珊信中所说的“这是一个沉闷的时期”、“朋友们都这么彼此多疑”、“人生如此，快快结束算了”的忧伤悲情找到了一个历史性注脚。周一良这段“忏悔”，是内在的良心与文化良知双重压力之下，不得不做的一点表面文章，但仍暗含着为自己开脱的投影。其他的人尚不必说，周珏良与穆旦既是清华与西南联大时代的同学好友，又是芝加哥大学先后的校友，同时又是穆旦与周与良爱情的隐形牵线人与见证者，如何一个“对过去的情况不够了解”就说得过去的？作为亲属尚且如此，而普通的同学、同事、朋友又将如何？真的是“人间热泪已无多”了。
尽管周与良谨小慎微地为人处世并有如此的家庭背景，但她毕竟是穆旦的妻子，自是与其夫脱不了干系。于是，学校令她停止开课，在家中“帮助”丈夫“反省”和撰写“交代材料”，实际已被当做潜伏回大陆的“女特务”内部控制和监视起来。这一时期，与穆旦斜对门的一位俄语讲师的妻子和一个在他家寄宿的先生，因为“运动”的关系双双上吊自杀。接着又传出南开其他系有教授自杀的消息，所有这些自杀的人，都被说成是“抗拒运动，自绝于人民”。并说：“党和人民绝对不会被他们的罪恶行径吓住。”
1956年5月中旬，学校人事处通知巫宁坤即将调往北京一所为党中央培养机要外语人才的学院任教，他的妻子李怡楷也去该学院工作。6月中，巫氏夫妇带着老继母和五个月的儿子巫一丁前往北京任教，算是暂时摆脱了游荡于校园的几只翻手为云、覆手为雨，神龙见首不见尾的铁血魔掌。此时的巫宁坤尚不知道，日后等待他的将是更加酷烈的人格污辱与身心迫害。
好友巫宁坤走了，当年的“反党小集团”也在政治风浪冲击下分崩离析，穆旦陷入了人生最为孤独和艰危时期。1957年，风浪再起，刚刚在政治上抬头的穆旦又稀里糊涂地落入圈套，在《人民日报》发表了《九十九家争鸣记》，再一次被监视居住，隔离审查。以前被定的“反革命分子”似乎只限于领导者口头上和批斗会场上“内定”，这一次却要落实到官方文书与实际行动上来。1958年12月，穆旦作为南开大学“反右倾运动”放出的“一颗卫星”，当年参加远征军和出任“中校英文翻译”的历史，再度成为反革命的“铁证”，被天津中级人民法院以“历史反革命分子”罪名判处三年劳动改造，“接受机关管制”。当法院派人到学校宣读判决书后，穆旦被逐出课堂，降职降薪，强迫在南开大学图书馆和洗澡堂接受管制，监督劳动。
1962年，穆旦终于熬到了被解除“管制”，但校方仍不让到课堂上课，继续留在图书馆“监督使用”，以观后效。其主要工作是每天打扫厕所与洗澡堂等。尽管仍在“监督使用”，作为公民的基本权利尚未恢复，此时的穆旦蛰伏在心中的文学之火与倾吐欲望再度迸发开来，他开始了一生中最大一项工作计划——翻译英国19世纪初期伟大的浪漫主义诗人乔治·戈登·拜伦（George Gordon Byron）的长篇叙事诗《唐·璜》（Don Giovanni）。白天从事繁重的体力劳动和无休止的思想汇报，晚上拖着疲惫的身心回到家中，吃过饭后即关上房门偷偷伏案工作。经过三年含辛茹苦的劳作，到1965年年底，这部长达一万六千多行的鸿篇巨著终于译完了初稿。当他刚要歇一口气时，“文革”风暴突起，穆旦首当其冲，被造反的红卫兵拉出来批斗，然后是抄家与打砸。继之穆旦被关于“牛棚”，接受造反派监督劳动改造。