任命案公布不久，清华学生代表刘汉文、林文奎、汪镳便赴南京请愿。蒋介石以教育部长的身份接见了3位请愿者，他与3人扯了一会儿闲篇，几乎没听3人的申述，便说你们的意见我已知道，吴南轩先生已经告诉了我。希望你们回去转告一下清华大学的学生们，你们的主要任务是学习，我们的主要任务是管理校政，我们保障好你们的学习，也请你们不要妨碍我们的决定……
3位南下请愿的学生又见了吴南轩，显然，由于蒋介石定了调，吴南轩除了“谢主隆恩”外，还要强化“党化教育”的理念。他谈了如下几点意见：
（一）将遵照蒋主席的整饬学风的意旨及教育部所核定的长期发展计划，以大无畏精神、稳健步伐去执行。
（二）在认识方面，将本着大公无私态度，推诚相见，绝不玩手段：“用人只重品学才能，无派别门户之见”，不带私人，也不轻易更动现职人员。
（三）治事方面，将严守法治精神，不徇私情破坏法制，欢迎师生积极建议，将以公开态度，择善而从。
（四）注意学校的均衡发展，绝不偏颇。
（五）对清大的最大希望是，提高学科程度，养成浓厚的研究风气，注意培养学生的人格，“务使清大成为现代式重智的大学之外，兼备吾国古代尚德教育的美风”，使人才辈出，完成为党国培养人才的使命。
（六）对于学生，强调“同学应注重自身学德的修养，少分心注意学校行政方面，盖学校行政之事，应完全由校长负责”。
吴南轩的6条意见中，最后一条最后一句是关键中的关键：“盖学校行政之事，应完全由校长负责。”一句话，使当时的大学教育倒退了许多年。
1912年，时任教育总长的蔡元培建议引进德国大学教育模式，并于1919年在北大率先设立“评议会”、“教育会”之后，这种教授参与大学决策与管理的观念便深深植根于清华大学的教授们心中。这项制度之所以在清华大学得以坚持和完善，和清华大学的教授族群多数来自欧美大学的背景有很大关系，特别是清华的“少壮派”，他们多数在美国完成了高等教育，美国式的民主和自由等社会价值观不知不觉成为他们对社会和单位的判断尺度和审美标准。他们尊崇的是学术之独立，自由之思想，他们排斥的是独断专制，党同伐异。他们在社会的坐标上往往只呈现一个隐形的轮廓，甚至像气体般柔软，像液体般流动，但有时候却比刀刃更锋利，比钢铁更坚硬。他们可能被挤压，或许会变形，甚至会服从，却不会从心底服膺。因此，当蒋介石委任吴南轩为清华大学校长时，清华大学的教授们在第一时间内考虑的并不是拥护不拥护，服从不服从，而是用他们自己的标准衡量吴南轩，看他适合不适合，符合不符合清华园的传统和思想。
在清华人看来，吴南轩资质平平，并无学术地位，并非如蒋介石所说“学识极优”，让这样一个平庸却拥有极大政治权力的人长校，对清华无疑是一大戕害。而他的校长治校方略，则是推行专制的信号，校长一人说了算，和过去封建社会皇帝一人说了算有什么两样？
尖锐的对立再次浮出水面。
上次与乔万选的对决，其身后是国民革命军京津卫戍总司令阎锡山；这一次与吴南轩的对决，其身后是国民革命军总司令蒋介石。靠山一个比一个硬，一个比一个大。
但清华园并不屈服。
从罗家伦辞职起，叶企孙便以代理校长的身份出现，虽然委任为代理校务的还有冯友兰，但罗家伦一走，一些学生因冯友兰的北大背景，屡屡与冯和郭廷以纠缠，冯氏便不得不退而辞之。这样，在这段特殊时期里，叶企孙不得不站在清华大学这艘夜航船的最前端，接受着风口浪尖的考验。
