却说老金来到李庄梁家，无论是林徽因的病情还是梁家的生活环境，都比他想象的还要糟糕。林徽因之所以旧病复发，与当地的气候、环境有极大关系。
抗战时期曾在重庆工作、生活的德国人王安娜博士，在她的回忆录中，对重庆一带的环境曾作过这样的描述：“从飞机上俯瞰重庆，但见迷茫一片。每年十月至第二年四月末，全市都覆罩着浓雾。风平浪静时，长江及其支流嘉陵江这两条大川的水蒸气，与含硫量很高的煤块烧出来的煤烟混在一起，便成了烟雾。无数的烟囱冒出滚滚浓烟，使得重庆到处都弥漫着硫磺的气味。因此，重庆自不待说，河岸的各个村庄的空气对健康都很有损害，肺结核病蔓延得很广。”尽管李庄离重庆几百公里，但上游的泸州、宜宾等中等城市的情形与重庆极为相近，硫黄的气味并未消减，林徽因与后来梁思永，还有陶孟和的夫人——民国时期一代名媛沈性仁相继发病——且皆是肺病，第一祸首就是当地气候和环境被硫黄毒素污染的环境。
老金看到，梁家唯一能给林徽因养病用的“软床”，是一张摇摇晃晃的帆布行军床，这张床已跟随梁家转了大半个中国。自晚清至抗战前的几十年，川南军阀混战不断，战祸连绵，此时的李庄已衰落凋零，整个镇子没有一所医院，也没有一位正式医生，更没有任何药品。林徽因告诉老金，家中唯一的一支体温计已被儿子从诫失手摔碎，搞得她大半年竟无法测量体温，只有靠自己的感觉来估计发烧的度数。在这种条件下，林的病情渐渐沉重，眼窝深陷，面色苍白，晶莹的双眸也失去了往日的神采，成了一个憔悴、苍老、不停咳喘的衰弱病人。此前林徽因在写给西南联大沈从文的一封信中，曾这样表露过自己的痛苦、无奈心情：“如果有天，天又有旨意，我真想他明白点告诉我一点事，好比说我这种人需不需要活着，不需要的话，这种悬着的日子也不都是奢侈？好比说一个非常有精神喜欢挣扎着生存的人，为什么需要肺病，如果是需要，许多希望着健康的想念在我也就很奢侈，是不是最好没有？”每当看到爱妻躺在病床上痛苦地挣扎时，束手无策的梁思成便在心底呼喊着：“神啊！假使你真的存在，请把我的生命给她吧！”
好在随着天气转暖，林徽因发了几个月的高烧有点消退，但还是时退时烧，无法稳定，身体仍然十分虚弱，大多数时间都躺在行军床上，不能随意行动。这样的束缚对好动惯了的林徽因而言，无疑是一件莫大的痛苦。自从林徽因病倒后，家中一切事务自然要靠梁思成承担。由于李庄没有任何医疗条件，梁思成只好自己学着给林徽因打针，并学会了肌肉注射和静脉注射。经过大半年的治疗和静养，人总算挣扎着活过来了，梁思成对妻子的坚强和上帝的惠顾心怀感激。
除疾病折磨和生活艰难，对林徽因另一个重大打击就是她弟弟林恒与其他飞行员朋友们的不断罹难。
林徽因与梁思成结婚后，因父亲林长民已去世，林徽因的母亲与三弟林恒便跟梁家一起生活。七七卢沟桥事变时，已考取清华的林恒受抗日爱国风潮影响，毅然决定退学，转而报考了空军军官学校，成为中国空军航空学校第十期学员。
当梁家迁到李庄时，从航校毕业不久的飞行员林恒却不幸在成都上空与日机作战时阵亡。
