身为物理系主任，叶企孙原先奉行的人生理念不时受到考验和冲击。过去他奉行“群而不党”和“独善其身”，用儒家信条建构的天地人的空间概念，横向与纵向的人际关系和积极进取的用世态度，对他都产生了相当大的影响。如果用一句话来概括叶企孙这个人，熟悉他的人都会同意这句话：他是一个拥有科学知识的正人君子。但是，他现在是一个系的主任，上下左右的空间位置都发生了相应的变化。清华园也如江湖，于是就有了“人在江湖，身不由己”和“在山泉水清，出山泉水浊”的诸多感怀。
1926年间，北京各高校间最时髦的一件事莫过于加入革命党。叶企孙经历过这些事情。在他求学年代，上海和北京可谓党林丛起，旧党和新党，五色斑斓，不一而足，但他从来不为所动。但是，现在轮到他的学生心动了。清华园里学生们最崇拜的人是那些慷慨激昂的国民党左派，他们已经秘密渗透到学生会里，其忧国忧民悲歌呼号的姿态特别容易令一些青年学生怦然心动。当时的中国，内受军阀混战之苦，外遭强敌蹂躏，为祖国命运深深忧虑的知识分子理所当然会被反帝反封的潮流所吸引，这是每一个爱国知识分子非常正常的反应。叶企孙从没以隔岸观火的冷漠态度看待过学生运动。他认为“国家兴亡，匹夫有责”，问题是要弄明白自己的责任。大难临头，临阵脱逃无疑是丑类，但不分青红，逞一时之勇，亦非智者所为。“微子去之，箕子为之奴，比干谏而死”，其抗争的样式有多种，以制敌致命为原则。叶企孙从来不主张自己的弟子尚未学成就快意恩仇，特别是国难当头，“天下无道，则礼乐征伐自诸侯出”的乱世，必须以深远的目光来谋划国家的未来，这是那个时代诸多名学者的共识。蔡元培先生说：“我对于学生运动，素有一种成见，以为学生在学校里面应以求学为最大目的，不应有何等政治的组织。其有年二十岁以上，对于政治有特殊兴趣者，可以个人资格，参加政治团体，不必牵涉学校，所以民国七年夏间，北京各校学生，曾为校外问题结伴游行，向总统府请愿；当北大学生出发时，我曾力阻他们，他们一定要参与；我因此引咎辞职。”蔡元培先生可谓一代哲人，他认为学生最大的“责”在学习，应该以学为第一原则，学成之后，大可为国家利器，小可为锋矛利箭，于国于民均可便宜行事，这是一种深刻而成熟的民族国家政治经济学。联想当今世界，只见勇敢而不见智慧，只见石块而不见书桌，只见少年赴死而不见科技实力，不能不让人扼腕叹息。不能不感谢叶企孙这样的智者，当年是以怎样的眼光和胸怀引领着学生们绕过可能导致他们夭折或倾覆的急流和险滩，终于使这些国家的栋梁之才平安渡过危险期，在共和国最需要的时候被派上了用场。
王淦昌就是其中一例。
学生时代的王淦昌是一个热血青年。
他在《一代师表叶企孙》书中回忆这段时期时说：
我参加过两次30年代的爱国运动，六十多年来很难忘怀。1925年6月，为了抗议日本帝国主义残杀中国人的“五卅惨案”，我和中学同学们在上海南京路上游行，并抱着传单沿途散发，英租界的一个巡捕抓住了我，我质问他：“在我自己的国土上散发传单，你凭什么抓我？”他愣愣地看着我，过了一会儿才用英语咕噜道：“你自己的国土？可这里是英租界！”我用英语冷冷地驳斥他：“正因为这里是英租界，我才来散发传单。你和我还不是一个样，我的祖国受帝国主义欺凌，你的祖国则已沦为帝国主义殖民地，当了亡国奴。可惜的是，我还为祖国的命运而拼搏，而你却为侵略者效劳。如果这件事发生在你的国土上，你能抓自己的兄弟同胞吗？”他无言以对，把我带到一个僻静处悄悄放了，临走还握着我的手说：“小兄弟，你说得对！我理解你。”