1931年4月16日，吴南轩在清华就职。其仪式一如罗家伦就职典礼，北平党政军警代表悉数光临，放气球，奏军乐，热闹非凡。吴南轩在会上致辞，公开宣布自己的使命是“为党国培养人才”，给人的感觉比罗家伦更罗家伦。
此时的叶企孙，正在欧洲休假，就在吴南轩粉墨登场时，他和吴宓正在湖上泛舟游览。
四月十六日（thursday）
晨，阴雨。由el
ver（territet）窗中外望，湖山水天，浑沦一片，作深青色，而雪山为云所断，云更由山顶出，绚丽如吐烟，色皆青白，比昨夕更饶幽韵。得诗一句，足成昨稿。
晨餐后，仍微雨。与企孙出，乘电车（0.30franc）西行，沿湖滨，约十分钟至一刻，抵clarens（译音克拉朗）……（《吴宓日记》1930-1931卷，第252-253页）
吴宓此时正在法国巴黎休假，叶企孙的学术休假地是在德国的哥廷根大学。按照学校规定，他将要在这里进修一年。二人相约来日内瓦湖游玩，于是方有吴宓日记中记述的4月16日之行。
一个多月前，吴南轩尚在南京时，曾给远在德国休假的叶企孙拍了一封电报。电报里，吴用温婉的口气请求叶企孙能否暂缓休假，回国与其“共襄校务，援以助力”。吴南轩知道叶企孙的学术地位和崇高人望，若能获得他的支持，清华的诸多问题或许迎刃而解。吴南轩本是个狂傲的人，中央政治学校副主任的经历和蒋介石的后台使他有些飘飘然。但在叶企孙面前，他还是把自己的姿态放低了一些。他耐住性子在电报里说了一些软软的话，甚至有些低声下气。他想这样会更保险，叶企孙本是个谦和的人，常言说伸手不打笑脸人，我这样礼贤下士，况且还有蒋总司令的依仗，这个面子他总得给吧？
哪料想，叶企孙还真狠狠地驳了他的面子。
叶企孙回复说，正在课题之中，实难从命，冷冷地回绝了他。
叶企孙的不合作态度在清华大学里边引起了不小的反响，在很大程度上影响了许多持观望态度的教授和学生，他们纷纷加入到不合作的阵营里，向吴南轩公开叫阵。
吴南轩上任伊始，就秉承蒋介石的意志，独揽大权，实行校长专制，取消“教务会”和“评议会”的诸多权力，擅自任用私人亲信，将各系、科室主任全部撤换等等，一时引起全校师生的公愤……
叶企孙又给了吴南轩第二次打击。
就在吴上台不久，他和法学院院长陈岱孙、文学院院长冯友兰相商后，突然集体宣布辞职，并在京津媒体予以发布，一时成为驱吴运动的导火索。
5月28日，清华大学教授会通过决议，公推萨本栋等7人组成呈教育部电文起草委员会，谴责吴南轩“唯务大权独揽，不图发展学术，加以蔑视教授人格，视教授为雇员”，并致电蒋介石本人，要求他“另荐贤能”，若问题不解决，“全体教授定于下学年与清华脱离关系”。
5月29日，学生会召开全校学生大会，表示坚决支持教授决议，要求撤换吴南轩。学生会干部还组织学生整队环列到校长住宅，高呼驱逐口号，命令其即时离校。
吴南轩在四面楚歌中离开了清华，他带着校印逃到了市内东交民巷利通饭店里，一想遥控办公；二想切断清华的经济来源，迫使就范；三想逃躲过风头，等来政府出面弹压；四想制造舆论，反诬教授会“唆使学生，胁迫校长”等罪名，以寻求社会的支持。
清华师生对此针锋相对。学生会召开紧急大会，决定组织护校委员会，发表声明说“倘吴借武力到校，决武力护校，准备流血”。教授会也成立校务维持会，并选派代表去南京教育部请愿。
吴南轩终于不敌，他身后的国民党政府也无可奈何。6月25日，吴南轩带着悲凉郁怨的心情离开了北平，行前发表宣言，表示对清华人的极度失望——
