因内地战事连连失利，凶悍的日军烧杀抢掠，大批官僚、士绅、商人与难民纷纷向西南边陲，尤其被誉为春城的昆明逃奔而来，使这座舒展安详的“世外桃源”很快淹没在滚滚人流与嘈杂的喧嚣之中。物价开始上涨，房舍更是高度紧张，几有爆棚、揭盖的迹象。面对此情，提前赶至昆明的西南联大常委蒋梦麟，遂产生让联大师生暂在云南蒙自落脚之意。1938年2月底，蒋梦麟给长沙临大外文系主任叶公超拍发一份电报，内称：“昆明校舍无着，工料两难，建筑需时。蒙自海关银行等处闲置，房屋相连，可容900人，据视察报告，气候花木均佳，堪作校址。”未久，在“云南王”龙云直接过问、协调与昆明各界人士鼎力相助下，临时大学总算在昆明租到昆华农校与几家会馆以备急需，但校舍仍不能满足全校师生需求。于是，蒋梦麟亲赴蒙自考察，受到当地政府与士绅的欢迎，蒋认为此处可以供部分师生容身。3月14日下午，由蒙自返昆的蒋梦麟召集张伯苓、周炳琳、施嘉炀、吴有训、秦缵、郑天挺等校务负责人在昆明全蜀会馆开会，决定联大文法学院设在蒙自，暂名蒙自分校，并派出郑天挺（北大）、王明之（清华）、杨石先（南开）前去筹备。王、杨二人先于郑天挺抵达蒙自办理租赁等手续，很快筹备就绪。
蒙自位于云南省南部边陲，为一偏僻的县级小城，靠近红河，可与安南（今越南）通航。19世纪50年代末60年代初，法国用武力侵入越南南部，继而探测从越南通往中国云南的航线，期间不断派出军队窥探、入侵越南北部，1882年侵占北越重镇河内等地。
1883年，法国扩大侵越战争，迫使越南朝廷屈服，法国取得了对越南的“保护”权。中国原与越南属宗藩关系，清政府为防止法国占领北越、危及中国边境，遂在西南边陲增派了军队，加强防务。此时法军已不把奄奄一息的大清王朝放在眼里，公然向清军挑战，中法战争随之爆发。光绪十一年（1885）4月4日，中法双方匆匆签订停战条件，战争终止。这年的6月9日，清政府代表李鸿章与法国公使巴特纳在天津正式签订《中法和约》，即《中法会订越南条约》，或《越南条款》，又称《中法新约》《李巴条约》。条约共十款，其中第一、二条为：清政府承认法国对越南的保护权；中越陆路交界开放贸易，中国边界内开辟两个通商口岸，一在保胜以上，一在谅山以北，允许法国商人在此居住并设领事。
光绪十三年（1887年），云南蒙自依照中法续议商务条约辟为商埠，设有海关、法国领事馆、法国银行、医院等，更有希腊人歌胪士在该城开设洋行、旅馆等商业设施。一时间，国内外商人蜂拥而至，纷纷向这块原本并不起眼的偏僻卑湿之地砸钱扔金，蒙自小城迅速热闹繁荣起来，四周的锡矿、铜矿等矿业加大了开采力度，闻名于世的“个旧滇锡”通过蒙自商埠，沿着滚滚红色河道，源源不断运往世界各地。据当时的数据显示，鼎盛之时，仅其一地的外贸额就占到了云南全省外贸的77％至89。9％，小小的蒙自一跃成为滇南甚至整个云南商业的龙头重镇。
