叶企孙名为科学史委员会副主任，实际上却承担着整个科学史机构的筹备工作。他永远是一个恪尽职守的工作者和一个目光如炬的战略家的形象。在“搭台唱戏”的时候，他认为机构不宜大，人员要精干。他非常反感人浮于事，反感盛名之下其实难副的人。在创办之初，想来科学史研究室不乏当时社会上名气很大的学者，但叶企孙不管他们来头多大，名声多响，坚持认真考察，绝不马虎。他因此挡驾了一个当红学者。一位从日本回国的学者想到研究室当翻译，叶先生坚持对其考试才录用。1957年1月科学史研究室正式挂牌，所有人员加起来仅有8人，可谓精简干练，以一当十。他之所以严格把关，是因为他对科学史格外看重，修史立言，国之大事，既然是科学史，当是科学家的大事，它会对整个中国科学界产生重大影响，因此他慎之又慎。研究科学史对别人来说，或许只是一个职业选择，但对叶企孙来说却是当事业看待。

    叶企孙少小就喜读史书典籍，尤爱钻研数工理类书籍，并能从中寻觅出丝丝缕缕的线索，以求得出历史发展的规律。他的早期数学论文《考证商功》和《中国算学史略》就是他深研这些古代典籍后的结果。对于古代物理方面的书籍，他更是烂熟于心，他到研究所之后给所里人员上课，所讲《墨经》、《考工记》、《梦溪笔谈》、《镜镜聆痴》，也是他早年的读书积累。在所有的科学史准备中，他最钟爱的方向是天文学史。他虽是大物理学家，但他认为中国古代并未形成物理学这门独立的科学，而文学却异常丰厚，有大量的历史资料可以挖掘。他在天文学方面的兴趣和研究方法给了当时刚入道不久的年轻学者席泽宗以深刻影响，耳濡目染，席泽宗成了叶企孙不折不扣的入室弟子。后来席泽宗在古代遗留下的史料中，寻找到了有关太阳黑子的踪迹，产生了很大的国际影响。席泽宗是科学史领域唯一的中科院院士，国际科学史研究院通讯院士，中国科学院自然科学史所所长。谈到与叶老在一起的日子，给他印象最深的是什么，席泽宗回答说是叶先生如何治史的思想——

    如何研究科学史？叶先生认为，把一个科学家作出的成就，说成是不自觉地运用了唯物论和辩证法，把同一个科学家的失败又说成是受了唯心论和形而上学世界观的影响，这种简单的划分不解决任何问题，等于没有研究。科学史是一门科学，人类认识物质世界的过程，受着生产力水平、实验条件等多种因素的限制，必须具体事物具体分析。要说明唯心论和形而上学完全是阻碍科学发展的，恐怕得读一读桑代克（t.tory of magic and experimental science），将其中所举例子一一驳倒，然后才能下结论。

    叶老主张，研究科学史知识面要广。他很赞成乔治·萨顿（g.sarton，1884-1956）。此人学过化学和结晶学，受过数学和物理学的严格训练，掌握了包括阿拉伯语和汉语在内的14种语言。他为研究列奥纳多·达·芬奇（1452-1519）以前的科学史，将所收集的背景材料，写成了一部书，取名为《科学史导论》（introduction to tory of science），共有三卷五册，其中包括不少中国科学成就。他在《研究科学史的四条指导思想》一文中，又把要注意东方思想的巨大价值列为第三条，认为“直到14世纪末，东方人和西方人是在企图解决同样性质的问题时共同工作的。从16世纪开始，他们走上不同道路。分歧的基本原因（虽然不是唯一的原因），是西方科学家领悟了实验的方法并加以运用，而东方的科学家却未能领悟它”。（g.萨顿《科学的历史研究》，刘兵等译，科学出版社1990年版，第1-9页）。对于这样一位杰出的公正科学家，我们却要把他当做资产阶级代表人物，并说西方资产阶级学者肆意贬低中国古代科学成就，叶老觉得这种做法只能是无知和偏见。

