自8月下旬开始，北京一些大中学校的红卫兵先后离京“南下”、“北上”、“东进”、“西征”，向全国播撒“文化大革命”的火种。与此同时，各地的红卫兵也纷纷涌入北京，接受毛泽东的检阅，取首都红卫兵“造反”之“经”。至28日，外地来京学生已达14万人。在31日毛泽东第二次接见红卫兵后，出入北京的学生人数更逐日递增。在这之后，每天来往北京的红卫兵成倍增加，已难以数计。为安排好来京红卫兵的吃住问题，周恩来想方设法，费尽了心思，最后就连中南海国务院办公的地方也住进了几千名红卫兵。
在千方百计安排好来京红卫兵的日常生活、组织好毛泽东一次次接见活动的同时，周恩来集中考虑的一个问题，就是如何向北京、向全国的红卫兵进一步讲解党的各项政策。
鉴于北京红卫兵“破四旧”中发生的种种情况，周恩来不难想象全国各地已经和即将要发生的各类问题。他这时的想法是，由党中央下达一份有关红卫兵的文件，以便对全国红卫兵的行动加以指导、约束。在8月31日接见大会上，周恩来号召红卫兵要向解放军学习，遵守“三大纪律八项注意”，保护群众利益，保卫国家财产，造成良好的社会主义的新风气；并宣布了中央关于各地大中学生分期分批来京串连的决定。第二天，他又在首都大中学校红卫兵代表座谈会上提出：当前红卫兵面临的两大问题，一是组织起来，二是学习政策，为此，有必要搞一个红卫兵的章程。
8月底9月初，周恩来亲自起草了《有关红卫兵的几点意见（未定稿）》，共包括10条内容。《意见》强调：“目前最急迫的任务是组织起来，学习和掌握政策”，“不能各自为我，违反纪律”。针对已在全国掀起的红卫兵大串连风潮，周恩来这样写道：“我们提醒你们，实行革命串连，要保障党和国家的首脑部门、要害部门和宣传工具……工作不受影响，安全不遭危害，机密不致外泄，档案不致遗失，财产不受损失。要保证国家的专政工具正常行使职能。要保证交通运输机构照常运行，不受阻扰。要保证党和国家的对外关系和活动不受影响。”“我们还要提醒你们，同厂矿、科研机关和服务性行业实行革命串连，要保障厂矿的生产和基本建设不受影响，科研机关的科学实验和中间性生产不致停顿，尖端技术的厂区不被闯入，尖端技术资料不受损失，服务医疗事业不致中断。”《意见》还就红卫兵的组织形式、斗争方法和策略等作出一些具体规定。
9月3日，周恩来主持中央政治局常委碰头会（从8月下旬起，中央文革小组全体成员出席该碰头会），讨论《有关红卫兵的几点意见（未定稿）》。会上，陶铸、陈毅、王任重等都明确表示赞同向红卫兵讲政策。而康生却唱反调说：“十个问题，需不需要讲？我看有代替的危险。”姚文元也话中有话地提出：“应该用阶级分析讲政策。”由于中央文革小组成员的反对，这个《意见》稿最终还是夭折了。
尽管难以党中央和国务院的名义向红卫兵颁布各种政策性规定了，周恩来仍没有放弃对广大青少年进行教育、劝导的责任。就在《意见》稿被否定后不久，他连续出席离京、在京和来京的三种类型的红卫兵会议，针对实际情况和问题，耐心宣传解释党的各项政策和国家法律。
9月10日，他向离京奔赴各地的首都红卫兵提出：红卫兵应是一支战斗队、学习队、宣传队。“战斗”指的是进行文斗而不是武斗；“学习”就是要作调查研究，要进行科学分析，要有冷静的头脑；“宣传”就是讲政策、讲实际、讲界限，不盲目行动，不强加于人。“因为你们还很年轻，你们的知识毕竟有限，你们知道的各方面的情况和党的政策是很不完全的。……你们会遇到许多不熟悉的事情，因此要坚持‘没有调查，就没有发言权’的原则。”“（对毛主席著作）单单学语录是不够的，还要看全文才能懂得毛主席如何根据当时中国的情况创造性地发展了马列主义，才能看到文章的时代背景和伟大的前途，否则绝不是真正学懂了。”“当前无产阶级文化大革命的重点是文教机关，而工厂、农村、服务性的行业应由那里的干部群众自己进行文化大革命，你们可以去进行必要的革命串连，但不能像在学校里一样，冲进去，要到哪里就到哪里。我们是无产阶级专政的国家，要有革命的秩序、建设的秩序。”“边疆的省份，靠边境的城市、集镇和边防点你们不要去。这些地方的每一个行动都关系到很多政策，如对外的政策、民族的政策等。那里宗教信仰常常和民族问题结合在一起，人们有自己的风俗习惯，即使改变也需要时间。”“总之，你们要团结一切可以团结的人们，包括爱国的剥削阶级知识分子、剥削阶级家庭出身的其他人士，甚至剥削阶级分子本身。”