光绪二十一年（1895年），法国借口在三国干涉日本退还中国辽东时有功，强迫清政府签订协定，取得了滇越铁路的修筑权，并于光绪二十七年（1901年）兴工。当389公里的越南海防至老街段筑成后，法国人考虑到中国境内山高谷深，路况十分复杂，决定全线铺设弯道半径小的米轨（两轨间距1米的铁轨）。中国段原拟从河口经蒙自、临安（今建水）、通海、新兴（今玉溪）、昆阳、晋宁、呈贡等州县达昆明，因建水、蒙自等地的无知官僚裹胁一群不明真相的群众和流氓无产者，上蹿下跳，强烈反对在其境内修建铁路。加之法国勘测队在蒙自等地为非作歹，四处寻找良家妇女和花姑娘陪酒作乐，强暴奸淫，激起了沿线有良知的士绅和民众的强烈反对，迫使法国人放弃原选路线，从河口沿南溪河北上，偏东避开蒙自城，经碧色寨，过阿迷州（今开远）、婆兮（今盘溪）、宜良、呈贡抵达昆明。
光绪二十九年（1903年），法国政府批准东线全长466公里的规划，于次年正式开工。宣统元年（1909年）4月15日，一期铁路建成，通车至碧色寨。次年4月1日，全线通车。云南第一条铁路，也是中国第一条国际线路——滇越铁路就此诞生。自此，云南的交通状况产生了突破性进展，这条线路对物资的内进与出口发生了重大作用。当然，在铁路修筑过程中，中国人民付出了惨重代价，法国殖民者对中国筑路工人进行极其野蛮的奴役、压迫，仅在滇段修筑的7年间，从各省招募民工总数30余万，而被虐待折磨致死者近8万人，可谓每一根枕木下都有中国人的缕缕白骨。
碧色寨位于蒙自县城东北12公里，未通火车前，是一个只有十几户人家的偏僻乡村。通车后，一跃成为滇越铁路上的特等车站。便利的交通给这个原先名不见经传的小村庄带来了勃勃生机和无限商机，每当吐着黑色浓烟和淡淡蒸汽的火车呼啸而来，车站便挤满了上下车的旅客和堆积如山的货物。碧色寨像一个被注入空气的红色气球，眨眼间便热闹膨胀起来，成为一个装卸、搬运、运输极为繁忙的车站和商家、官家、旅人毕集的大集镇。
被冷落的蒙自、建水等地的矿主和商人眼见火车使碧色寨迅速崛起，遂于宣统二年（1910年）五月，联名上书云贵总督李经羲，要求修建一条由碧色寨经蒙自县城至个旧城的铁路，以便把成色优质的个旧锡与其他矿物销往国外。1921年，个碧铁路全线通车，以后又延长到建水、石屏，称为个碧石铁路。碧色寨车站正好处在北回归线与滇越铁路交汇的地方，是滇越铁路（米轨）与个碧石铁路（寸轨）交会换乘之处，碧色寨在商业上的地位如同一颗闪耀的明星，在滇南腾空而起，各色逐利谋财者在星光照耀下竞相奔来，一个小小乡村很快成为云南的繁华之区。
未久，碧色寨设有海关分关，国际巨商如美孚三达水火油公司、英商亚细亚水火油公司、法国加波公司、德国德士古水火油公司等十多家外国公司在碧色寨设立代办处。车站旁还有一家希腊人开设的歌胪士大酒店，经营项目应有尽有。中国商人、越南商人、法国商人、意大利商人在这块小小地盘上开设的各种旅馆、店铺更是不可胜数，此地一度被称为东方的“小巴黎”。
碧色寨的名声迅速蹿升，繁荣一时的蒙自县城却一蹶不振。原驻蒙自的海关移至昆明，很多商号、洋行要么搬迁碧色寨，要么搬迁省城昆明，蒙自很快衰落下去，重新回到了几十年前的景况，只剩一片片被主人舍弃的高大坚固的洋房蹲在原处空守寂寞，偶尔以黯然的余光向世人昭示曾经的辉煌。——正是蒙自商业地位的衰落，大片房舍闲置，才给予联大文法学院师生进驻的历史机缘。
由长沙撤出的部分教授如汤用彤、贺麟、吴宓、毛子水等到达昆明后，暂住昆明迤西、全蜀两会馆，4月初分几批乘火车到达蒙自准备开课。校区主要分三部分：
一、原蒙自海关作为学生上课的教室，租期为一年零三个月，租金仅为国币一元，其象征意义远远大于实际意义。
