与eBay的战斗胜负已定，但马云并没有心情来回味成功的喜悦。
从2006年5月10日开始，马云一直如坐针毡，因为淘宝网正遭遇用户铺天盖地的抗议与指责，甚至约定要在6月1日公开开展抗议活动。
用户抗议的是淘宝推出的一项名叫“招财进宝”的活动。这个活动使得那些愿意付费的卖家，能将自己的商品放在淘宝更加有利的位置。依靠免费战略打败了eBay的淘宝却公然开始收费了，用户纷纷质疑马云背弃了淘宝三年免费的承诺。
此时，淘宝网也满腹委屈。张宇辩解道，“招财进宝”只是淘宝网生存模式的一种探索，淘宝网依然坚持免费模式，“我们确实是对所有的人都免费，我们也需要生存下来，我们也要探索，各种各样我们可以生存下来的模式”。
5月31日凌晨，马云以“风清扬”的ID在淘宝论坛发表署名文章“拥抱变化”，希望能获得用户的理解——
没想到这事搞得这么大，我觉得我们确实有很多地方做得不够好，产品本身也还不够完善，沟通也不对，我在这里再次向大家表示深深的歉意。
面对各种无法控制的变化，真正的创业者必须懂得用乐观和主动的心态去拥抱变化！当然变化往往是痛苦的，但机会却往往在适应变化的痛苦中获得！
但是愤怒的用户并不买账。作为淘宝的老用户，中国网商联盟王先标说出了部分用户的心声，他认为用户的这次抗议是对利益的捍卫，“淘宝有40万家店铺，我们不能允许淘宝拿着这40万人的利益一意孤行”。
擅长从商业文明等形而上且宏大视角切入的马云，坚持强调，“招财进宝”只是一个理念，是为了规范淘宝网这个庞大繁芜的市场，是为了满足人们的需求，实现优胜劣汰，让好的商品优胜劣汰。而用户根本不理会马云的“良苦用心”，他们在愤怒中只看到了霸权、失信等一系列商业污点。
淘宝自诞生以来最大的一次危机正在快速发酵。
2006年6月1日，杭州阳光明媚，而马云的心跌到了谷底。从零点开始，超过三万名淘宝网用户如约开始了自己的抗议活动。他们从支付宝取走了所有存款，从淘宝网下架正在出售的商品。
用户倒戈，对于电商是个非常危险的信号。对此，黄若深有感触：“就是说任何一个平台，其实你是靠服务吸引了无数买家、维持了无数卖家生存，所以这个平台最大的噩梦是什么？突然有一天人家不跟你做生意了。就是突然间所有人说我今天不开张了，不做生意了，你这个平台就一点价值都没有。”
此时最让马云揪心的不是用户的网上罢市，而是一只来自本土的企鹅——腾讯。2006年的中国，超过2亿的用户通过腾讯的QQ软件在网上聊天。电子商务如火如荼，也让巨无霸腾讯看到了商机，董事会主席马化腾和腾讯电商控股公司CEO吴霄光认为，腾讯具备与电子商务完美嫁接的潜质，“随着用户花越来越多的时间在QQ，我们也发现，我们还是可以不断地延伸这个平台，除了娱乐服务以外，生活化服务也是一个重要的市场。就是进入到电子商务这个领域”。
就在淘宝用户群情激昂的节骨眼上，在腾讯新开张的拍拍网上，一项针对淘宝的“蚂蚁搬家”活动正在如火如荼地进行。拍拍网的运营模式几乎和淘宝一模一样，但是马化腾承诺将免费进行到底，来吸引淘宝商家的入驻。
“蚂蚁搬家”对马云的威胁比用户的抗议更大。DCCI互联网数据中心创始人胡延平提醒电商，互联网的便捷性大大削弱了电商与客户之间的黏性，“对消费者来讲，在互联网上是高度游离的，消费者的选择权随时随地地掌握在消费者自己的手里面”。而且，用户“倒戈”无需大动干戈，只需动动鼠标，用黄若的话来说，“电商对于所有的消费者来讲都是等距离的，就是每一个电商公司，给你的距离就是一个鼠标的距离”。
下午两点钟，随着抗议活动愈演愈烈，马云将决定权交还给了用户，通过投票来决定“招财进宝”项目的生死。10天过后，30万淘宝卖家中61%支持废除 “招财进宝”，而这距离淘宝开始收费，仅仅一个月时间。
对此，淘宝网亦百感交集。投票结束的时候，这些七尺男儿竟泪湿眼眶。电商希望能获得忠诚的用户，但忠诚本身就是一种交易。只有电商首先做出承诺，并且恪守承诺，才能换来用户的信任。
淘宝承诺继续免费，也让拍拍网失去了赶超的机会。
腾讯电商控股公司CEO吴宵光并不掩饰拍拍网的高度复制性，“你要想刻意地说你跟别人不一样的话，反而有可能让你牺牲了用户的价值，有些东西，用户的需求，你绕不开，你应该去做同质化的竞争”。
黄若指出，缺乏创新是拍拍网的软肋，“他们不温不火最主要的原因就是，他们没有从一个创新的角度，寻找一个新的行业格局的角度，而只是跟着淘宝走亦步亦趋。我觉得这种我还是很相信一句话叫开局决定结局”。
在淘宝与腾讯缠斗之时，其他对手并没有放慢追赶的脚步。从北京中关村脱颖而出的京东商城，2010年网上销售额突破了100亿元大关。在沃尔玛的支持下，1号店每月用户增长超过了20%。2013年初，eBay又杀马回来，战略投资深圳本地电商走秀网。
而更加现实的挑战来自移动端，诞生才两年的手机微信，迅速吸引了4亿用户，它甚至改变了用户使用手机的姿势。随着微信开始涉足电商，腾讯收购易迅网，马化腾又一次让马云不安起来。
上一轮的电商大战硝烟还未散去，新一轮争夺用户的竞争，又在一个全新的维度上拉开了帷幕。