教授治校，原有可采，不过其精义在集中于治学方面，养成纯粹研究学术之精神，不在领导学生干预校政，以为推倒他人之工具，造成“学生治校”、“校长不治校”、“教授不治学”之风气。
吴南轩走后，南京政府再也不敢随意染指清华。蒋介石似乎正忙于戡乱南方“匪事”，也无暇顾及陡然生变的北国清华。教育部在驱吴风潮平息之后，只是草草传来一纸任命，委派清华教授翁文灏“暂代校务”。翁文灏曾是叶企孙任理学院院长时聘来的地学系教授，当时鉴于校内问题棘手，以忙于南京地质调查所的事务为由，不久就辞去了任命。教育部又急招叶企孙回国，委任他为清华代校长，主持清华校务。
这是叶企孙第二次任清华代理校长。
叶企孙再次主持校务，这使他企盼梅贻琦长校的心情又强烈起来。要想有一个好的教书育人环境，群龙无首的局面显然是不行的。尽管南京国民党政府推行党化教育的力度将会逐渐加大，但在某些特殊区域，恪守学人的信念，真正推行学术独立，专家治校的理想图景还是能局部实现的。为了达成这个目的，他迭递辞呈，给教育部施加压力。他在一封电文里说，“校务万端，非企孙所能胜任……企孙从十月起，决不再负兼代校长职务”，给梅贻琦顺利长校创造条件。
在清华大学教授队伍里，经过几多风雨洗礼和多方比照，大家对叶企孙先生提名梅贻琦长校的意见表现了空前的一致。国学研究院里的吴宓、陈寅恪、赵元任、李济，法学院的陈岱孙，文学院的冯友兰，哲学系的金岳霖等等，都站出来为梅贻琦说话。有史料显示，在这一时期，李济先生曾向教育部政务次长钱昌照推荐梅贻琦，而时任教育部长的李书华也深受清华园内部声音的影响，最后决定起用梅贻琦。他在台湾纪念梅贻琦逝世一周年时在文章里写道：“民国二十年下半年我任教育部长的时候，正值清华久无正式校长，我急于解决这个问题。当时我再三考虑，认为月涵最为适当，时月涵正在美国任留美学生监督，我电征其同意后，于民国二十年九月二十三日提出行政院国务会议通过，以月涵任国立清华大学校长。我旋即电促月涵从速回国……回想我在教育部所做的事，令我满意的不多，我为清华选择了这位校长，却是我最满意的一件事。”
和叶企孙做过的许多事情一样，史料上也未显示过他在梅贻琦长校一事上的丁点印痕。要不是快嘴快舌的吴宓在日记上记述叶企孙曾在五年前就呼吁梅贻琦长校，我们也绝不会把目光聚焦在他的身上。
他是一个总让历史记不住自己的人。
事实上，梅贻琦对于长校一事是心存顾虑的。就在叶企孙代理校长期间，他为此事特意给梅贻琦去函做过工作。他在函中为其介绍校中情况，疏解他的顾虑，促请他早日回国就职。在此之前，梅贻琦是坚辞不受的，据他夫人回忆，当他长校的消息传到美国，“许多朋友都劝他不要接受这个差事”，说他不是做官的人，最好继续留在美国。梅本人也“一再请辞”，从某种意义上说，叶企孙的支持使梅贻琦获得了信心，成为他决心回国效力清华的一个重要因由。
尽管是一任代理校长，但也是历史的记录。事实上，梅贻琦是从叶企孙的手中接过清华大学校长的权杖的。
为了准确无误地把权杖交给一个深得信任的人，叶企孙和他的“少壮派”同人们不遗余力地奋争着，努力着，坚持着，终于达成了目的，取得了胜利。
1931年12月3日，梅贻琦孑然一身回到清华任职。没有军警保卫，没有军政大员捧场，也没有隆重的仪式，但他却受到了清华师生最热烈的欢迎。
梅贻琦果然不负众望。他的长校，使清华大学步入了一个稳固发展的大好时期，从1931年底到1948年冬，17年里，清华大学再也没因校长问题起过波澜。