二、法国银行、领事馆作为图书馆和教职员宿舍。此三处房舍在一个大院中，来往还算方便。据吴宓记述：“此乃法国人昔所经营布置，为一法国式之花园。花木繁盛，多近热带植物如棕榕（白树。寅恪云，即玉树神油，其汁可避瘴气，制金鸡纳）等。绿荫浓茂，美丽缤纷。……惟房屋甚稀少，半中半西式，且多破坏倾圯，现正在芟除修理之中。此间分校庶务，暂由郑天挺君（毅生，福建）主持，其人贤而才，而工程则夏震寰君任之。宓等均暂住银行一排有地板之半西式房内。宓与涂文君合住311室之前半小间，两床两写字台即占满矣。饭食在教职员食堂。晨粥，一鸡蛋。午晚米饭，每日饭费0。04元，恒患不饱。宓以安南人咖啡店所售之面包佐餐，夜晚以线绳悬面包于空中，防鼠食也。”
三、希腊人歌胪士（Kalos）开办的洋行，为另一批到达的教授居住，这是分校租赁的第二处，也是主要一处居住地。歌胪士洋行属于前后两进的二层楼房，面湖临街，建筑精美气派。临街一进的楼上作为教职员宿舍，楼下与后进作为男生宿舍。郑天挺回忆说：“我第一次去该处时，记得室内的月份牌为192×年×月×日，说明以后未再营业。洋行中尚存有大量洋酒待售，一些清华的教授见到，高兴极了，当即开怀畅饮。”
4月8日之后，到达蒙自的教授渐多，房舍开始紧张起来，在海关院内银行居住者，由每室2人增至4人，而各室内均有门互通，故其“喧扰纷乱之状况，与昆明全蜀会馆亦相差不远，读书写信均难”。
4月12日至20日，经粤、港来滇的男女学生，分批抵达蒙自。由长沙步行来滇的学生，也于4月底到达，如此多的外乡人突然拥入，当地乡民与士绅纷纷赶来观望，整个县城为之轰动。
5月4日，联大分校宣布开学，寂寞的蒙自小城又重新热闹起来。全体女生借住城内早街周伯斋宅第一幢被学生们号曰“听风楼”的三层小楼，周家不仅借出一幢楼房照应女生住宿，还设宴款待联大先遣团成员，令师生深为感动。因蒙自地处边陲，社会成分混杂，打家劫舍的匪徒不时前往光顾。为防不测，分校负责人经与当地政府商妥，由县里派保安队40名驻扎在“听风楼”附近的三元宫，对女生实施保护，每当晚自习散后，女生们要由校警护送进城住宿。
前来的师生发现，蒙自地理环境与内陆省份很有些不同，春天就是雨季，暴雨连旬滂沱不止，搞得人不能出户，城中店铺多数关闭，而“最堪忧惧者，乃时有巨蛇进入室中，惊惶逃避，不可言状”。原居住在蒙自海关的教授，因一室多人，性情各异，喧扰纷乱，不宜备课和休息，一些个性独特的教授开始自觅居处。4月下旬，吴宓、汤用彤、贺麟、浦江清和一位外籍教授于校外合租一幢西式二层小楼，吴宓为其取名为“天南精舍”。到了5月，几乎每天下雨，且较之前更大更猛，道路泥泞难行。由“天南精舍”到蒙自分校教室，须经一片田野，久雨则积水成为泥淖，跨越极其艰辛，一不小心就滑倒于泥潭，成为水中鸭子，或一个情形颇为狼狈的泥猴。不堪忍受其苦的吴宓等教授又陆续返回校内宿舍，在教职员食堂用餐。以久雨之故，凡居住在平房或楼房一层的教授，室中积水淹及床脚，除了蚊蝇乱飞，还有花花绿绿的大小群蛇窜入室内，沿床缠绕，对着主人摇头摆尾，瞪眼吐舌，作啮人状。教授们一见，便惊呼奔逃，久久不敢回宿舍就寝。有一位清华来的青年讲师，晚上看见海关院内墙上有条黑乎乎的大裂缝，颇觉奇怪，拿灯一照，只见一条碗口粗的大蟒从房顶倒挂下来，讲师大惊，手中的灯盏“砰”地一声摔出丈余，后退两步一仰身倒地不起。