    叶企孙对唯物史观怀有深深的敬意。他从来就认为一个物理科学家，特别是注重实验的物理科学家和唯物论有着天然的关系。他还知道，若用唯物论观点指导科学史研究，必定会结出灿烂绚丽的学术之花，并且会顺风顺水皆大欢喜。但在中国漫长的社会里，科技的发展并不仅仅是唯物论的推动。唯心论作为唯物论生长的必要条件，二者是相互对立又互相依存的关系，失去了任何一方，作为对立的一方就会枯萎和蜕变。唯物论和唯心论各有其认识与方法之用，用于揭示某种事物生成的秘密，完全可以互为条件解决无法自足的印证。特别是科学发明，它的生成因素很多，绝不可以生拉硬扯进唯物或唯心两分法的简单归类里，否则它会陷入反对一种倾向而掩盖另一种倾向的偏颇之中。在研究科学史中，如果说唯心论和形而上学完全阻碍了科学的发展，西方科学家全是资产阶级代表人物，这就未免过于简单化和片面化。简单化和片面化，都会影响我们接近历史真实，这不是科学家应有的态度。

    研究科学史首先要有科学态度。

    当时正是“大跃进”的年代，在那样一个知识分子集体失语的背景下，叶企孙的声音显得执拗而又清朗。生活水准可以下降，政治待遇可以不要，但涉及祖国科学史的书写大事，他还是会发出自己独特的声音。

    1964年8月，北京举行科学讨论会。这是一次世界级的科学讨论会，许多国家都派出了代表团前来参加会议，叶企孙被排除在外。

    与会期间，毛泽东主席接见了各国科学家，特别是见到日本代表团团长坂田昌一时，毛泽东握住日本客人的手说：“我看过你的《基本粒子的新概念》这篇文章，写得好！我同意你说的话，‘基本粒子’并不是最后的不可分的粒子……”毛泽东对科学的倚重和敏捷的思维立时活跃了现场气氛，也拉近了主客间的距离。陪同毛泽东主席接见的原中宣部科学处处长于光远告诉大家说，毛主席早在1957年莫斯科会议上就说过，一分为二是普遍现象，原子分为原子核和电子，原子核又分为质子和中子，质子又有反质子等等。自然，毛泽东的这些话同样也成了讨论会上的中心议题，并且由此衍生出科学范围以外的诸多话题。后来，这个原本相当学术的科学话题被政治所用，一些人甚至将这些争论看做是阶级斗争或者是阶级斗争在党内的反映，是唯物论和唯心论的斗争……

    为了配合政治形势，一些原本埋头于专业的科学家不得已出来对一些所谓的资产阶级权威进行批判，在社会上曾产生过很大的影响。

    朱洪元先生就是一例。

    朱洪元是我国著名理论物理学家，在高能粒子物理领域取得多项重要成果，他与叶企孙的高足胡宁先生一起引领开辟了粒子内部结构理论研究的新领域，其学术贡献受人嘉许。但这样一位受人尊敬的科学家，却于1965年7月3日在北京科学会堂的报告上对普朗克、瑞利·金斯、爱因斯坦等世界超一流物理大家冠以“唯心主义”、“形而上学”的帽子加以挞伐，并将全文在当年第九期《红旗》杂志上发表，一时引得学术界哗然。

    这时候沉默既久的叶企孙再次站了出来，以具真名真姓的果决，在1965年第四期《自然辩证法研究通讯》上发表了他在世的最后一篇文章，表现了一位伟大科学家的坦诚襟怀——

    几点意见

    一、对历史上著名的科学家必须具体地分析，给予正确的评价，我有几点不成熟的意见，提出来供大家讨论。

    （一）最近朱洪元同志说，普朗克在1900年提出量子的假设后，用了15年时间企图消除量子假设同经典理论间的矛盾，阻碍了科学的进展。这个说法可能有问题。普朗克当时采取的一些做法，是为了尽量考验经典理论可能做到什么地步，这是有必要的。而且他在这15年中的成就为经典统计理论过渡到量子统计理论准备了条件，在物理学上也是有贡献的。

    （二）朱洪元同志还说，由于形而上学的束缚，从爱因斯坦提出光量子说到德布罗意的物质波理论，时间长达19年之久。这不能单纯归结为受到形而上学的影响以致发展迟了。例如实验条件也需要发展的过程，如果电子衍射的实验早些做出来，粒子的波动性也可能早些被发现。科学史上有不少这类的例子。如阴极射线的最后发现，引导到这发现的开端工作可从法拉第说起，而从法拉第到汤姆生，中间经过了约50年。在这50年中，物理学工作者在努力于提高真空度。只有真空度提高了，阴极射线的效应才能被观察到，阴极射线才能为人们所发现。把实验条件尚未具备而未能更早发现的东西都称为是形而上学影响的结果，这未免有些简单化了。

