日子一天天过去，当老金休假期满，准备离川回昆，傅斯年又携妻带子离开重庆来到李庄。傅氏的到来，对正处于艰难困苦中的梁家与史语所同仁无疑是一个喜讯。
此次傅斯年返李庄，除对史语所事务放心不下，主要原因是身体状况已糟糕得不容许他再行代理中央研究院总干事一职了。傅氏身体垮掉得如此之快，除原有的病根与终日奔波忙碌，与他突遭老母病故有很大关系。
傅斯年父亲早逝，家中全靠年迈的祖父与母亲支撑。到了傅斯年祖父傅淦这一代，当年的状元府已经衰败，兄弟们分家时，处世淡泊的傅淦只要了一点末等房产安身度日，因而到了傅斯年成长的年代，家中就显得寒酸落魄，生活窘困。如有急事用钱，告贷无门，傅母只得忍心含泪命人从颓垣断壁上拆一些砖瓦变卖。因住房破损又无钱修理，每逢风雨来临，屋顶漏水，傅母只好怀抱幼子孟博，头上撑一把布伞遮风挡雨，生活十分艰难。按当地风俗，身为长子的傅斯年，在16岁读中学时，就由祖父和母亲做主，把聊城县绅士丁理臣之女丁蘸萃姑娘一顶花轿抬到家中拜堂成亲。年轻的丁姑娘虽略通文墨，号称聊城第一美女，但由于长期生活在乡下小城，处世态度和生活方式与傅斯年反差极大。随着年龄的增长和系统接受与中国传统教育不同的另类教育，傅斯年对自己的婚姻越来越感到不快，对传统的“父母之命，媒妁之言”的婚姻形式更是深恶痛绝。他与丁媳妇长期分居，既已失了共同的志趣，感情更是无从谈起。傅氏为此悲愤满腔，想摆脱这种困境，又如同老虎吃天无处下口，转来转去总不得要领，令他苦恼之极。
当他留学欧洲归来，以一只全身散发着海腥味的学术“大鳄”重新爬上远东之岸时，情况就大不相同了。傅斯年挟西洋之学以自重，再也不管中国社会瘟疫一样繁衍盛行的那一套乱七八糟的“吃人”礼教，遂下定决心要与母亲娶的那位“儿媳妇”一刀两断。于是，在1934年那个酷热的夏季，傅斯年擦着满头大汗，咬牙掏出了一笔“青春损失费”，总算与丁媳妇在济南协议离婚。同年8月5日，与俞大维的小妹俞大綵在北平共结百年之好。
出身名门官宦之家的俞大綵，幼冲之年即受到新式教育，及长，求学于上海沪江大学，长于文学，尤擅英文，且写得一笔好字，作得一手绝妙的小品文章。得益于傅斯年留德同学俞大维从中牵线搭桥，傅氏才与比自己年轻10岁的俞大綵缔结连理。1935年9月，儿子傅仁轨出生，傅斯年把在老家聊城的母亲接到北平与自己一起生活。据说，傅氏平时对母亲十分孝顺，虽已成了学界政界呼风唤雨的人物，且霸气十足，不把任何人放在眼里，但偶遇母亲发脾气，乃立即长跪不起，听任母亲斥责，直到老太太发完脾气，让他起来方才站起，或是对母亲解释，或是好言安慰。因傅母患高血压病，忌吃猪肉，作为儿媳的俞大綵为照顾婆母身体，不敢给她食肉，而傅母却偏喜好这一口，且极爱好吃肥肉，于是矛盾不可避免。晚年的俞大綵曾回忆说：
孟真侍母至孝，对子侄辈，也无不爱护备至。太夫人体胖，因患高血压症，不宜吃肥肉，记得有几次因我不敢进肥肉触怒阿姑，太夫人发怒时，孟真辄长跪不起。他窃语我云：“以后你给母亲吃少许肥肉好了。你要知道，对患高血压症的人，控制情绪，比忌饮食更重要，母亲年纪大了，别无嗜好，只爱吃肉，让她吃少许，不比惹她生气好么？我不是责备你，但念及母亲，茹苦含辛，抚育我兄弟二人，我只是想让老人家高兴，尽孝道而已。”
抗日战争全面爆发后，南京空袭日频，危在旦夕。傅斯年由于领导中央研究院各所的搬迁事宜，无暇顾及家庭，更无力陪侍老太太避难同行，特委托一位下属和两个侄儿负责保护母亲转移至安徽和县暂住。南京沦陷，傅氏辗转来到重庆后不久，两个侄儿来见，傅斯年以为家人顺利脱险，十分高兴，当侄儿述说祖母没有逃出来时，傅斯年大怒，当场打了侄儿两个耳光，又各自踹了两脚。随后，千方百计令人把母亲于战祸连绵的安徽接了出来，辗转20余天由陆路逃至汉口，最后抵达长沙。斯时老太太年已七十余岁的高龄，傅斯年每言及老母逃难事，总怀歉疚之情，他曾对同事说：老母“幸能平安至后方，否则将何以面对祖先？”后来，史语所由长沙迁昆明，傅斯年把母亲接到重庆，安置在歌乐山下一个较为安全的地方，与弟弟傅斯严（孟博）一起生活，费用全部由傅斯年负担。
傅氏老母体胖，加之为躲避战火长年奔走劳累，一旦安定反生病恙，时好时重。到了1941年春，作为儿子的傅斯年又一病不起。此病源于他身体过于肥胖，又患有高血压症，整日奔波操劳，遂使病情加重，不得不住进重庆中央医院救治。傅斯年患病的消息传出，远在美国的胡适曾专门致函表达了真挚的关切之情：