梁思成得知噩耗，没敢立刻告诉病中的爱妻，自己借到重庆出差的机会，先悄悄拐往成都，匆匆收殓了林恒的遗体，掩埋在一处无名墓地里。为了向林徽因的母亲（南按：抗战爆发后，一直随梁家流亡）隐瞒这一不幸的消息，梁思成归来，把林恒的遗物——一套军礼服，一把毕业时由部队配发的“中正剑”，小心翼翼地包在一个黑色包袱里，悄悄藏到衣箱最底层。后来老人还是从别人口中得知了真情，悲痛欲绝，当场昏厥。与自己的母亲相比，林徽因得此消息，尚能直面惨淡的人生，承受住了感情打击。据说，梁思成还专门在林恒的遇难地找到了一块飞机残骸，带回了李庄。后来，林徽因把这一块残骸挂在自己的床头，以示缅怀。
林徽因以惊人的毅力强抑住内心的悲恸，但相当长一段时间，梁家仍没有完全从林恒阵亡的阴影中摆脱出来。老金的到来，使林徽因又想起了林恒，想起了与老金交情极好的年轻的“三爷”（在家中排行第三）。遥想当年北总布胡同时代，林恒还是个蹦来跳去的顽皮孩子，其志向与才识深得老金赞赏，二人经常开一些颇为幽默的玩笑，而老金有时称呼他为“三爷”。如今“三爷”驾鹤西去，再也无缘相见了。林徽因躺在病床上叙述弟弟的往事与阵亡经过，不觉悲从中来，几度泣不成声。坐在一旁静心聆听，极富理性的老金，也 禁不住为失去这位年轻的朋友而潸然泪下。
灾难和痛苦形影相随，但生活还要继续，梁、林夫妇“直面惨淡的人生，正视淋漓的鲜血”，拼上性命，继续坚持着自己为之追求的学术事业。自离开北平南下，辗转近万里逃难，梁家几乎把全部“细软”都丢光了，战前梁思成和营造学社同仁调查古建筑的原始资料——数以千计的照片、实测草图、记录等，却被紧紧地带在身边，完整地保留了下来——这是他们生命中被视为最宝贵的财富。而那些无法携带的照相底版，还有一些珍贵文献，在离开北平前，经老社长朱启钤同意，梁思成经手，存进了天津英租界的英资银行地下保险库，就当时的情形论，这是最安全的一种方法。意想不到的是，1939年夏季，天津暴雨成灾，整个市区呈水漫金山之势，那家银行的地下室倾刻间变成了一座水库，营造学社所存资料几乎全部被毁。消息两年后才传到李庄。此时，老金正在梁家，当听到这个不幸的消息时，林徽因伤心欲绝，梁思成与老金也流下了悲伤的眼泪。
失去的永不再来，劫后余存的资料使营造学社同仁倍加珍惜。在李庄上坝月亮田几间四面透风的农舍里，梁思成与刘敦桢、莫宗江、刘致平、陈明达等几位共患难的同事，在几张简易木桌上，摊开他们随身携带的资料，着手系统地总结整理营造学社战前的调查成果。为实现多年的夙愿，梁、林决定用英文撰写并绘制一部《图像中国建筑史》，以便向西方世界科学地介绍中国古代建筑的奥秘和成就，同时草拟《中国建筑史》写作提纲，欲完成一部积聚在心中多年的皇皇大著。凄风苦雨中，夫妇二人一面讨论，一面用一台古老的、噼啪震响的打字机打出草稿，又和他们亲密的助手莫宗江一道，处心积虑地绘制了大量英汉对照注释的精美插图。此时，梁思成的颈椎灰质化病再度发作（南按：留学前在长安街骑摩托车被撞的后遗症），常常折磨得抬不起头来，他只好在画板上放一个小花瓶撑住下巴，以便继续工作。林徽因只要身体稍感舒适，就半躺半坐地在床上翻阅《二十四史》和各种资料典籍，为书稿做种种补充、修改、润色工作。床边那一张又一张粗糙发黄的土纸上，留下了病中林徽因用心血凝成的斑斑字迹。