    （三）朱洪元同志提到瑞利·金斯企图“掩盖”矛盾，这种说法恐怕有问题。瑞利·金斯同普朗克一样，也是在企图探索经典理论究竟能说明现象到哪种地步。他们所提出的公式直到今天还有其适用的地方，而且它的提出，在考验经典理论的适用性上还是有好处的，便于暴露经典理论同新的实验事实之间的矛盾。

    （四）对于爱丁顿的估价问题。爱丁顿一生在天文学方面作出了划时代的贡献，如关于恒星演化的学说，关于光的压力（扩散）与星质的重力（聚缩）之间在恒星演化时所起的矛盾作用的学说。但他确是发表了许多错误的哲学见解，这些见解使他在若干物理学著作中走了错误的路。例如关于光谱的精细结构的常数，他用错误的理论导出它应该是1/137（分母是一整数）。他的理论虽然是错误的，但也推动了物理学工作者去重新准确测定这个常数和与它有关的几个基本常数。精细结构常数的实验值现在大家公认为是1/137.1……否定了爱丁顿的理论。

    二、科学史上确是有些例子，表明一个有唯心观点的或有形而上学观点的科学家也作出些重要的科学贡献，为什么是这样？这是一个值得大家讨论的问题。

    叶企孙当时已渐渐被遮挡在社会主流之外，是被打入另册的人。当整个社会集体失语，更多的清醒者是怀着幽怨去看断桥的风景，看大厦坍塌的过程。他们悲愤的过往在这一刻得到了补偿，甚至有隐隐的快感。但是，叶企孙不会这样做。他的伟大魅力也表现在这样的时刻：一个被时代放逐的人，当他发现国家民族的进步、科学事业的发展出现问题，他仍然会挺身而出，发出属于那个时代的警世恒言。

    1965年第四期的《自然辩证法研究通讯》里，叶企孙的这篇千字文成为一个科学家求索真理的最后绝唱。正是有了这篇文章，当我们检索那段历史时，我们才能深切感受到一位大师在一个特殊年代的内在质量。这是一个高度，一个检验大师的最后刻度。一个人或许在某个领域堪称翘楚独领风骚，但在关键时刻权衡个人得失，说违心话，做违心事，以谋个人名利，就很难称之为大师。这是一个相当苛刻的高度。不管怎样苛刻，总是有人做到，有人做不到。陈寅恪可以做到，赵九章可以做到，但与他们同时代的一些人却没有做到，因此，我们很难称他们为大师。

    叶企孙，堪称中国最后一位大师，一位完美的大师。他如高山令人仰止。陈岱孙先生称其“哲人往矣，风范长存”。顾毓琇先生赞说“物理泰斗，风范永存”。李政道先生更是敬仰有加，激颂叶企孙先生为“万世师表”。这些伟大人物的祝词是在叶企孙先生魂随黄鹤数十年之后才由衷而发，发句句含情，字字泣血。面对叶企孙这样一笔曾被湮灭的精神宝藏，我们不该认真追寻他的风骨，以裨益当下的时代吗？

    《自然辩证法研究通讯》是一份在科学、哲学界颇有影响的杂志。由中科院哲学研究所自然辩证法研究组主办。主办人之一的于光远，时任中宣部科学处处长兼该组组长。于光远原名郁钟正，是清华大学物理系第八级毕业生，与钱三强、王大珩、戴中扆（黄葳）等系同班同学。于光远改行之后，仍与清华大学理学院的学友们保持着紧密联系，也正是他的这种在科学、哲学两条战线都有专长的角色，在那个特殊年代里，在有限的范围内发挥了微妙的“平衡”作用。叶先生的这篇文章，就是他在思想领域内维持“平衡”的结果。