当时穆旦一家居住的是东村七十号共三间屋的平房，因出入方便，抄家的红卫兵一批接一批，把一些书籍、手稿或搬走，或撕烂，或干脆一把火烧掉，甚至连家庭生活用具、被褥、衣服全部洗劫一空。这一令人悲愤心悸的场景给穆旦的孩子们留下了深刻的记忆，据几个兄妹回忆说“记得那年8月的一个晚上，一堆熊熊大火把我们家门前照得通明，墙上贴着‘打倒’的标语，几个红卫兵将一堆书籍、稿纸向火里扔去。很晚了，从早上即被红卫兵带走的父亲还没有回来……直到午夜，父亲才回来，脸色很难看，头发被剃成当时‘牛鬼蛇神’流行的‘阴阳头’。他看见母亲和我们仍在等他，还安慰我们说：没关系，只是陪斗和交代‘问题’，红卫兵对我没有过火行为……母亲拿来馒头和热开水让他赶快吃一点。此时他看着满地的碎纸，撕掉书皮的书和散乱的文稿，面色铁青，一言不发……突然，他奔到一个箱盖已被扔在一边的书箱前，从书箱里拿出一叠厚厚的稿纸，紧紧地抓在发抖的手里。那正是他的心血的结晶《唐·璜》译稿。万幸的是，红卫兵只将其弄乱而未付之一炬。”倒卧在床上的穆旦望着窗外漆黑的夜幕，听着外边不断传来的喧嚣和“打倒”之声，他的脑海中突然涌入那首多年前写就的《赞美》诗的最后一个迭句：“一个民族已经起来！”想到此处，竟露出了少有的微笑。孩子们看了，不知何故，以为是父亲在发神经。
折腾到1968年6月，穆旦的住房被生物系一个职工何某倚仗红卫兵的势力强行抢占，一家人被扫地出门，家中残剩的衣物等被蛮横地扔出房外露天地上。走投无路的周与良经过与校方“工宣队”反复交涉，才被允许搬入南开大学13宿舍3楼337室一个朝西向、只有17平方米的房间，全家六口在这间屋子里一住就是五年之久。
一波未平，一波又起。1968年下半年，在“清理阶级队伍”中，周与良又被造反派盯上。其时，天津周氏家族因是民族资本家出身，随着“文革”风浪兴起早已崩溃。作为天津市第一位党外副市长的周叔弢被革职查办，而后是揪斗、批判、抄家、交代问题，居宅被一个红卫兵组织强占。其他的几个儿女如周一良等在教育界服务的教授，全被关入了“牛棚”，成为革命者专政的对象。在这一大的政治背景下，周与良被南开大学定为有嫌疑的特务，于12月3日从家中抓走，关押于校内生物系教学楼二楼朝北一个房间内“隔离审查”，逼迫写“交代材料”。因穆旦已进入校内集中关押的“牛棚”，周与良的四个孩子（最大的14岁，最小的7岁）除了相依为命，还要每天为母亲做饭、送饭。当然，几个孩子不能与母亲见面，送来的饭由看守的“工宣队”人员检查，确认没有夹带情报后才转给隔离的周与良。有一天，穆旦的大儿子查英传给妈妈送来了一盒稀饭，饭下有一块酱豆腐，“工宣队”看守查出后立即扣留，并在生物系师生大会上宣布，这块豆腐就是周与良与外界串通消息和特务之间惯用的暗号，是穆旦授意周与良“一犟（酱）到底，抗拒不要交代”。因了这块酱豆腐，周与良与穆旦又惨遭更深重的迫害和折磨，连续几个昼夜的审问，直至二人在各自的隔离场所被整得倒地不起、嘴不能言才罢休。