昨晚得你四月三十日的飞邮，才知道你病了，我真十分担心，因为你是病不得的，你的“公权”是“剥夺”不得的！你是天才最高，又担得起担子的领袖人才，国家在这时候最少你不得，故我读你病了的消息，比我自己前年生病时还要担心……你的病必须休息静养，若能如来书所云，“六个月内绝对休息”，我可以包你恢复健康，但不可忧虑气恼，也不可贪吃肥肉！你的兴致好，和我一样，我想你一定可以恢复健康的。
不管是“天才”还是“领袖”，或者是真龙天子，作为人难免是要生病的，上帝不会单独照顾傅斯年。但胡适的手足之情，还是在傅的精神上给予一些慰藉，使他增加了同病魔抗争的信心和勇气。几个月后，傅斯年终于出院，回到重庆郊外的家中休养。
意想不到的是，傅斯年出院了，他的老母却因胆结石引发的疾病死在了医院。
老太太病逝后，傅斯年因不知病情，医院方面的专家又拿不出一个确切的结论，为此双方吵吵嚷嚷，争论不休，最后院方提出解剖，以验证病症之要害。傅斯年犹豫再三，最后同意解剖，其结果确为胆结石所致。经此病案，借此可见当时中国头号医院医药设备及医疗技术是怎样的落后与糟糕，亦知傅斯年之心情是如何的悲愤交集又徒感哀伤了。
斯人已去，作为孝子的傅斯年能够做的就是尽其所能地料理后事。国难当头，丧事又须从简。傅母墓地选在歌乐山附近中研院数学所办公处旁的一个小山顶上，由俞大维派兵工署人员在岩石中钻一洞穴，下葬时用吊车将棺木放入，用水泥制成七八寸厚预制板三块，用吊车吊起盖在墓穴上方，整体看上去如同一个应用于战争的碉堡，极为坚固。为此，傅斯年致信胡适说：“家母葬于歌乐山风景绝佳处，作成一水泥之圹，甚坚。”短短几十字，透出傅斯年的得意与宽慰之情。令他没有想到的是，当1966年“文革”风潮兴起时，这个寄托着自己缅怀之情的“水泥之圹”，作为“地主妖婆”和“蒋帮特务的后台老板”的窝点，被红卫兵和造反派以“摧枯拉朽”之势，用炸药炸开，抛骨扬尸，荡涤殆尽。此时傅斯年在台湾孤岛去世已15年矣。
傅斯年安葬了老母，怀着哀痛与悲壮的双重心境，拖着病体，坚持出席了11月中旬在重庆召开的国民参政会会议，但仅出席了一半就因体力不支回到家中继续养病。此时，傅斯年对所谓的“参政”早已没了兴趣，只因为他的老对头孔祥熙，在前一段时间曾到处散布流言，谓“听说傅斯年病的要不行了！”言外之意是马上就要断气死掉了。傅斯年闻知怒不可遏，大骂孔氏是乱臣贼子，混账王八蛋，人人得而诛之等。这次带病出场亮相，完全是为了反击幸灾乐祸的孔祥熙，正如他在给胡适的信中所言：“盖证明我未死也！”
未死的傅斯年心力交瘁，越来越感到撑不下去了，遂下定决心离开重庆这块是非之地，回李庄休整。
1941年12月3日，已辞去中央研究院代理总干事之职的傅斯年，携家眷乘长丰轮赶赴李庄。
就在傅斯年乘坐的轮船溯江而上，艰难前行的时候，日本帝国海军六艘航空母舰，盛载四百余架飞机，携同两艘战列舰、两艘重巡洋舰，以及驱逐舰、潜艇、油船等，共三十三艘舰只组成的庞大舰队，在第一航空舰队司令长官南云忠一海军中将的指挥下，根据日本军令部发布的绝密作战命令，以颇为壮观的环形航海队形，在波涛滚滚、浓雾密布的太平洋海面上，向离日本本土三千海里以外的美国珍珠港急速挺进。
美国西部时间12月7日凌晨，日本舰队已抵达夏威夷群岛，并进入预定作战位置。1时16分，漆黑冰冷的太平洋瓦瑚岛海底，随着“咔嚓”一声轻微的响动，牵缚五艘日本潜水母舰的固定带迅速断开，随着暗流巨涛骤然滚动，五艘特种潜水母舰如脱缰野马，向位于夏威夷群岛的美国太平洋舰队基地——珍珠港驶去。
夏威夷时间7日早6时15分，从六艘航空母舰甲板上起飞的183架日机，在黎明的夜空中编好队形，组成第一轮冲击波，发疯般向珍珠港扑去。
日本轰炸机群对珍珠港先后实施两轮攻击后迅速撤离，总计炸沉、炸伤美太平洋舰队各种舰船40余艘，炸毁、炸伤美飞机450架，有4500多名美军官兵伤亡，美国太平洋舰队几乎全军覆没。
美国时间12月8日，罗斯福总统身披深蓝色海军斗篷，登上国会大厦讲坛，发表了令全世界为之震撼并注定要流传后世的演说。罗斯福同时要求国会宣布：“自12月7日星期天无端发动这场卑鄙的进攻之时起，美国和日本帝国之间处于战争状态！”