梅贻琦贡献颇多。他最大的贡献就是从制度上、体制上巩固和发展了清华大学的教授治校理念，把南京政府教育当局认为的“土制度”、“非主流”做得合理合法。梅贻琦的诸多名言，都和他的这种尊师重教思想有关。就在就职大会上，他说：“一个大学之所以为大学，全在于有没有好教授。孟子说，‘所谓故国者，非谓有乔木之谓也，有世臣之谓也’。我现在可以说，‘所谓大学者，非谓有大楼之谓也，有大师之谓也。’我们的知识，固赖于教授的教导指点，就是我们的精神修养，亦全赖有教授inspiration。但是这样的好教授，绝不是一朝一夕所可罗致的，我们只有随时地留意延揽而已。”对于赞美和颂扬，梅贻琦总表现出他惯常的谦谦君子的风度，他曾这样描述自己：“……现在给诸位说一个比喻，诸位大概也喜欢看京戏，京戏里有一种角色叫‘王帽’，他每出场总是王冠整齐，仪仗森严，文武将官，前呼后拥，像煞有介事，其实会看戏的决不注意这正中端坐的‘王帽’，因为好戏通常并不是由他唱的，他只是因为运气好，搭在一个好班子里，那么人家才对这台戏叫好的，他亦觉得‘与有荣焉’而已。”（《清华校友通讯》，6卷9期，1940年9月）
刘文典先生是古典文学专家，天性怪僻，高古清正，让他看上眼的人不多。1927年他出任安徽大学校长时，曾“击鼓骂曹”，当面骂过蒋介石，惹得蒋介石让卫士把刘文典抓起来，非要枪毙他。鲁迅曾在《知难行难》一文中说他：“安徽大学校长刘文典教授，因为不称‘主席’而关了好几天，好容易才交保出来。”章太炎知道自己的弟子刘文典不畏强权，疾恶如仇的文人风骨后，激赞有加，还特意写了一副对联以赠学生。刘文典是一个惜墨如金的人，却对梅贻琦治校佩服得五体投地，他在梅校长任职25周年时作文纪念——
盖闻辟雍有事，粤称师道之尊，庠序宏开，式标教泽之远，是以饮酒养老，亲奉国叟之觞，享燕训恭，独拜大宾之驾。清华大学梅月涵校长，珪璋特达，擢秀南开，利用宾王，升学北美。于是栖心玄理，无弃寸阴，毕究微言，妙穷幽赜，既蜚声于绝域，遂聿归乎宗邦。初开讲席，阐物理之精微，继长上庠，作人伦之师表，负书之士，持经之徒，望仪型而景附，慕芳声而响臻者，若百川之朝宗于海也。教臻三善，化洽四斋，惠泽滂流，高风遐被，朝野钦其文采，中外仰其声施，诚一代之典型，邦家之宗匠者矣。既而遭时屯诐，戎马生郊，倭寇凭凌，中原板荡，虽博士倚席，横舍屡迁，而才秀之士，焕乎俱集，弦诵不辍，著录如市，自非贞固足以干事，明德足以服人，孰能使多士忘犬吠之惊，边境息狼顾之忧若斯也哉。缅维校长，讲学莅事，廿有五稔。百年树人，既四分而有一，六爻系易，亦两贯而兼三。功既伟矣，德莫大焉，不有题名，曷光盛事。同人等俱沾凯泽，咸邑风猷，于是署兹放册，昭宣仰止，庶显令问，播芳蕤于无穷，济济英贤，被熏风于有截。谨序。
梅贻琦长校的意义还在于在他治下成就了清华大学历史上的黄金期。由于他的职掌，给了他的得力助手叶企孙一个从容不迫实现胸中夙愿的机会。在梅贻琦长校的十七年间，叶企孙数度易职，进进出出，但若回校，总是处在清华大学领导层面的中心位置，梅给了他足够的信任和支持。这是彼此的馈答和应和。当年，由于叶企孙等的默默支持，使梅贻琦有了稳固的“社会基础”，因此他创造了一个时代；而叶企孙则为时代打造了一个新的中国物理学界。而正是因有他们固守清华传统，清华大学才没有陷入党化教育的旋涡，这艘担负科学救国和教育救国使命的超级航母才有安全驶入新中国港湾的可能。而这一点，是梅贻琦和叶企孙都没有想到的……