面对“红卫兵运动”造成的一系列后果，周恩来所考虑的一个重要问题，就是如何客观地、正确地认识党内矛盾的性质，进而把握和处理好对所犯错误干部的政策问题。
还在8月间，周恩来在谈到工作组问题时，就多次提出，即便是犯了方针、路线的错误，也还要本着毛主席说的“惩前毖后，治病救人”的精神，指出其错误，帮助其改正。并说：在这个问题上，我自己和在中央工作的同志的心情一样，我代表他们，也代表我自己，向你们（指工作组所在单位群众）道歉。同时，我应该向你们说清楚，这个问题已经在中央全会（即八届十一中全会）上解决了。
基于这一认识，周恩来反对在工作组及其他问题上对领导干部揪住不放，无限上纲，以至采取群众“罢官”的做法。9月初，他主持的中央政治局常委碰头会商议了《关于党政军高级干部任免审批手续的暂行规定（草案）》的文件稿，实际上是设法对中央和地方的大批党政军高中级领导干部进行保护。在这以后，不论是和群众的谈话，还是主持制定有关文件，周恩来都一直坚持对各级领导干部不能由群众组织来定性、“罢官”。
9月下旬，针对红卫兵和其他一些人的提问，周恩来强调：“不能说犯了路线错误就是反革命，路线错误还是人民内部矛盾。我就犯过路线错误，但愿意改正错误，跟毛主席学习。”“如果一个人在一个时候犯了一些修正主义观点和倾向的错误，只要他认识了，而又坚决改正，对这种人，党还是采取治病救人的方针的。这样的人，在各级领导机构中都有。”“现中央、国务院各部正副部长36人停职反省，将来也要一分为二，不是一棍子打死。即使是反党性质的，也还有走得很远的、有愿意革命的。犯了路线错误，主观上还认为自己是革命的，只要愿意改正错误，就不能算敌我问题。”
为了在全国开展对“资产阶级反动路线”的批判，10月9日至28日，毛泽东在北京主持召开中共中央工作会议，进一步解决党内高、中级干部对“文化大革命”的认识问题。会上，陈伯达、林彪作主题发言，点名批判刘少奇和邓小平，指责他们是“资产阶级反动路线”的提出者和代表人，并鼓吹群众运动“天然合理”。刘、邓二人被迫再次检讨。
如果说，这一年8月召开的八届十一中全会是把“文化大革命”推向高潮的第二个“大动作”（第一个“大动作”是同年5月召开的中共中央政治局扩大会议），那么，10月中央工作会议则是第三个“大动作”。通过这次会议，把已在八届十一中全会上“解决”了的刘少奇、邓小平的问题，又在更大范围里重新提了出来，并且断言：“两条路线的斗争还在继续，而且还会经过多次的反复。”
事情很明显，批判“资产阶级反动路线”带来了一系列严重后果，首先是刘少奇问题正日趋明朗化、公开化。为此，周恩来十分关注社会上对刘少奇和王光美问题的反应。10月11日，他嘱告原国务院副秘书长许明和公安部负责人，要他们分别派人察看北京几条主要街道上有关王光美的大字报，并将标题和简要内容抄回。12日，他又在清华红卫兵于当日发出的“彻底批判王光美的右倾机会主义路线”大会“请帖”上作批（给陈伯达、康生、江青、张春桥等）：“我准备派人去录音，带回给王光美同志，而不要她去参加会议”。
对刘少奇本人，周恩来这段时间内尤其注意和留心他在公开场合的露面问题。在周恩来亲自担任“总指挥”的毛泽东连续8次接见红卫兵的活动中，刘少奇、邓小平以党和国家主要领导人的身份，一次不落地参加了各次的接见活动。其中，国庆节那天，经过周恩来精心安排，刘少奇仍以国家元首身份出现在天安门城楼上，排名紧随毛泽东、林彪之后。在11月间召开的孙中山一百周年纪念大会，因事先估计参加大会的红卫兵可能要冲主席台和呼喊口号，周恩来曾考虑刘少奇、邓小平可以“请假”不出席大会（后经过会前向红卫兵做了大量细致的工作，同时采取了必要的保护措施，刘、邓二人均出席了这次大会）。
但是，随着中央工作会议批判“资产阶级反动路线”的不断升温，刘少奇的问题终于被“捅”了出来。
10月18日，一些外地红卫兵在天安门前观礼台贴出“打倒刘少奇”的大标语。当天下午，清华大学也出现“打倒修正主义分子刘少奇”的大字报。周恩来得知后，立即派国务院秘书长周荣鑫、中央办公厅第一副主任童小鹏前往天安门东侧的北京市劳动人民文化宫，向红卫兵做劝说工作，要求他们撤下标语口号。
第二天，周恩来亲自接见在天安门张贴标语的哈尔滨工业大学红卫兵代表，回答他们有关刘少奇问题的提问。关于八大党章中未提“毛泽东思想”一事，周恩来说：“八大党章中没提毛泽东思想，这是毛主席的提议。针对当时的国际局势，主席说不一定每次开代表大会都提。”当问及毛主席在党内是否是“少数”和“炮打司令部”问题时，周恩来答道：“毛主席的地位在遵义会议时就确立了。现在毛主席的威信是蒸蒸日上，谁也不敢公开出来反对。”“即使少奇同志有错误，我现在也没有权利回答你们。你们把少奇同志的大字报贴到天安门，你们要考虑考虑。少奇同志是政治局常委，是国家元首，你们把标语贴到天安门，外国人就会怀疑我们是发动群众，制造舆论。少奇同志不是普通党员，也不是普通的领导，就是要撤换也不需要去发动群众。主席的思想一直是采取‘惩前毖后，治病救人’的思想教育方针。”“你们做事，要慎重些。凡是中央未提倡的，十六条里又没有的，你们就要多考虑后果。你们不能使中央处于被动地位。”“劝你们不要到天安门去贴少奇同志的大字报了，学校也最好避开这个问题。”