半年之后，周与良被解除隔离放回家中。未久，穆旦也被从“牛棚”放出，夫妇二人与南开大学一批“牛鬼蛇神”被下放到河北省保定地区完县劳动改造。周与良下放到完县的王各庄，穆旦被“隔离”在相距几十里的另一个公社农村，彼此不通消息。当1969年的春节即将到来时，穆旦的心情变得焦虑不安，除了不通音信的周与良，还有留在天津的四个孩子也不知死活。在一个大雪纷飞的冬日，穆旦借不能出工的机会，悄悄溜出居处，顶着漫天大雪向王各庄跑去。两个多小时后，终于见到了分别达半年之久的爱妻。周与良看到丈夫又瘦又弱，脸色蜡黄，大口大口地喘着粗气，满头汗水与雪水混和在一起顺着额头向下流淌，头顶上升腾着白色的烟雾，话未开口，眼泪刷地涌出眼眶。当穆旦得知妻子同样好久没收到孩子们的信息时，一阵悲伤掠过心头，很快又强忍泪水以平静的口气安慰周与良说：“孩子们都很好。”又说：“事情总会弄清楚的，要忍耐，不要惦着孩子。”继之以负疚的心情一遍又一遍地说：“我是罪魁祸首。不是因为我，一家人不会这样。”周与良看丈夫泪水在眼眶中打转，几度哽咽，遂反过来安慰道：“我也是特务，应该受到惩罚。”穆旦见妻子心情渐趋平静，便要告辞。身子转过去又猛地转过来，从兜里掏出一小包花生米，还有几块一分钱一粒的糖果，拉过妻子的手轻轻地放下。周与良一见，热泪再次夺眶而出，坚决不肯接受。穆旦将妻子的手抓得更紧，非要留下，并说“你晕了，吃块糖也好些。”周与良摇摇头，说：“身体还可以，也不想吃零食。”穆旦还是坚持让妻子把糖果留了下来，最后说了声“要多注意身体”，转身消失在茫茫风雪之中。周与良一直跟在身后送到村口，望着穆旦远去的身影，周与良感慨万端，才53岁的年纪，已是步履蹒跚的衰弱老人了。
穆旦的突然来访，很快被负责监督的领队得知，头头们把周与良找到队部，让其“老实交代”传递了什么“情报”，同时派人进入周与良的居处搜查，幸而那一小包花生米与几块糖果没有被发现，最后在“查无证据”的情况下被释放。而一路小跑往回赶的穆旦，刚到村口就被监督者派出的“积极分子”擒获，继之是审查与逼迫交代“串通情报”的经过，召开批斗会批斗。这个结果，早在穆旦出门的时候就已经想到了，既然十五年的苦难与厄运都熬过来了，泪已流干，心已变硬，精神越发强健，这点风浪算得了什么？况且，自己能与日夜挂念的妻子见上一面，即使为此被处之一死，亦无遗憾。正是怀揣这样一种悲壮决绝的心境，穆旦才义无反顾地出走，并敢于吞下由此带来的这枚苦果。
1971年，周与良返回天津，穆旦则由完县农村遣送到南开大学“五七干校”继续劳动改造。这所干校设在津郊大苏庄，原为犯人的劳改场所。此为校方就穆旦的“罪过”与“态度”特别赏赐的果子。
1972年，随着政治气候好转，穆旦结束了劳改生活，回到南开大学图书馆当职员，除了被“内部控制使用”整理书籍，仍兼任打扫厕所的任务。自1973年起，穆旦又恢复了夜间翻译的习惯，开始在夜深人静之时，默默伏案修订已搁置了七年的《唐·璜》译稿。随后开始翻译雪莱、济慈、艾略特、奥登等诗人的作品。1975年，在“文革”结束前夕，随着政治风暴的式微，停止写作多年的穆旦，心中郁积已久的诗情于乱世风云中再次得到了喷射，他一口气创作了《智慧之歌》、《停电之后》、等近30首作品，其中《神的变形》以“诗剧”的形式，通过“神、魔、权、人”四个人物的戏剧性冲突，展示了一个寓言式的人类悲喜剧，充满苦涩的智慧，表达了“中国知识分子的受折磨而又折磨人的心情”，这个诗剧是他在生命晚年对人生命运的回顾和总结。
