寇准进入执政集团时，宋太宗曾对宰相吕蒙正说过一番意味深长的话：“寇准临事明敏，今再擢用，想益尽心。朕尝谕之以协心同德事。皆从长而行，则上下鲜不济矣。”意思已经说得很明白了，寇准虽然年纪小，但临事明敏，今天你们同朝为官要同心同德，暗示吕宰相接下来的工作要以寇准为中心。吕蒙正听出了弦外音，惹不起，躲得起，当即辞职由吕端接任。其时执政阶层内有吕端、张洎、李昌龄、寇准，论年龄论资历寇准最小，然而论声望和与皇帝的关系，没有人能超过他。
晚年的宋太宗似乎找到了工作上的一个精神支柱，对寇准几乎言听计从，直接表现在立储这件事上。宋真宗赵恒为第三子，初封为韩王、襄王。他最初不是皇位继承人，皇室内部经过激烈斗争最后才属意他。寇准从青州回来，宋太宗见面就问：“朕诸子孰可以付神器者？”哪个孩子可以继承皇位？寇准打了一圈太极，宋太宗明白了，屏退左右，问道：襄王如何？寇准委婉地回答说，知子莫如父。实际上寇准赞同了领导的提案，于是改襄王为寿王，立为皇储。
寇准被信任竟然到了这等程度上，试想哪个不要命的敢跟他作对？当时三位跑龙套的宰相完全成了陪衬，笼罩在寇准光芒四射的阴影里。吕端聪明，假装糊涂，什么事均由寇准拿主意。张洎为南唐旧臣，见识过寇准的锋芒，与小寇关系整得挺热乎，经过寇准举荐当上了参知政事，唯其是从。另一位宰相李昌龄年纪也大了，没什么锐意进取之心，面对寇准只好唯唯诺诺。寇准这种强势性格，在晚年的太宗朝非常吃得开，同时也为下一任真宗朝的仕途埋下了隐患。
寇准身上有着诸多性格缺陷，他本人虽然生活腐化，然而大方向原则性极强，晋升官员从不考虑其背后的利益集团的利益，完全凭着他对官员能力的判断，清廉正直的晋升，龌龊无能的抑制。帝国有如此宰相，社稷之幸甚。人事升迁不考虑官员资历，全凭喜恶判断，这就造成了不公平，势必要影响到官场利益的平衡。
至道二年（996年），南郊祭祀，官员皆升迁进秩。彭惟节的官位一向在冯拯之下，在这次晋升过程中寇准把彭惟节的官位调到了冯拯之上，导致冯拯不满。冯拯也不是普通对手，他父亲曾是宰相赵普府上的大管家。可以说冯拯从小在相府长大，耳濡目染了赵普的一些手段。赵普闲着没事儿经常与小冯拯下棋，吓得老冯不知所措，赵普就说这孩子将来是贵人，“此子他日必官至我位”（《东轩笔录》）。冯拯与寇准原本有些过节，再这么一搞，忍无可忍的冯拯告了御状，向大领导揭发寇准在下面弄权。太宗大怒，帝国的规矩你怎么能说改就改呢？朝廷的郊赐本来就是收买人心的，不是给某人利用它整治政敌的。宋太宗召吕端问怎么回事儿，吕端说：“准性刚自任，臣等不欲数争，虑伤国体。”足见老好人吕端对寇准意见很大，一方面推诿责任，另一方面道出了寇准刚愎自用的行政风格。宋太宗以冯拯事件问对，寇准自辩，坚持说与吕端等宰相商议过后下的命令，当时跟领导叫板，若不信把宰执们叫过来当场对证。宋太宗说当廷辩，有失政体。寇准倔强无匹，咬屎橛子给麻花不换的主儿，一条道走到黑。在宋太宗看来这不算什么大事儿，就要寇准一个态度而已。本来你擅自改动朝廷集体晋升的规矩已经不对了，现在又这么猖獗，低头认个错说句软话你能死啊？寇准这种钻牛角尖的极端行为打破了官场的平衡，即使宰相专权也要在皇权的默许之下，与皇帝利益保持一致，而非与皇权形成对抗。寇准不依不饶，拿出当年扯龙袍的战斗力，将中书案卷记录给皇上看，非得辩个昏天暗地。这回皇上终于怒了，斥道：“鼠雀尚知人意，况人乎？”领导虽然信任你，但你的作为是要有节制的，切忌打破官场平衡。皇上都给你一个台阶下了，你怎么就不能给皇上个面子，有点儿给脸不要脸了吧！被彻底激怒的宋太宗遂罢了寇准相位，赶出中央，知邓州。
很快宋太宗驾崩，宋真宗赵恒上位。