另一次是在我已考进清华大学之后，1926年3月12日，日寇军舰侵入我国内河，遭到我大沽口驻军的阻击，英、美、日等8国借所谓“大沽口事件”向我国政府发出最后通牒。为了祖国的神圣领土不受外国随意践踏，清华、燕大和女师大等高校约四五千人集会游行，抗议八国政府的“最后通牒”。我拉汪如峰同学参加这个活动，先在天安门开会，然后游行到段祺瑞执政府门前示威。没有料到全副武装的军警竟向手无寸铁的爱国学生开枪，我身旁的同学随着枪声倒下了，血溅到我的衣服上，抬头一看，女师大的同学也倒下了一片，这时人群全乱了。我的同班同学韦杰三牺牲了，我既气愤又感到茫然，作为一个爱国学生今后该怎么做？一腔热血应洒向何处？
当晚，我和几名同学到北院七号叶师家，向老师讲述了白天亲眼见的天安门血案。他听后神色激动地盯着我说：“谁叫你们去的？！你们明白自己的使命吗？一个国家，一个民族，为什么会挨打？为什么落后？你们明白吗？如果我们的国家有大唐帝国那般的强盛，这个世界上有谁敢欺侮我们？一个国家与一个人一样，弱肉强食是亘古不变的法则，要想我们的国家不遭到外国人的凌辱，就只有靠科学！科学，只有科学才能拯救我们的民族……”说罢泪下如雨。叶师的爱国激情，他对科学救国这种远见卓识，他对青年学生所寄托的厚望深情，深深地感染了我。爱国与科学紧密相关，从此成为我们生命中最最重要的东西，决定了我毕生的道路。
王淦昌等人所参加的这次学生运动，事后有证据证实，这是国民党策动的结果。“国民军封锁了天津大沽口海港，北京外交团受日本运动，提出最后通牒，限44小时内撤去封锁。国民党于是发动反对外交团的运动。17日晚10时半，清华‘学生会’评议部主席黄仕俊接到翠花胡同8号国民党部通知的电话，当即摇铃召集评议会，通过参加国民大会，次日发动同学四五十人赴北京参加国民大会，反对‘八国通牒’，然后转往段祺瑞政府的国务院请愿……惨案发生后，校内同学检讨，认系共产党派学生煽动所致（实际是国民党），群起指责彼等的清华的‘恶势力’。”（《从清华学堂到清华大学》，第228页）
有资料显示，共产党在清华成立第一个支部的时间是此次运动后约8个月的事情，据说有党员7人。梁启超对在学校内成立政治组织不感兴趣，他说：“清华研究院里便有共产党二人和国民党七八人。他们人数虽然少，声音却很大。清华园不安应该是他们所制造的……”梁启超的发言代表了那个时代一部分学者对在校建立政治组织的不满态度。显然，叶企孙是赞成梁启超的观点的。不仅如此，而且他的目光已经聚焦在科学救国和科教救国目标的具体实施上，他的这些学生，就是他实现这一目标的最重要的组成部分，一个一旦失却永远也难接续的环节。在之后的岁月里，叶企孙之所以坚韧地活着，就是为了心中这个目标。他生活的意义就是一天天接近目标。因此，当他看到一些学生目光有所漂移，志趣有所浮动，置学习于不顾时，其心情可想而知。
实际上，对于“强烈的校外政治活动”和学潮竞起的局势，倘若进行客观的分析，就会发现这里面其实也是鱼龙混杂，泥沙俱下。苏云峰先生说：“学生运动之原因很多，爱国情操只是其中之一，但也很可能是一种借口，如学生总喜欢在考试时借爱国之名罢课和罢考，尤以功课较差者、行为不检者和有政治狂热者然。”而罗家伦曾是一个积极参与学生运动的人，他的声名在五四运动中远播四海，“五四运动”这个概念也是他第一个提出的，但是，这位学生领袖出身的人在谈及学生运动的兴衰时也分析道：
第一，青年做事往往有一鼓作气，再衰，三竭之势。
第二，做第一次学生运动的时候，负责的都是用功的学生，静则思动，所以他们的精力都很充足，思想也很周到，行动也很有计划，但是到后来动久而不能静，有许多人只知道动而不知道读书，于是乎其动乃成为盲动。
第三，最初动的学生，是抱着一种牺牲精神，不是为着出风头来做这些活动的。因为最初几个人声名较大，大家知道的多了，于是乎有许多人以为这是成名的捷径，乃是出风头的最好方法，于是个个想起来动，结果必至于一败涂地。