    这同样是需要胆识的。

    当时社会上正是“阶级斗争年年讲、月月讲、天天讲”的时候，高教部也转发了《毛主席谈话纪要》，毛泽东在谈到教育问题时说：“阶级斗争是你们的一门主课”，“阶级斗争都不知道，怎么能算大学毕业？”在中央，更是因有了康生、陈伯达这样的“阶级斗争专家”而鸡犬不宁。时任中央党校校长的杨献珍对“大跃进”、“共产风”等做法表示异议，认为是主观唯心主义和形而上学的产物，而对任何东西强调过头就会违反对立统一规律和自然规律，因此他提出“对立统一，合二而一”这个概念。康生将杨献珍的这些本属思想理论上的争论定性为“反社会主义、反马克思主义、反毛主席”，是“资产阶级在党内的代言人”，将其囚禁8年之久，仅在中央党校受到株连的就多达154人，自杀2人，社会上受株连的则不计其数。这些惨剧就发生在于光远的身边，以他特殊的身份和地位，是很容易被康生之流抓住“把柄”的，像他发表自己老师的这篇文章，在那个年代，毫无疑问会被打成“反党反社会主义”，因此就会拔出萝卜带出泥，就会出现“株连九族”的危险。

    《自然辩证法研究通讯》是毛泽东常放案侧的一本杂志，因为这个缘故，备受世人瞩目。毛泽东曾在公开场合多次讲过这份杂志，讲过他在这份杂志上看到的各种文章。他是一位思想家，他喜欢思想探险，大概他游历过太多太多思想的峰峦，有时也喜欢到自然科学的领域去探访一番。这个领域对他是陌生的，神秘的，而且是极富挑战性的。他曾给在苏联学习的儿子这样说道：“趁着年纪尚轻，多向自然科学学习，少谈些政治。政治是要谈的，但目前以潜心学习自然科学为宜……总之注意科学，只有科学是真学问，将来用处无穷。”（龚育之《自然辩证法在中国》，北京大学出版社1996年版，第88-89页）毛泽东对自然科学的钟情跃然纸上。但也正是这种看重，使他对《自然辩证法研究通讯》格外留意，并且常常从中引出诸多联想。这种联想不仅为他的诗歌创作提供了灵感，比如“坐地日行八万里，巡天遥看一千河”这样的神来之笔，更多的时候还是用在了他的关于社会革命的尝试中。他发表关于原子论猜想文章时，正是他的阶级斗争和继续革命理论推行的时候。1965年第九期《红旗》杂志发表了科学界、哲学界围绕毛泽东谈话讨论专辑之后，文艺界紧接着就开展了对《海瑞罢官》的批判，它们相互映照，成为呼应“文化大革命”的最重要的序曲。

    这样一份牵动人们敏感神经的杂志，叶企孙先生能在其上以一位真正科学家的姿态完美谢幕，应该感谢他的学生们——据说除于光远之外，还有编务龚育之、许良英、范岱年以及后来的何祚庥、罗劲栢等，他们均是清华大学物理系的学生，或是叶先生学生的学生。

    叶企孙晚年治史，与画家齐白石“衰年变法”时正好同岁。然而，齐白石余年重新抖擞，成就了他在中国美术史上崇高的地位。而叶企孙的余年，终究是出师未捷，以悲剧收场，这似乎是他晚年最大的不幸。

    早年写《中国算学史略》时叶企孙就说过，“精译之作，俟诸异日”，为中国写一部高质量的科学史，是他多年的心愿。英国人李约瑟来中国收集有关中国科技史的资料时，他尽心尽力协助。但毕竟是外国人为中国人修书，叶企孙终究意难平。他多次对自己的学生说过，外国人尚且如此，我们中国人为什么不能？我们在古汉语上的优势要比他们大许多，在全面理解中国古代科技文化方面要优于外国人。他因此表示要写一部属于我们自己的中国科学史。他一直作着这方面的准备。从抗战开始，每到一地，他就注意收集有关科学史方面的资料，诸如善本绘事，图影典籍，甚至实物遗存。解放后，他每个星期天不变的规律就是进城到古玩行书店、旧货市场去淘宝，寻找有关科学史的蛛丝马迹。成立科学史组之后，他煞费苦心，购来许多参考书籍，李约瑟来访时看到这些藏书后大加赞扬。另外，他还认真培养科学史研究者们的专业素养和治学态度，为日后修史作准备。他主张一定要把中国科学史放在世界范围内去考察和研究，妄自菲薄和妄自尊大都是不对的。书写科学史是一份严肃神圣的工作，不是抄抄写写，人云亦云，罗列编织，错了也不负责任，写文章要经得起时间的考验。席泽宗回忆道：