为了给林徽因积弱的身体增加一点营养，老金从自己微薄的薪水中拿出一部分，到集镇上买来十几只鸡饲养，盼望着鸡们早日生蛋。老金是圈内知名的养鸡能手，早在北平北总布胡同居住时代，就养着几只大斗鸡，并有同桌就餐的经历。——当然也有请杨步伟医生“助产”的笑话。据梁从诫说，大家住昆明的时候，“金爸在的时候老是坐在屋里写呵写的。不写的时候就在院子里用玉米喂他养的一大群鸡。有一次说是鸡闹病了，他就把大蒜整瓣地塞进鸡口里，它们吞的时候总是伸长了脖子，眼睛瞪得老大，我觉得很可怜。”正是老金具有丰富的养鸡和取蛋经验，在李庄集镇上买来的十几只鸡长势很快，不但没生病，后来还开始下蛋了，这让所有的人都为之开心。
至于老金自己，他对生活的艰难与当时的通货膨胀总是用哲学家的观点加以对待，他对梁、林夫妇和营造学社同仁们说：在这艰难的岁月里，最重要的是，要想一想自己拥有的东西，它们是多么有价值，这时你就会觉得自己很富有。同时，人最好尽可能不要去想那些非买不可的东西。”老金的“金口玉言”，使正处在艰难困苦中的岩穴寒士们精神上获得了一丝慰藉。
就在梁思成紧锣密鼓地准备《中国建筑史》的写作之时，老金也借营造学社一张白木桌子，开始了他那部多灾多难的《知识论》的写作。按老金晚年的说法，他一生共写了三本书。比较满意的是《论道》，写得最糟的是大学《逻辑》，花时间最长、灾难最多的是《知识论》。此书之所以花时间最长，其中有一段颇为离奇的插曲。1939年，老金刚到昆明不久，洋洋六七十万言的《知识论》已基本杀青。有一天，敌机忽来轰炸，整个昆明警报大作，老金正伏案赶写他那视若生命的《知识论》，且灵感大发，沉醉其中欲罢不能。迟疑间，突然几声巨响，房屋晃动，桌椅跳腾，碎片纷飞，尘土飞扬。痴迷的老金晃晃脑袋，抖抖手稿继续沉浸在忘我的写作中。待警报解除，师生归来把他叫出，才看到前房后屋皆被炸弹击毁，老金于惊恐中喊了声“幸哉！”，自此再也不敢只管书本不管炸弹了。每逢日机轰炸昆明，他便携带一只书箱跑到郊外，一边躲避，一边埋头修改书稿。
每次老金跑警报，手提箱里除了视若生命的《知识论》，还装着视为自己灵魂的林徽因写给他的信函。对这一情状，西南联大学生汪曾祺在后来撰定的《跑警报》一文中说：联大师生跑警报时没有什么可带，因为身无长物，一般大都是带两本书或一册论文的草稿。但“有一位研究印度哲学的金先生每次跑警报总要提了一只很小的手提箱。箱子里不是什么别的东西，是一个女朋友写给他的信——情书。他把这些情书视如性命，有时也会拿出一两封来给别人看。没有什么不能看的，因为没有卿卿我我的肉麻的话，只是一个聪明女人对生活的感受，文字很俏皮，充满了英国式的机智，是一些很漂亮的Essay，字也很秀气。这些信实在是可以拿来出版的。金先生辛辛苦苦地保存了多年，现在大概也不知去向了，可惜。我看过这个女人的照片，人长得就像她写的那些信”。汪后来曾对人明确表示，文中所说的金先生即金岳霖，那位“女朋友”就是林徽因，他对金、林的爱情和爱恋方式十分尊崇和敬仰。
当时昆明人跑警报，大都要把一点值钱的东西带在身边。最方便的是金子，最普遍的是金戒指。老金提着林徽因的情书跑了几次警报后，忽然灵感迸发，非同常人的头脑立即意识到这样一个常识性问题：既然有人带金子逃跑，必有人会丢掉金子；有人丢金子，就会有人捡到金子；我是人，故我可以捡到金子。——有了这个逻辑推理之后，便把这个发财的门道悄悄告诉了几个学生，让其如法试行。跑警报时，特别是解除警报以后，几个学生每次回归都很留心巡视路面。果真有同学两次捡到过金戒指，老金闻讯甚为得意。逻辑推理有此妙用，是教这门课的金岳霖此前未曾料到的。
