1930年6月25日上午9时许，一辆辆满载武装士兵的汽车风驰电掣驶来，在清华园门前逶迤如阵。士兵跳下车，在军鼓声中列队成行，整装待发，雪亮的马靴，闪亮的枪刺，与升腾的尘埃形成一个巨大的帷幕。背景深处，乔万选被一干人前呼后拥款款而至，他身穿长袖白色衬衣，红色领带，头戴美国西部牛仔礼帽，足蹬“老人头”皮鞋。除了他那张扁平的黄色脸外，完全是西洋人的装扮。此时太阳正迎面射来，晃得人眼睛疼。他摘下礼帽，遮住太阳看了看清华逆光中的门楣，然后扬手命令开始行动。

    一队士兵冲向清华园。

    然而，忽听校门内一声呼喊，校门两侧立时涌出数百名学生纠察队队员，一排排城墙般立着，阻拦着士兵们的冲击。

    奉命护卫乔万选的是冯玉祥的军队，一个个剽悍无比。几番冲击未果，领头的军官红了眼，在民众的围观之下，觉得面子掉在地上被人当了泡踩。他请示乔万选，提议鸣枪开道。

    “娘的，不给他们来真的，还以为老子手里拿的是棉花糖呢！”他骂骂咧咧地说。

    乔万选严厉制止了他。毕竟是清华园里走出的人，他不想为后人留下骂名。虽然有句话叫“秀才遇见兵，有理说不清”，武力会解决眼前的尴尬局面，但却无法解决根本问题，而结果只能适得其反，那样的话，他不仅不能长校，还会留下羞辱和笑柄。

    他终于知难而退了。他单人独马在学生纠察队的引领下来到小礼堂，签署了“永不任清华校长”的保证书，然后离校。

    乔万选掩兵退却至城里之后，清华园里沸腾一片。校铜乐队吹吹打打，文艺社演剧唱戏歌舞翩翩，全校师生们都沉浸在亢奋与欢乐之中。

    在崇尚自由与民主的清华园，尽管只是与当政者一次小小的角力胜利，也足以引来人们持久的激动。

    叶企孙也被这种场面感染着和感动着。

    师生们发自内心的反感和排斥政治场和权力场的入侵，实际上有力地呼应了他内心的坚持：这就是他很早就形成的“君子不党”的思想。这是他的信念，同时也是他的缺陷，这种思想既可以成为种子，在某个适合的领域生根开花长成福荫之地，又可以成为他身上的结石，在某个时期凶险地断送他自己。

    为了不激怒阎锡山，他致电表示：“1.本日乔来校接任为学生劝阻，于学生纯出于爱校之心，其心无他。2.校务已由校务委员会维持，学生学业照常，不受影响。3.经费来源稳定，基金已巩固，现有计划‘均能照常进行’。4.清华并非行政机关，若以非常手段处理，则校务及经费，并生困难。”

    这封电报充满叶企孙的风格：理直气壮，不卑不亢。虽说是秀才遇到兵，有理说不清，但叶企孙偏偏要晓之以理。我们清华本来好好的，校务会长校，教授治校，经费充足，学生稳定，你们干吗横插一杠子？学校不是行政机关，不是军队民团，岂能用行政手段干预命令？你阎老西既然敢和老蒋比肩，肯定要给天下人一个印象，看谁更爱国，看谁更爱民。你总不能比着看谁更浑，看谁更不讲理，看谁的刀更快，下手更狠吧？既然你们都说学生是国家的未来，教育是一个民族的根本，你们不会也来焚书坑儒毁掉国家的前程吧？

    为了对阎锡山持续施加影响，在叶企孙、冯友兰的主持下，清华大学教授会不畏强权，也发布宣言，除支持校务委员会上述电文前3点外，强调尊重体制，坚持学术独立：

    一、校长自应由正式政府主持教育之机关产生，若任何机关皆可以一纸命令任用校长，则学校前途，将不堪设想。

    二、愿学校行政，亦能走出政潮，独立进行，俾在兵戈扰攘之中，青年尚有一安心求学之处。

    正是这种有理有节的坚守，使得“阎锡山及其手下，谅知清华由来及其传统，对乔万选被拒之事，不再追问，也不再派人来校。校务由校务委员会集体领导，冯友兰与叶企孙负责处理例行公事”。（《从清华学堂到清华大学》，第35页）

    从1930年5月下旬罗家伦离校到1931年12月3日梅贻琦长校，将近一年半时间里，在清华大学无校长的巨大真空里，叶企孙以自己非凡的胆识和才能应对越刮越猛的政潮袭击，甚至敢在太岁头上动土，直到寻找到理想的长校者为止。在这一点上，叶企孙功不可没。

    1931年初，蒋介石兼教育部长。清华大学的校长问题再次被提上议事日程。3月17日，蒋介石亲自主持第16次国务会议，任命吴南轩为清华大学校长。吴南轩，江苏仪征人，复旦大学毕业，后留美获硕士、博士学位。毕业后，曾一度在美国政府任职，并兼林肯大学教授。回国后，先后任中央政治学校教务副主任、考试院考选委员会委员、留学生管理委员、河南大学校长等职。从吴的履历看，也应该算是一个学者型的教育者。但是，由于他背后的政治背景，他与国民政府特别是与国民党上层陈果夫、蒋介石的深层关系，他的学者立场就大打折扣。很有可能，他会把清华变成第二所中央政治学校，在党化教育的思想笼罩下，清华的学术精神和独立品格就会丧失殆尽。

    正是看出了这种危险，清华人才奋起抗争。