因海关旧址荒草丛生，蛇蚊特多，令人生畏，大多数教授想到条件较优的哥胪士洋行楼上居住，但洋行房间有限，需抽签决定。对此，郑天挺有过这样一段回忆：“我原住法国银行314号，大批教授来到后，又重新抽签。314号为罗常培、陈雪屏抽得，我抽至歌胪士洋行5号房，邱大年住4号房，于5月3日迁入。此外住在歌胪士楼上的尚有闻一多、陈寅恪、刘叔雅、樊际昌、陈岱孙、邵循正、李卓敏、陈序经、丁佶等十几人。”又说：“寅恪先生到蒙自稍晚，未带家属。经常与我们一起散步，有时至军山，有时在住地附近。当时他身体尚好，我们一起去过蒙自中学参观图书。临离开蒙自时，大家曾去该地的黑龙潭游玩，往返15里，历时数小时。”
陈寅恪与政治系教授浦薛凤（号逖生）及一女生，在安南乘火车于4月23日下午4时才抵达碧色寨，尔后转乘小火车到达蒙自海关旧址，时已暮色苍茫，在与朱自清等教授见面后，方知临时大学已改为国立西南联合大学。而原设在西安的临大，也已迁往汉中，改为国立西北联合大学了。第二天，经与分校总务主任樊际昌商量通融，陈寅恪与浦薛凤、沈乃正等三教授没用抽签，即允准移住歌胪士洋行楼上一大一小相通的两室，浦、沈住外面一大间，陈寅恪独住里面一小间。一个星期后，闻一多由昆明来蒙自，住歌胪士洋行楼上二号一室。教授房中设备统一配置，分别是每人板床一张（三块板两张长凳拼铺而成），书桌一，木椅一，洋油灯一，余则一无所有。因条件实在过于简陋，陈寅恪等各出四元钱，每人向歌胪士洋行购得旧藤椅一把，后来的教授虽欲出重价索购，但藤椅早已售光，只能因陋就简，应付度日了。
由长沙经香港、安南赴滇时，陈寅恪把自己随身携带的文稿、拓本、照片、古代东方书籍，以及经年批注的多册《蒙古源流注》《五代史记注》等，连同部分文献资料，装入两只木箱交于铁路部门托运——这是他几十年心血凝聚并视之生命的珍贵财富。万没想到的是，待陈氏赶到蒙自，雇人力车夫将运来的木箱拉到居住处兴冲冲打开校点，却发现箱内只有砖头数块，书籍等物踪迹绝无。面对如此惨状，陈寅恪当场昏厥。后据校内同事分析推断，很可能木箱在越南海防换滇越火车时发生了变故，而盗窃者可能就是铁路行业内部的不法分子，他们误以为箱内盛有金银珠宝，或其他贵重物品，遂想法窃走，因多数书都由包袱或其他物包藏，窃贼并不以为是书，或以为书中夹有重金。为防盗事过早暴露，另易砖头数块入箱内，以此蒙混过关。可以想象的是，当盗贼们怀着满腹发财的欲望在暗处打开包袱，发现包藏的竟是一堆破旧书籍时，一定气得七窍生烟。而流亡西南的陈寅恪眼望一堆砖头和两只空箱，自是悲愤交加，顿足捶胸，徒叹奈何？奈何？！
陈寅恪所丢之物，并不是传统意义上所谓的“珍籍秘本”，而是他曾花费无数心血用蝇头小楷，在书眉详细记录相关资料以及自己心得的批注本，其间有蒙古史、佛教史和古代东方书籍。这一批眉批本，可说是他研究工作的“半成品”，是心血与思想的结晶，若在此基础上进一步加工润色，便是一部完整的作品。这些书籍在陈寅恪心中的地位之高和价值之巨，是一切读书人特别是靠读书、著书安身立命的知识分子所能深切体会的。1942年9月23日，陈寅恪在给好友、武汉大学文学院院长刘永济信中，对此次遗失书籍与手稿作了如下披露：