同一天，周恩来出席北京市大中学校红卫兵代表座谈会，并发表长篇讲话。在谈到党的干部问题时，他指出：“不能说全国的大学、中学里所有的领导都是‘走资本主义道路的当权派’。领导中有正确的、积极的因素，不能说一切都是坏的。也不能说所有党政机关的当权派都是‘走资本主义道路’，如果都是，那我们的无产阶级专政，毛主席的英明领导，不是在这些地方落空了吗？”“某些领导机关的某些领导同志犯了错误，而这个错误即使是某一个时期的路线错误、方向错误，也不能画等号就是‘黑帮’。”“所以，不是一切领导机关都要‘炮打’，也不是一切领导人都是路线错误、方向错误，更不是一切领导人都是‘黑帮’。……即使不看作一切，而看作是绝大多数，也不合适，因为不合乎事实嘛。”在谈到“炮打司令部”时，他说：“你们传了一个口号，叫‘炮打司令部’。我在这里申明，对毛主席的话，一定要经过毛主席本人批准，由新华社、《人民日报》、《解放军报》、人民出版社发表，或由各级党委正式传达的为准，不能以社会上流传的作根据。……‘炮打司令部’是有所指的，不能乱打一通，不能对一切司令部都炮击，不能把一切领导都打成‘黑帮’‘黑线’。”
9月13日，周恩来更明确提出：“黑帮”这个名称不能乱用。“犯路线错误的是否就是不革命、反党反社会主义？不能这么说，没有这个定义。”“去上海的同学问我，是否给上海市委去过电话，说‘上海市委是革命的’。我确实这样讲过。因为今天我们没有充分的材料，证明上海市委是黑帮、是不革命的。”
9月下旬，周恩来接见来京的哈尔滨军事工程学院的三个红卫兵组织代表时，再次批驳了“黑帮”“黑线”的说法，指出：这不是毛泽东思想，不是马列主义的科学语言。
这样，仅在9月份里，周恩来接见北京和各地的红卫兵就达20多（场）次，所谈内容涉及党的干部、民主党派、知名人士、民族资产阶级、知识分子、民族、宗教、华侨、外事等各个方面的政策性问题。为最大限度地利用宣传场地，北京的一些大小礼堂和体育场馆里，都留下周恩来那不知疲倦的身影。
对于各地频繁发生的各种涉及政策法律的事情，周恩来更是不推不拖，亲自解决处理。9月19日，他对中央给中共吉林省委《关于被批判、斗争对象工资处理问题的请示报告》的批复稿作了修改，并将报告中“凡属定性的，暂时只发给其本人及需要由他供养的家属生活费”一句，改作：“即使已定性的，也暂不改变。如本人少领工资，或捐献一部分工资做党费，听其自愿，但不强求，也不许其由减少用费而致病”。将报告中“凡未定性的，工资可暂发给”一句，改为：“凡未定性的，工资仍照旧”。
9月下旬，周恩来和陶铸联名致信毛泽东、林彪，反映一些地区连续发生的红卫兵违反政策的情况。关于上海问题，24日的信中通告：“最严重和急迫的就是他们要在明（二十五）日举行带一二百资本家游街示众，市委劝阻无效”。为此，中央决定给上海市委和北京赴沪红卫兵发紧急指示制止。26日的信中提出：“鉴于各地医院领导不少瘫痪，院中红卫兵对专家医生打击面过大，大家一致主张支持华东局的意见，并且认为医院红卫兵要做到自动取消为好。”
为阻止红卫兵的一些过激行为，并避免由此引起连锁反应，周恩来还以中央名义起草电文，指示华东局和上海市委，要他们转告“首都红卫兵南下兵团”及在沪的北京其他红卫兵组织，立即结束在沪活动，返回北京。
尽管青少年无知、狂热的行动使得周恩来负担加重，日夜操劳，他仍丝毫不减对后代的极端负责和真诚爱护的情感。9月9日，他直接与西北工业大学（西安）绝食学生代表通电话：
“我一直在等待你们！你们没吃饭、没治病，我怎么能睡觉啊？你们提出的问题都好商量，你们有权提出要求。有些是马上可以办的，有些要经过中央讨论，我不能马上回答。你们不吃饭，我们心里不安。在毛主席的新中国，怎么能绝食呢？我们不责怪你们，而是劝导你们。光凭这个热情，会得到你们所不希望的后果。你们要求把问题提到毛主席面前，要他考虑。你们从一方面看，他要从全局看；你们是从一个时候看的，毛主席、党中央是从整个历史看的。很多问题不像你们想的那样简单。你们的要求，我接过来，但不能马上回答。这24位同学有意见，完全可以派代表来京面谈，我可以派飞机把你们送来。你们赶快治病，再不吃饭，我们心里就不安。”
从第二天起的半个月内，周恩来一连4次接见西安绝食学生代表，耐心做他们的劝导工作。
周恩来不仅自己带头做青少年的教育工作，还要求各级党政主要领导干部丢掉“怕”字，放下包袱，到群众里面去，亲自宣传解释党的政策，劝阻违背政策和法律的极端行动，以体现党对运动的领导。同时，周恩来主持的中央政治局常委碰头会还商定，为抓紧研究有关社会政策问题，先由各有关方面负责人组织收集材料，进行研究，提出问题和初步处理意见，而后报毛泽东和党中央批准。
周恩来亲自向红卫兵宣讲解释党的政策，在全国引起了巨大反响，“一致认为解决了很多思想问题和政策问题”。北京和各地的红卫兵组织大量传抄、翻印的中央领导人的讲话中，周恩来的讲话占了很大比重。由于周恩来的地位、声望，尤其是他入情入理、循循善诱、平等待人的讲话风格和处处体现出来的广博的知识、宽阔的胸怀，使许多青少年深受教育，得以启示。以北京西城区红卫兵纠察队（后与东城区、海淀区红卫兵纠察队组成“首都红卫兵联合行动委员会”）为代表的一些学生组织，就是在周恩来等老一辈革命家的影响下，逐步有所觉悟，开始怀疑或抵制无政府主义的一些言行，并对中央文革小组产生不满。