所谓有福必有祸，即福兮，祸之所倚也。金岳霖不但没有料到他的学生捡到金子小发一笔，同样没有料到自己那比金子还要宝贵的手稿竟会黄鹤一去不复返。
却说有一次敌机突至，警报响起，老金同往常一样挟起藏有林徽因情书与《知识论》手稿的小箱子向郊外逃奔。当赶到城北蛇山安全地带后，日本飞机在城内轰炸，他坐在山中一块石头上，打开箱子取出书稿埋头修改。想不到这次日机轰炸的时间比往日长了许多，老金又饥又困，疲惫至极，以书稿当枕头躺着休息，竟一觉睡过去了。当老金醒来时，天就要黑了。老金坐起身，揉揉眼睛，提起箱子就走，恍惚中书稿被遗忘在山上。等回到宿舍忽然想起时，急忙提了灯笼赶回去寻找，凭着记忆找到白天躲警报的大体方位，怎么也找不到那块石头。待第二天再去找，方位是找到了，但只有几块石头和飘荡的野草在林中闪现，书稿却踪迹绝无。这部书稿到底是被风卷走，还是被人捡去保存，或当做垃圾随手扔掉，或者是老金误记了方位？等等，一切皆不得而知。回到宿舍，在一阵捶胸顿足之后，老金从巨大的懊丧与悲苦中逐渐恢复平静，痛下决心来个“重开窑子另烧砖”，一切从头再来。于是，这部后来在学术界影响巨大的哲学巨著于昆明创作了一部分，借休假的空隙，又携来李庄继续写作。老金之“痴”与“倔”，由于这一离奇事件的发生而传诵一时。
不过此稿最终完成时，已是七年之后的1948年年底了（南按：据老金回忆可能是12月12日或14日）。书成之后，老金曾送给大名鼎鼎的哲学家冯友兰审阅。只是像这样的专业性特强的书稿，不是一般的人能看得懂的，即是哲学家而不研究这个哲学分支的学者读起来也感到吃力，有时甚至不知所云，冯友兰也深有同感。据冯在20世纪80年代发表的一篇回忆文章中说“他（老金）把定稿送给我看，我看了两个多月才看完。我觉得很吃力，可是看不懂，只能在文字上提了一些意见。美国的哲学界认为有一种技术性高的专业哲学，一个讲哲学的人必须能讲这样的哲学，才能算是一个真正的哲学专家。一个大学的哲学系，必须有这样的专家，才能算是像样的哲学系。这种看法对不对，我们暂时不论。无论如何金先生的《知识论》，可以算是一部技术性高的哲学专业著作。可惜，能看懂的人很少，知道有这部著作的人也不多。我认为，哲学研究所可以组织一个班子，把这部书翻译成英文，在国外出版，使国外知道，中国也有技术性很高的专业哲学家。”
冯友兰如是说，不排除有自谦和耍一点布袋戏的成分，但细考究起来恐怕多数还是真话，只是以冯当时的地位和名声，不足以令人、特别是当政者听从，对这部著作的出版与翻译等建议亦不可能有人理会。事实呈现给世人的是，老金从冯友兰手中接过《知识论》手稿，稍作修改即寄给商务印书馆，时中共军队正在围阻北平城，炮火硝烟中，印书馆的职员已是人心惶惶，各自顾命，没有人再去顾及这部天书一样的书稿了。直到三十年后的1983底，由于政治大气候的需要，商务印书馆才把倾尽了老金这部前后两次共十余年心血的结晶——《知识论》印了出来。此时老金已重病在身，和梁思成、林徽因之子梁从诫住在一起，并由梁从诫家人负责照顾这位“金爸爸”的日常生活。当老金病情好转开始翻看这部大著并回忆写作的坎坷岁月时，已是1984年春天。这年10月，90岁的老金与世长辞，这部大著遂成哲学家金岳霖学术生涯的一曲绝响。