弟廿十年来所拟著述而未成之稿，悉在安南遗失。中有蒙古源流注，系依据其蒙满文诸本，并参稽其所出之西藏原书四库提要所谓咖喇卜经等者，考订其得失。与沈乙庵书大异。后闻伯希和在库伦获元秘史元本，故欲俟其刊布，再有所增删。用力虽勤而原书价值颇不高，今稿既已失去，亦不复谈论此事矣。
又有世说新语注，主旨在考释魏晋清谈及纠补刘注之疏失。
又有五代史记注，其体裁与彭、刘旧注不同，宗趣亦别，意在考释永叔议论之根据，北宋思想史之一片断也。
又凡佛经与之存于梵文者，与藏译及中译合校，凡译匠之得失，元本之为何（今梵本亦非尽善本，有不及译本所依据者。又其所据之本，亦有与今不同者。其异同得失，皆略能窥知）列于校记。今虽失去，将来必有为之者。又钢和泰逝后，弟复苦其烦琐，亦不敢涉及此事。但有巴利文普老尼诗偈一部，中文无今译本，间散见于阿舍经。钢君不甚精巴利文，在北平时未与详校。弟前居柏林时，从德名家受读，颇喜妇人入道之诗，哀而不怨，深契诗经之旨。然俱是公历纪元前作品，尤为可贵。欲集中文旧译并补译及解精（？）其诗，亦俱失去。
正因为这批倾尽了陈寅恪心血与汗水的书籍与稿本遭窃，使若干部可以在短时间内完成的新著不得不加以延迟，甚至成为泡影。如《世说新语笺证》《高僧传笺证》等“半成品”，一直未成完璧，遂成终生憾事。在此期间，还发生了一个小小插曲，即此劫发生17年之后的1955年，栖身岭南的陈寅恪突然收到越南华侨彭禹铭一封信，言其家居西贡，曾到海防搜买旧书，偶得陈氏当年遗失《新五代史》批注本两册，寄存家中。陈寅恪闻讯大喜，急欲见到实物，惜越南政府禁书出口，法令甚严，一时无法携出，只好等待时机。未久，越南战火突起，兵火所及，将西贡数万家变成瓦砾之场，彭禹铭家不幸亦在其内，家藏数千卷古籍尽付一炬，陈寅恪批注本《新五代史》一并化为灰烬。据陈寅恪后来说，他唯一得到的“原箱遗物”，是一位旧时清华毕业生梁秩风辗转买得的《论衡》一部，惜这部书不过是当年为填塞箱子起见，偶尔放置其中，实非欲带之书。对此，陈寅恪在致他的学生蒋天枢信中满含遗恨地说道：“当日两箱中文书及古代东方文书籍及拓本、照片几全部丧失。此时身边旧箱中原物，仅余填补空隙不足轻重之《论衡》一种，可叹也。”
陈寅恪的命运如此，而战时流亡西南的知识分子，在旅途中丢失财物者比比皆是。1937年11月27日，吴宓日记载：“阴，微雨。上午9：00至车站，宓之卯箱已运到，遂自舁归。但已破毁，以绳索之。箱内之黑云丝棉袍亦已为人取去。后此宓将卯箱中物，归并其馀各箱，而此牛津纪念品之卯箱遂不复存矣！”时局动荡，世道如此，面对一幕幕惨象，作为一介知识分子除了扼腕长叹，夫复何言？
遭窃事件使初到蒙自的陈寅恪一病不起，悲愤交加中，仍做着登堂授课的计划。待身体稍有好转，便写信向中央研究院史语所同仁求援。时史语所历史组的劳榦（字贞一）、陈述（字玉书）等人已抵达昆明，并与史语所同仁丁声树、全汉升等借住拓东路663号赵元任家。5月1日，陈寅恪致劳榦、陈述二人信中，以哀伤的笔触写道：“弟到蒙已将十日矣，欲授课而无书。不知史语所之三国志、晋书、南北史、魏书、隋书、通典等在昆明否？如在昆明，无论何种版本（即开明廿五史本亦可），请借出，邮寄或托友人带下均可。如昆明史语所无此类书，则朋友中能辗转借得否？此次来蒙，只是求食，不敢妄称讲学也。”