就在周恩来多次劝阻红卫兵不要面对面斗争王光美和扩大刘少奇问题的同时，中央文革小组一些人却反其道而行之，多次煽惑红卫兵揪斗王光美，并主张将“打倒刘少奇”的口号公开化。
12月18日，张春桥私下召见清华“井冈山兵团”红卫兵负责人蒯大富，鼓动他把“打倒刘少奇”的行动推向社会。几天之后，蒯大富组织清华大学5000多人上街游行，一时间，首都各主要街道到处可看到、听到“打倒刘少奇”的标语口号。即使这样，中央文革的几个头面人物仍不满足。27日，江青在对红卫兵的一次公开讲话中，公然引导揭批刘少奇和王光美，称刘曾作过“赫鲁晓夫式的”报告，并表态“支持”红卫兵揪王光美回清华。
鉴于在北京发生的越来越严重的局势，周恩来于12月底亲自召见清华“井冈山兵团”的11名代表，再次明确反对张贴“打倒刘少奇”的标语，指出：“这样提法矛盾的性质就变了”。学生们问：“难道刘少奇不属于敌我矛盾？”周恩来回答：“那是你们这样认为，但我不是这样看的。你们不能把看法强加于我。”周恩来还表示：“我曾经两次请示主席，主席还是不同意让王光美回清华（检查）。你们可以让她书面回答问题，这个事情我可以办。但不能涉及刘少奇的问题。对刘的问题，我不能回答。”
中央工作会议之后，周恩来在一些场合继续重申党的干部政策，强调区分和处理两类不同性质的矛盾。同时，要求各地红卫兵不要派代表参加传达中央工作会议精神的各省、地、县三级干部会，指出：“因为这是党的会议，有些问题需要先经过党内酝酿、讨论、认识，能够得出比较一致的结论，能够使全盘工作更好地进行。”此外，周恩来还阻止红卫兵私自传抄、翻印陈伯达在中央工作会议上的讲话。
然而，周恩来的努力毕竟是有限的。在林彪、江青一伙的大肆鼓动下，整个形势继续朝着与周恩来等老一辈革命家的主观意愿相反的方面发展。1967年1月初，中南海周围开始集结数以千计的红卫兵和造反派，他们发表演说，呼喊口号，散发传单，涂写标语，强烈要求“揪出”刘少奇、邓小平、陶铸和批斗国务院的几位主要领导人陈毅、李富春、李先念、谭震林、余秋里等。一时间，各种批判发言、声讨文章、“勒令书”、“请愿书”伴随着大量歌曲、口号，通过一只只高音喇叭对着中南海昼夜不停地播放，真有“黑云压城城欲摧”之势。
周恩来办公和居住的西花厅就在中南海的西北角，和人来车往的大街仅一墙之隔。墙外无休止的喧嚣声，已使他连续几天无法正常休息工作了。为此，有人劝他暂时离开中南海，找一处安静的地方办公、休息。周恩来回答：“中南海是我的工作岗位，是毛主席、党中央和国务院所在地。无论发生什么情况，我决不离开中南海。如果有人来冲，我将挺身而出，保卫中南海！”
1月5日清晨，周恩来来到国务院西门，劝说为“揪”陶铸在这里“蹲守”了一夜的学生们。他说：“天气这么冷，你们不走，我也没法睡觉。你们的大喇叭不要再喊了，连毛主席都没法睡觉了！”“关于陶铸的问题，我必须向主席请示，并且要经过党中央讨论。”
周恩来的讲话，表明他并不赞成几天前陈伯达等人突然宣布打倒陶铸的做法。在党内斗争问题上，他一贯主张应该光明磊落、实事求是，尤其不能背后搞鬼或当面搞侮辱人格的举动。
1月6日夜，周恩来得知刘少奇夫妇离开中南海赶往医院的消息后，感到事出蹊跷，便马上派车去追，但已经追不上了。很快他就了解到王光美被清华大学红卫兵“骗”至学校，准备批斗。于是，他连夜打电话给蒯大富，下令立即放人，并亲派秘书到清华催促放回王光美。
第二天，周恩来在一次谈话中严厉批评了“骗揪”的行径，说：这个动作确实不光明磊落——把王光美骗出中南海，揪到清华批斗。这是一场什么戏呀，是恶作剧嘛！这是不正常的，共产党不这样。我是不赞成这种作风的。这种坏作风不能提倡，这是背后搞鬼，不是堂堂正正的政治斗争。现在，必须肃清这个坏作风。又指出：斗争王光美，这不是她一个人的问题，不要再扩大这个问题。这也是毛主席、政治局的意见。
在周恩来的直接干预下，清华红卫兵被迫放回王光美。
从这一年上海“一月风暴”之后，全国迅速掀起“全面夺权”的浪潮，“文化大革命”进入“天下大乱”阶段。以此为标志，“红卫兵运动”逐渐走向衰落。如上所述，在整整4个月时间里，周恩来力挽狂澜，竭尽所能，最大限度地减轻无政府主义给党、国家和人民造成的破坏；同时，他的关心爱护与言传身教，也深深地启发、教育了广大青少年，促使他们当中的一些人逐步思考、觉醒，并最终奋起向邪恶势力进行英勇战斗。
周恩来的崇高品德和感人形象，将永远铭记在人们心中！