“夕阳无限好，只是近黄昏”，可惜最后的辉煌过于短暂。由于身心长期受到的摧残和折磨，身体极度虚弱，1976年年初的一天晚上，穆旦骑自行车到南开大学校外德才里居民区，找人打听“知青”招工的信息，以便为孩子寻找出路，好“挣碗饭吃”。回来时没有路灯，不幸于昏暗中闯入一个深坑，穆旦从车上摔下，右大腿骨折，从此病卧床榻。在排队等候到医院治疗期间，于病痛中继续普希金诗歌的改译。当伤痛难忍时，便让孩子们烧一块砖给他热敷止痛，伤痛稍减，又拿起译笔继续工作。延至1977年2月24日，穆旦将《欧根·奥涅金》修改稿的抄写工作全部做完之后，住进天津总医院，准备接受伤腿手术治疗。此时的他已油尽灯枯，感到死亡正向自己逼近，而自1954年以来呕心沥血翻译的近十几部译稿，仍看不到出版的一丝曙光。为此，在入院手术之前，他曾将翻译的《欧根·奥涅金》修改稿抄写完毕，连同已抄好的《普希金抒情诗》译稿，整整齐齐放于一只帆布小提箱中，交给小女儿查平，说“你最小，希望你好好保存这些译稿。也许等你老了才能出版”。说此话时，情甚悲戚，望之令人心酸。
穆旦入院的第二天又反常地返家更换衣物，再度对文稿作了料理，并与来津的妹妹相见。午饭后，心脏病突发，经南开大学校医院心电图诊断为“前心壁大面积坏死”，急送天津第一中心医院抢救。无奈医生回天乏术，2月26日凌晨3时含冤去世，时年60岁。
死前，穆旦对自己一生的历史作了回顾，特别对当年参加中国远征军并以此获罪的得失作了反思，并重温了《森林之魅——祭胡康河谷上的白骨》这首壮美诗篇。当他读到“欢迎你来，把血肉脱尽”时，突然觉得自己这句话已不是普通意义上的诗行，而是一句谶语。随后的穆旦作为一个即将走到生命尽头的学者、诗人，在病榻上写出了新的诗篇《冥想》，道出了自己一生的感悟：
为什么万物之灵的我们，遭遇还比不上一棵小树？
今天你摇摇它，优越地微笑，明天就化为根下的泥土。
为什么由手写出的这些字，竟比这只手更长久，健壮？
它们会把腐烂的手抛开，而默默生存在一张破纸上。
因此，我傲然生活了几十年，仿佛曾做着万物的导演，实则在它们永久的秩序下我只当一会儿小小的演员。
但如今，突然面对着坟墓，我冷眼向过去稍稍回顾，只见它曲折灌溉的悲喜都消失在一片亘古的荒漠，这才知道我的全部努力，不过完成了普通的生活。
其实，即使“普通的生活”也未能过得安宁和顺畅。按穆旦生前好友、南开大学教授、著名史家来新夏的说法，穆旦自美国回归祖国的二十几年，“几乎没有一天舒心日子，主观的向往和客观的反馈，反差太大，不论做什么样的诠释，穆旦终归是一个悲剧人物”。
来氏所言与穆旦的同族兄弟金庸总结的海宁人物天然的悲剧性，可谓不谋而合。天欤？命欤？抑或际遇之不幸欤？
然而，穆旦作为一个天才的诗人和翻译家，他留给这个世界的丰厚文化遗产，将随着时间的推移越发弥足珍贵而不断被人忆起，或许正如穆旦的知己评论家谢冕所发出的感慨：“他的诗歌创作所拥有的创造性，他至少在英文和俄文方面的精湛的修养和实力，作为诗人和翻译家，他都是来不及展示，或者说是不被许可展示的天才。彗星尚且燃烧，而后消失，穆旦不是，他是一颗始终被乌云遮蔽的星辰。我们只是从那浓云缝隙中偶露的光莹，便感受到了他旷远的辉煌。”