第四，政治力量的掺入。“五四运动”的时候，可以说是没有一个人是有政治色彩或是有政治目的而在活动的。当时只是纯粹的青年血气冲动。到了后来，各种政治的成分都参加进去了，所以往往起内部的破裂，于是学生行动也就不能一致……（《百年国士》1卷《蔡元培传》，中国文联出版公司1999年版，第71页）
或许是基于清华园内部制订的严格纪律，抑或是诸多学者教授对学生运动达成了共识，清华园终于没有像北京大学或其他高校那样成为学潮圣地。学校仍然强调学习纪律，管理依然严格，违规犯纪或成绩不良照样会被开除，在局势动荡不安学潮汹涌不断的年代，清华园内已然一派安静的学习氛围，而且这样的环境一直保持了整个“第三时期”，这不能不让人拍案称奇！
犹如冬天里出了个小阳春，清华园里由于拥有了这个“第三时期”，才显得与众不同。而这个时期培养的人才在近半个世纪后的横空出世，又给我们出了一个巨大的题目：该怎样评价当年科学救国的丰功伟绩？
大量的材料和资料显示，叶企孙不仅同情革命，而且还保护过许多进步青年。我们或许可以从另一方面寻找出他的真正动机。
钱伟长是清华大学物理系第七级毕业生，他是著名国学大师钱穆之侄。入学考试时，历史和国文以满分为全校师生瞩目，陈寅恪先生就说：从中国史的根底看，钱伟长在中国史上很有前途。但钱伟长却要求进物理系。他受室友兼乡友何凤元、殷大钧影响，这两个人是物理系学生，又是中共地下党员，他们经常向他介绍物理系的情况，特别是介绍大名鼎鼎的叶企孙先生和吴有训先生，说他们都是具有国际学术地位的师长，因此给钱伟长以深深的吸引。另外的深层原因是，钱伟长是1931年9月16日来到清华的，3天后，就得知了“九一八”日军占领东三省的消息。以钱伟长在国学方面的资质，以叔父钱穆对他的期望，他原本要读历史或文学的。考试后，陈寅恪先生和杨树达先生都对他期许甚高，杨树达先生逢人便说，中文系进来一个少见的高才生，除了英语稍差一些外，中文可以和外语系的钱钟书相比。然而，钱伟长当时满脑袋都是火光熊熊的国恨家仇场面，那些柔软湿润的文学已如江南轻飏的柳絮缺少力度。他那时想的是“学文史是远水救不了近火”，便下了弃文学工学理的决心：“清华那时还只有初设的土木系，在殷大钧等的影响下就决心要进物理系，当时并不晓得有原子能，只大概知道物理系是制造飞机、大炮、坦克等武器装备的基础。”
但是，钱伟长的愿望却在吴有训那里受到了阻击：“吴教授好像很有成见，说物理系每年只收几个学生，都要有较好的数学物理基础，还说我的数理化和英文考得不好，如果你要进物理系，新生将有四五十人都可以进物理系，这是绝对行不通的。”
没有办法，钱伟长只得找一些年长的同学求助，让他们想想办法，看能不能通过疏通来达成心愿。
这时大家把目光锁定在叶企孙先生身上。
之所以这样选择，钱伟长说：“殷大钧建议，由他约同物理系三年级同学赵九章、王竹溪以及何凤元一起向叶企孙求援。殷大钧他们认为，叶老师平常和年青同学关系很好，在五四运动以后十几年的动乱中，他热爱祖国，同情和支持青年同学的爱国活动，他思想开明，每一班同学中都有几个人和他不仅思想上能沟通，在生活上也很接近，像1925年进校的物理系第一级学生王淦昌，就和叶老师很接近……”
钱伟长所说的殷大钧，此时是清华园的中共地下党委书记。后来，他曾担任过共和国元勋董必武的秘书。而何凤元也曾继任清华园地下党委书记，建国后任国家民航局局长。在他们的心目中，叶企孙是积极进步的爱国人士，且一贯同情支持青年学生的爱国活动。晚年，已是全国政协副主席的钱伟长先生曾在《一代师表叶企孙》一书中回忆叶企孙先生多次掩护救助校内的进步青年的故事——
叶老师和青年学生关系密切，叶老师长期居住北院七号，晚间经常是年轻学生造访和论谈的场所，叶老师一辈子独身，身边只有一位能干的周师傅，既是司机又是管家。叶老师经常和各班的一些青年建立了友谊，熊大缜就是我们那几班中与叶老师关系比较密切的一员，从四年级起到毕业后留在学校当助教，到1937年卢沟桥抗日战争开始为止，一直和叶老师住在北院。从五四运动以后，清华的学生运动接连不断，叶老师的家中，也是年青人议论这些事情的场所，叶老师总是抱着同情的心情参加议论。
