叶企孙是在1967年6月的一天早上突然发现自己是一个“反革命特务头子”的。那天刚刚从梦里醒来，觉得脑袋里好像还留有什么事，他坐在床上，努力地想。也许是年纪大了，这些天脑袋里总有似是而非的印象，是以前的记忆，还是梦里的情景？叶企孙拿不准。毕竟近70岁的人了！他想从床上下来，可是他的腿却似石条一样沉重，这些天，由于前列腺炎的加重，两条腿肿得抬不动了。哎！真是老了，人老了真是没用啊！叶企孙叹口气，想叫他的工友老周来帮帮他，他还惦记着给大缜做粽子呢，今天是端午节。
没有听到老周的声音，叶企孙也就不再叫了，自己这个样子已经给老周添了不少麻烦，还是自己克服一下好，也许老周现在正忙着做粽子呢，他知道他的习惯。叶企孙使劲从床上下来，趿拉着鞋，紧挪两步，坐在窗前那把藤椅上，窗外此时已是繁花似锦，盛开的石榴花在清晨的微风中惬意地摇摆，一只小鸟轻轻地落在叶企孙的面前，叽咕着梳理着羽毛。叶企孙看着它，眼睛里露出了一丝笑意。又是一年了，他在心里默默地对自己说，随手从旁边的桌子上拿了一本书。他有这个习惯，每天早晨他都是这样度过的，他已经对这些线装书产生了一种特殊的感情，没有它们，他就不知道该怎么打发这一分一秒的时光。
突然，窗外的小鸟倏地飞走，撞落了一朵石榴花。叶企孙有些遗憾，他仔细地寻找惊动小鸟的声音，没有，院子依然很静。他重新把目光集中到了他手上的线装书上。可是叶企孙还没来得及仔细回味书中的意思，他的院门便“哐”的一声被什么东西砸开了。紧接着便有一帮臂缠红袖标、胸戴主席像、头顶红五星的年轻人蜂拥而至，每人手上拿着一本红宝书，号叫着冲进来。
在叶企孙还没有反应过来是怎么回事的时候，他已经被几个红卫兵揪着拖出了房门。出去的时候，他的一只鞋子丢在了镜春园的门口。
直到被审问，叶企孙也没弄明白自己为什么被红卫兵揪斗。他哪里知道，这一切的伏笔早在30年前就已经埋好了！
1967年，无产阶级“文化大革命”已经在全国轰轰烈烈地开展了近一年，在这一年里，北大作为贴出第一张大字报的高等学府，已经接待了数以千万计的政治朝圣者，不知多少红卫兵为能在首都北京一睹无产阶级“文化大革命”发源地的芳容而欣喜若狂，也不知有多少专家教授在这种极度狂热的惊涛骇浪中惨遭批斗。叶企孙自恃光明磊落，胸怀坦荡，所以他并不担心自己会遭到批斗。可是他哪里想到，就在今天早晨他刚刚从梦中醒来的那一刻，批斗他的大字报就已经贴满了北大校园。
事情的缘起是有人旧事重提，想借红卫兵这股力量将当年冀中的领导人吕正操打倒，于是他们想起了熊大缜一案。熊大缜一案就此从历史的泥沼中浮出水面。北京大学“井冈山兵团”的红卫兵在抄查熊大缜的交代材料时，无意间看到了叶企孙的名字，于是他们连夜写出了“打倒cc大特务叶企孙”的大字报，并于翌日冲进镜春园揪出了刚刚起床的叶企孙。
这突如其来的变故让叶企孙难以应对，他脑子一片空白。一个学生分开众人走到他面前，眼睛盯着他的脸：叶企孙，你这个阴险的狗特务，长期以来潜伏在北大，今天终于把你挖了出来，你这个狗特务！还不赶快交代！
叶企孙看着那张稚气的脸，脑子里似乎有一万个空转的车轮在嗡嗡作响。他张了张嘴，刚要说什么，一个耳光便劈面而来，紧接着叶企孙就感到鼻腔里有液体流出，他下意识地用手抹了一下，是血！他抬起头，那个年轻的脸正在对着他笑！他已是快70岁的人了，历经沧桑，见过北洋军阀屠杀进步学生，见过日军占领中国，见过国民党制造血案，却从未见过学生殴打自己的先生！呜呼！呜呼！叶企孙似乎被这个学生的耳光打醒了，他努力站稳，让自己站成平常授课时的模样，他怒目而视来者：
你们这是在干什么？
还问干什么？你被打倒了！快交代你的罪行吧！你这个国民党cc特务。
又是一阵拳打脚踢后，叶企孙已经是满脸鲜血。他喘息着蜷伏在地上，豆大的汗珠从他的额头落下。
看叶企孙瘫倒在地，小将们收工了。他们一声口哨，旋风一样消失得无影无踪。
叶企孙被揪走之后，另一个造反组织闻讯也赶来叶家抄家。老周不敢过问，只能听任他们将家中什物席卷一空。
抄家后，叶企孙被关进了牛棚。每天除了提审，就是趴在牛棚里写交代材料。
接下来的一段时间，叶企孙频繁地被抓去游街批斗，一生注重仪表的叶企孙被打得鼻青脸肿，衣衫褴褛，脖子上还挂着一块写有“打倒大特务头子叶企孙”的牌子，头上戴着红卫兵小将们给他做的尖顶帽。
他不知道这个世界怎么了。这些疯癫和狂躁究竟是从何而来？以一个自然科学家的判断力去思考这些，他又常常找不到路径。但有一点他很清醒，他过去以为自己被这个社会抛弃了，但现在看来，是这个社会在自我抛弃。如果从这个角度去考虑自己现在的处境，他虽然很痛心，但并不觉得自己可怜，因为病人比自己更可怜。
过了几天，造反派们也许是觉得每天批斗太优待叶企孙了，决定把他送往“北大劳改队”，也叫“黑帮劳改队”，让他在那里接受“无产阶级专政”。黑帮劳改队的人很多，根据犯罪程度分成不同等级。叶企孙属于最严厉专政的一类，形同囚犯。除了频繁地批斗游街外，还要参加繁重的体力劳动，而且与外界隔绝一切信息。叶企孙一生有读书看报的习惯，现在突然不让看了，成了一个“瞎子”、“聋子”，这他怎能忍受？为了能够获得任何一点外界的信息，了解新情况，叶企孙想尽一切办法。一次，叶企孙在北大物理系打扫楼道，当时楼道里没有人，只有几个接受一般专政的物理系教师在各自的房间里闭门思过。叶企孙从门外看到那些被丢弃在一边的报纸，极想拿来看一看。于是，他斗胆敲了敲一位教师的房门，说明用意。那位教师便将一摞旧报纸送给了他。