5月7日，陈寅恪向劳、陈二人追加一函，谓：“三国志、晋书已在此间借得，可以不寄。通典如一时未能借得，亦可从缓。近中央研究院史语所有书箱运到蒙自，借与联大。以无目录，又无人到此点交，故不知其中有无大藏经、四部丛刊、三通在内，请两兄代弟一查，并速示以在何号书箱内为感。此间联大已催史语所派人来蒙自点交，愈速愈好，因有许多功课皆视书籍之有无以为开班与否之决定也。弟俟孟真先生到昆明后当来昆一行，大约在五月底或六月初也。所中同仁均乞代致意。”
劳榦与陈述接到陈寅恪求援信后立即行动，于5月5日寄出第一批书。然而路途关口阻隔，寄送并不顺利。5月12日，陈寅恪在复信中说：“南北史收到，感荷感荷。北史为百衲本，然则百衲本未运到耶？（五日寄南北史，八日即收到。）来示谓本月六日已寄魏书，今尚未收到，乞一查为感。”信未补充道：“蒙自已入雨季，起居饮食尤感不便，疾病亦多，吾侪侨寄于此者皆叫苦连天，想昆明或较此略胜。”
三天后的5月15日，陈寅恪接到劳、陈二人于11日发出的信件，谓大藏经不在昆明而在重庆。焦急中的陈寅恪再发一函述说急迫之情：“大藏经弟急需用，因弟在此所授课有‘佛经翻译’一课，若无大藏则征引无从矣。乞速航空信请重庆速径寄蒙自，不胜感盼之至。魏书今日已收到，谢谢！那君信已收到，所以急盼那君者，为大藏耳。今大藏既在重庆，不知昆明方面尚有哪位可卖或可借否？前云南省长王九龄提倡佛教，曾请欧阳竟无讲经，疑昆明或尚有可借处也。”
陈氏信中提到的那君，指史语所图书管理员那廉君，此前史语所拟派那氏赴蒙自点交寄往联大分校的书籍，陈寅恪欲让那廉君把大藏经一并携往蒙自，想不到昆明无书，希望落空。欧阳竟无，名渐，字竟无，亦称宜黄大师，江西宜黄人，著名佛学家、居士，与陈寅恪属同乡旧识，曾赴昆明讲经并为陈氏所知。
几天后，那廉君来到蒙自欲点交书籍，因涉史语所与联大的运费问题发生纠葛，未能开箱。陈寅恪亦收到劳、陈二人寄送的昆明佛经流通处所刊佛经目录。陈氏看罢，认为可买者不多，遂于5月21日回复道：“兹将目录寄上，乞查收，并希将右列六种购就寄下……屡次烦渎，心感不已，所费邮资谅已不少（如航空信），希示知，以便弟照数奉还。又，高去寻君文稿亦交那君带回，并附一复书，乞转交为荷。”
6月17日，陈寅恪给劳榦、陈述二人再发一函，此为迄今可查的陈氏在蒙自期间发给二人的最后一书。内容如下：
大作均收到，容细读再奉还。弟于七八月间必到昆明，如两兄不急于索还，则俟弟亲带至昆明面还。如急需，即乞示知，当由邮局寄上也。
联大以书箱运费系其所付，不欲将书提出。现尚未开箱，故联大无书可看。此事尚须俟孟真先生来滇后方能商洽解决。研究所无书，实不能工作。弟近日亦草短文两篇，竟无书可查，可称“杜撰”，好在今日即有著作，亦不能出版，可谓国亡有期而汗青无日矣。大局如斯，悲愤之至。匆复。
许多年后，陈氏弟子蒋天枢在《陈寅恪先生编年事辑·师门往事杂录》中，摘录了陈寅恪致陈述三封信函，多涉学术方面的问题，陈氏对二人的关爱、呵护、教诲之情溢于言表。在转引6月17日致劳、陈二人信后，蒋氏曾注云：“其时先生漂泊西南，备历艰困，当流亡逃死之际，犹虚怀若谷，奖掖后学，孜孜不倦。其以文化自肩，河汾自承之情伟矣！录上四信，藉见先生彼时情怀。世之读上录函件者，其亦省识先生当日感愤之深欤？”