尤其在“一二·九”运动期间，有几次反动军警包围搜捕清华学生时，有不少学生领袖就曾躲藏在叶老师的北院七号家中，殷大钧和何凤元和叶老师就很熟悉。在喜峰口1932年刘汝明抗击日寇后，清华学生曾分三批去喜峰口慰劳前线将士，就是由何凤元去叶老师家请求学校支持交通工具，那次我也在场，当叶老师听说物理系有好些学生参加时，不仅即时和梅校长交涉，学校每次出大客车三辆，而且叶老师主动让他的司机周师傅，驾着叶老师的私人车给慰劳团使用，叶老师还要亲自参加慰劳团。后经大家劝阻才同意不去的，但在第三批出发时，他还是参加了，而且一直到了喜峰口外潵河桥前线（现在河北省迁西县境内）。在1936年，傅作义部下在绥远百灵庙（现呼和浩特、二连浩特之间）击败日本侵略军大捷，清华师生曾发起慰问前线将士，叶老师发起教师捐款，家属把自用缝纫机组织起来制造棉衣和伤病员的卫生疗养用品，送往百灵庙前线，这些活动也是在叶老师的家中聚会时谈出来的。
1936年2月，北京反动军警曾在某日早晨，包围学生宿舍，按告密名单搜捕地下党的领导成员，该时地下党书记牛佩琮（解放后曾任全国农业生产资料供销社主任）和我住一屋，当反动军警推开新斋405房门时，牛佩琮已起床在盥洗室洗脸，不在室内，由我缠着军警，牛则闻声逃出新斋，到附近北院叶老师住宅中换了周师傅的衣服，由北院后边牛奶场溜出了学校，从此再未返校。在“一二·九”运动开始后不久，清华学生抗日救国会曾组织自行车南下宣传队，一行大约22人（其中有历史系女同学吴翰一人），自1935年12月24日清晨6时离校，经过天津、济南、徐州、蚌埠，而于1月13日抵南京，在1月15日在南京中央大旅社和中央大学等散发反蒋传单，全体被捕，押解郑州，放逐北返。在出发前当叶老师知道我参加这一队伍，而且还有6名物理系学生（其中有戴振铎，现为美国科学院院士）和4名化学系学生参加后，即派熊大缜来补充我的行装，动员1936级物理系同学杨龙生把他的加强的新自行车借给我，换下了我的破车，把熊自己的皮夹克借给了我御寒，而且给我们从学校所存军毯中每人配备一条。出发的早晨他和梅校长都在大礼堂前送行。后来我们知道，他还派青年体育教师张龄佳在天津、济南、徐州等地为我们打前站，疏通当地当局，给我们放行，在南京被捕后，也是他动员南京中央研究院物理研究所所长丁西林（解放后曾任中央人民政府文化部长）等出面交涉，才得以押解至郑州，放逐北返了事。
清华园里，北院七号实际成了当时进步学生的一个秘密联络点和庇护所。葛庭燧先生是清华物理系第八级学生，他就得到过叶企孙的多次救助，他在《一代师表叶企孙》书中这样回忆——
1933年我读完大学三年级以后，得了肺病，休学两年，在北平西山福寿岭平民疗养院卧床疗养。叶先生曾来看过我两次，使我深受感动。1935年9月，我返校复学，不久发生了“一二·九”运动。有一次北平当局派军警在夜间包围清华园，搜捕进步学生，当晚我躲在清华北院叶先生家里，叶先生未结婚，当时物理系助教熊大缜与他同住。熊到外面打听，果然捕人的黑名单里有我。清华学生当时分成两派：在大礼堂开会的叫大礼堂派（救国会派），在同方部小礼堂开会的叫同方部派。有一次，救国会派“选举”了5名“汉奸学生”，有三百多名学生签名贴了大字报公布。这5名学生向北平法院控告了10名同学侮辱他们的名誉，其中有8位是救国会的委员，另外两人是钱伟长同志和我。当时正在大搜捕之后不久，这些人都躲避了，我也躲进了北平城内医院。后来我看到报纸上登载了开庭日期，我想，如果不出庭，就会缺席判决；如果出庭，则肯定有军警在外面等着拘捕。在这种情况十分紧急之际，我连夜赶回清华园向叶先生求救，得到了叶先生的大力帮助，他说服了当时的教务长出面干预，才把这件诉讼案压了下来。