    叶老对国内报刊上出现的大吹中国第一和首创的做法不满。他认为古人由直观和猜测得到了一些东西，有些虽与现代科学的发现有吻合之处，但二者不能等同，不能一下子就说我们早了多少年。因为古人在说到正确的同时，也说到了许多错误的东西，哪些是正确的，哪些是错误的，恐怕他们自己也不知道。而且，这种原始的东西，如果在外国古书中去找，也不一定没有。因此“世界第一”不能随便说，必须把中国科学史放在世界范围内仔细研究才行。

    1956年3月李约瑟和王玲、普拉斯在英国《自然》杂志上发表了一篇《中国天文钟》（见《科学通报》1956年6月，第100-101页），其后又将它扩大成为一本专著，轰动一时。此文提出了一个重要的论点，近代钟表的关键部件（卡子）起源于宋代苏颂于元祐七年（1092年）制成的水运仪象台中的锚状擒纵器。此文发表后，我国研究机械史的一位专家立即说他在文章中也注意到过苏颂的贡献。叶老看了他的文章以后说，这是眉毛胡子一把抓，并没有把它的重要意义说出来，李约瑟之所以能抓住要害，是因为他与熟悉西方钟表史的专家普拉斯合作。因此更加强了他搞中国科学史必须了解外国的观点。1966年春天，他在自然科学史研究室开讲世界天文史也是从这一点出发的，可惜只讲了埃及、巴比伦和阿拉伯部分，“文化大革命”就爆发了。“文革”后期，他从狱中出来以后，又在家中给个别人讲过近代物理学史。

    叶老认为，一个研究单位要把工作重点放在提高上。1955年冬，我要到紫金山天文台去参加一个学术会议，拿通知给他看。他看见日程上多是学习和介绍苏联天体演化学，很不以为然。他说不结合自己的实际工作，漫无边际地学习别人，流于空谈，没有意思。紫金山天文台应该结合自己的条件，多作些观测和研究才是最重要的。我到南京把叶老的意见传达给他们，台领导都认为很对，其后他们在工作中也确实有贯彻。对于科学史的工作，他认为不能只是抄抄写写，罗列一大堆资料而没有自己的见解；也不能人云亦云，错了也不负责任。写文章要经得起时间的考验，一篇文章30年以后还站得住，才算过硬。任何时代都会写出很多东西，但能作为珍品流传下来的只是极少数。叶老确实是严格要求，我每写好一篇文章请他看时，他先要问是科普文章还是学术论文。科普文章一概不负责修改，并且劝我少写，他认为天文界搞的科普太多。若是学术文章，则要逐字逐句斟酌，往往连其中数字都要重新算过。他对数字非常注意，有时告诉我，他从报纸上看到一些数字消息，我去查时并不能直接得到，发现是经过他推算后得到的。（席泽宗《叶企孙先生的科学思想》，见《一代师表叶企孙》，第187-189页）

    经过一系列准备，科学史组马上进入收获的季节了。然而，这一天终于到来的时候，叶企孙才发现自己颗粒无收，空手而归。

    他曾经参与主编《中国天文学史》，斯时已流行集体合作，参与者每人撰写一章。他是主持者，又负责定调搭架子，因此他负责写第一章，好为后面的人铺路架桥。他写得很着力，铺陈有序，功力深厚，他提出促进天文学发展除生产经济等5个因素外，还有人类的好奇心、星占术等等，并没有着意突出唯物史观。尽管这是一章令人称道的好文章，却屡屡得不到通过，并且因形势需要不断被要求更改增删，一来二去，完全失去了一位科学家的独立见解和学术判断。他的撰写热情大大减退，到后来，连他写的第一稿也不知所终，他也不再过问此事。

    1956年，意大利召开国际科学史讨论会，我国有两位学者受到邀请，一位是竺可桢，另一位就是叶企孙。有关方面已经通知了叶企孙本人，并要他在规定时间内作好出访的准备。但在即将成行的最后一刻，有关方面取消了叶企孙的出访，仅让竺可桢一人参加了会议。

    有关方面没有任何解释。

    身处这样一个环境，叶企孙一直到终了也没有完成他的治史夙愿。