对新君有拥立之功的寇准本以为春天又来了，却未曾想到，宋真宗把他晒在了一旁。前后七年时间，宋真宗先后用了吕端、张齐贤、李沆为相，他对寇准有阴影。《罗织经·事上》：“人主莫喜强臣，臣下戒怀妄念。臣强则死，念妄则亡。周公尚畏焉，况他人乎？”宋真宗对寇准的顾忌即在此，患其刚直难独任。寇准过于强悍，先皇还能摆平他，以真宗的执政能力估计整不了他。又因为宰相的任免通常代表了一个利益集团的核心价值，不是说用谁就用谁的，这是政治博弈的结果。如果宋真宗一上来就把寇准召回，势必引起其他党派的不满，会对执政造成一定程度上的动荡。斗争归斗争，帝国总得有人来干活不是！所以宋真宗上位之后，实际上对寇准一直留意，经过前后六七年的小步提拔，寇准于真宗景德元年（1004年）擢为同中书门下平章事，地位仅次于老宰相毕士安。
寇准能够再度当上宰相很大程度上在于他的年龄优势，前朝老家伙们死的死，退休的退休，精明能干的不多了。新上来的毕士安倒是能干活，但年岁大了，估计支撑不了几年。万一帝国有什么事儿还得有人出来主持大政。四十三岁的寇准既年轻又能干，又有拥立之功，恰好符合宋真宗的意愿。经过七年的锻炼，宋真宗驾驭群臣之术练得差不多了，对寇准一直有个人情没还，此时正是天时地利人和。或许是天人感应，寇准拜相当年辽国大举侵宋。寇准的政治才华在危急关头得以全面施展，达到仕途巅峰。如果这个时候不是寇准为相，那么中国的历史很可能要改写。
澶渊之盟不仅是宋、辽之间的军事斗争，同时也是宋廷内部利益集团的政治斗争。其时，决策层有毕士安、寇准、王钦若、陈尧叟等人。面对辽国大举入侵，宋真宗态度游移不定，参知政事王钦若秘密对皇帝说迁都金陵，枢密使陈尧叟说应该去成都。不管去哪里他们的态度是一致的，主张逃跑。同中书门下平章事毕士安与寇准主张御驾亲征。寇准除了自身性格缺陷外，还抱有一个传统偏见，即轻视南人。南方诸多地区原属于五代割据政权，先后被宋所灭。在大宋本土士大夫眼里他们属于亡国奴，最高领袖也曾说过不得以南人为相，历史遗留下来的传统偏见导致斗争多了一层借口。辽国入侵的危急时刻关乎到国家存亡，双方政治立场针尖对麦芒。王钦若江西人，陈尧叟四川人，毕士安山西人，寇准陕西人，从地域上形成了南北两派。关键时刻，毕、寇二人拿出了关西汉子的豪迈，洒家跟他们干了！
宋真宗慌了，不知怎么办，就问寇准迁都行不行，寇准当即表示不行，他只说了一句话，可谓一言定江山：“谁为陛下画此策者，罪可诛也。今陛下神武，将臣协和，若大驾亲征，贼自当遁去。不然，出奇以挠其谋，坚守以老其师，劳佚之势，我得胜算矣。奈何委弃庙社欲幸楚、蜀远地，所在人心崩溃，贼乘势深入，天下可复保邪？”
这段话里有五层含义：其一，谁提出逃跑的馊主意可以直接杀了，关键时刻逃跑置中原百姓于何地？对民族利益、国家利益毫不关心的官员留着有什么用？直接打击了南人政敌王钦若、陈尧叟。其二，鼓励宋真宗，安抚他的紧张焦虑的情绪。领导不用害怕，要相信自己是英明神武伟大的君主。其三，目前朝廷文武和谐，没有大的动荡，这是制敌的后方保证。其四，敌人远道而来已是强弩之末，我方出其不意进行阻击，必能消耗敌人锐气，此为制敌之良策。如果放弃开封，向南逃跑，民众必然大失所望，人心崩溃，间接地助长了敌人气焰，他们完全可以乘势深入，则大宋江山不保。其五，如果迁都丢了京师，那么“委弃宗社”的责任谁来担当？
寇准三十三岁当宰相，绝对有两把刷子，这一番话层层递进，一句比一句严重，政治斗争、敌人动态、大势判断等皆到了炉火纯青的地步。既能做出判断又能组织语言，这就需要有经天纬地之才。尤其最后一句最为严重，“委弃宗社”这个罪名谁也不敢担，哪怕是宋真宗。假如宋真宗没有采纳寇准的意见而是逃到了南方，按照形势判断中原必然大乱，成为沦陷区。“委弃宗社”这顶大帽子定然让宋真宗受不了，哪天臣子一刺激，当年主张跑路的官员就危险了，不说杀之泄愤，也得有个非常严重的说法。正如宋人陈莹中所说：“当时若无寇准，天下分为南北矣。”最后在寇准、毕士安的坚持下，宋真宗御驾亲征，前方将士看到了皇帝，士气大振，击溃了辽军入侵，最后达成了澶渊之盟，用两个县的税收换来了边界一百二十年的和平。