“一二·九”、“一二·一六”以后，北平学生抗日救亡的情绪十分高涨，成立了中华民族解放先锋队，当时清华的大队长先后是凌松如同志（已牺牲）和雷骏随同志（即李昌同志）。我参加了这个组织，担任了一个中队长，并与何玉珍同志（已故）、武衡同志、章宏道同志（即章文晋同志）、戴中扆同志（即黄葳同志）等组织了外围群众团体“实用科学研究会”，很多同学申请参加。为扩大影响，我们举行了一次民众招待会，目的是向民众宣传科普知识和国防科学。这项倡议遭到了当时学校当局和物理系领导的坚决反对。后来还是通过叶先生的反复斡旋，物理系才同意借给仪器（由叶先生担保），在同方部小礼堂请熊大缜、阎裕昌两位先生做“太阳、空气和水”的科普演讲，由熊大缜讲，阎裕昌做表演。阎是老工人出身的物理系仪器管理员，并担任普通物理学课堂表演助手。这次讲演会的听众十分踊跃，清华园附近的民众扶老携幼而来。当天晚上还放映了一场科技电影。本来希望在清华大礼堂放映，但是学校当局坚决不肯（也许是怕民众把礼堂弄脏），后来还是通过叶先生的大力协助，由学校在礼堂前面的草地上临时搭了一个架子，挂上了大屏幕，在大礼堂二楼上向外放映，上千名的民众席地而坐看电影……
解放后曾担任共和国国务院副总理的姚依林，在清华大学上学时名叫姚克广，是中共地下党的负责人，他就多次受到过叶师的帮助并利用北院七号进行过革命活动。戴振铎先生是物理系第九级学生，他在《一代师表叶企孙》一书中回忆叶师对学运的态度时说：
1936年底，我又参加了绥远大青山抗敌前线服务团，慰劳傅作义将军领导的队伍英勇抵抗日军的侵略，运送军需物资（医疗及防毒面具等），领队是级友高本乐，团员18人内有物理系十级的王天眷、陈芳允和李正武。回来后见到叶先生，他对我笑笑说，物理系参加劳军的同学不少，真想不到，并问了一些劳军的经过和内蒙人民生活情况。从这些事情中，可以看出叶先生对学生运动支持的态度。
钱三强是物理系第八级毕业生，周光召是物理系第十二级毕业生，他们在《一代师表叶企孙》书中谈起叶师的爱国情怀时都谈到了在西南联大的一段经历——
在1945年“一二·一”运动时，叶先生担任代理西南联大常委会主席，他主祭“一二·一”运动中牺牲的四烈士，为保护学生，他亲自出面与当时云南省主席、昆明卫戍司令交涉，要求允许学生抬棺游行，还主持组织法律委员会处理与惨案有关的控诉事件，伸张正义。叶先生同情爱国的学生运动是一贯的，1935年底“一二·九”运动时曾暗中捐款资助学生运动，在北平学生南下请愿时，他曾到人群中去送别。
1945年国民党反动派在昆明制造了“一二·一”惨案，其后李公朴、闻一多两位先生也相继被害，叶先生却不畏白色恐怖，公开站在广场上主祭“一二·一”四烈士，并亲自出面与昆明当局交涉，要求允许学生抬棺游行。
戴振铎先生的回忆文章中还谈到他们那次从大青山慰问归来后，请示老师是否免补因此行而缺的课程，老师回答：不可免！
这就是清华的校风。
在叶企孙先生身上存在着十分矛盾的现象：一方面，他是主张学生以学为主的，不愿自己的学生过多地涉猎政治活动而分心，不愿学生被功名利禄诱惑而学业夭折；另一方面，当国难当头，学生为国为民奋起呼号时，他又激赞有加，暗中支持。这两种看似不同向度的东西，如果深入分析，就会触及叶企孙身上最本质的部分，这就是“爱国”。爱国主义是叶企孙思想体系中最重要的组成部分，质地坚硬，晶莹璀璨。虽然他也同岳飞、辛弃疾那样有着壮怀之思和冲冠之怒，但不同的是叶企孙走的却是前人未曾走过的科学救国之路。这条道路比之别的道路，要有更加艰辛的预设，卓尔不群的表现形式，更长时段的奋斗周期，还要有苛刻的外在环境要求。