以日本2010年度出版的教科书为例，通过翻阅日本40余种历史教科书，除了扶桑社的教科书之外，绝大多数日本历史教科书中都能提到南京大屠杀的事实。教科书通常使用日军进入南京的照片，但没有一本书中采用了南京市民被日军残害的照片，而日本学生们在这样的教科书中，根本找不到日军残暴行为的具体痕迹。
而在扶桑社的教科书中，提示战争概括如下。“日军攻克了中国首都南京。……因为南京战是激战，两军死亡人数在10多万。当时，在南京有20万一般市民，这些市民几乎都逃到‘安全区’避难，所以避免了大的受害。占领南京后，日军对南京的‘良民’进行了保护。”
这40多册书中，关于南京大屠杀的记述通常都包括正文、注解和照片。正文记录平均为2到3行，不到百字。其中，记录较详细的是实教出版社的《现代日本史B》（B代表从古代到现代的整体史），文中不但介绍了南京大屠杀的基本情况，还引用了日军师团长中岛今朝吾的日记和美国《纽约时报》对南京大屠杀的报道。记录较少的是桐原书店出版社的《新日本史B》，尽管在注解中对南京大屠杀的情况作了详细介绍，但正文中只用“1937年12月，日军占领了国民政府首都南京”一句话带过。
日本的教科书中很多对南京大屠杀附上了注解，而且注解的篇幅普遍长于正文描述。正文一般都是笼统地说一下曾经发生过南京大屠杀，注解中则分为两部分，一是稍微详细地扩展了日军到底在南京犯下了什么罪行。二是介绍中日两国不同的学者之间对于南京大屠杀受害者数字的差异。几乎所有介绍了南京大屠杀被害人数的教科书中，在介绍中国官方说法“人数”的同时，也补充了日本学者间的不同见解。多数教科书中使用了20万人以上的说法，但只有扶桑社等极少数书中使用了受害人数还在争论中的暧昧论调。
日本学者把南京大屠杀概括为“南京大虐杀”、“南京虐杀”和“南京事件”三种。一般认为，虐杀可以译为中文的屠杀。有的日本学者承认屠杀，但对是否构成“大屠杀”表示怀疑。有的则干脆省略具有揭露罪行实质的“屠杀”二字，而简化为“南京事件”。用词的不同，实则反映了不同学者对此事件认识的差异。在这40册教科书中，大多数同时采用了“南京事件（南京大屠杀）”的说法。这也可以被视为混用和概念不清。
除了用词之外，对辅助照片的运用也值得注意。介绍南京大屠杀史，通常使用日军进入南京的照片，而没有一本书中采用了南京市民被日军残害的照片。值得一提的是，实教出版社出版的《现代日本史B》和《高中日本史》书中的注解处，提到了位于南京的大屠杀纪念馆。文中说道“纪念馆内展示了被日军杀害的30万百姓和放下武器的士兵的情况”。这样的叙述给学生提供了一个了解更多真相的窗口。但是这种尝试在现行的教科书中还只是凤毛麟角。
在介绍完南京大屠杀后，教科书中都使用了“但是”一词，“但是，日军遭到了国民党军队的顽强抵抗”，“战时日本百姓对此并不知情”等。看日本教科书中关于南京大屠杀的表述，不能光看正文，还要看与上下文的衔接。因为编委们试图通过上下文向学生暗示导致日军侵华战线扩大及造成南京大屠杀的原因。
那么，导致南京大屠杀发生的原因是什么？各教科书中均未给出明确答案，而是采用了所谓“背景介绍”。背景介绍主要有两种，一种是直接写“从卢沟桥事件以来，日军在中国战线不断扩大，一路南下到达上海，随后又占领首都南京”。另外一种是“卢沟桥事件后，国共两党组成统一战线，日军遭到了中方的顽强抵抗”。
例如：山川出版社
正文：1937年（昭和十二年）12月，日军占领了中国首都南京。当时，日军杀害了包括非战斗力量在内的多数中国人（南京事件），随后受到了国际社会的强烈谴责。
注解：关于被杀害人数，有从数千人到30万人（目前中国的官方见解）的各种说法。尽管说法不一，但至今实际情况仍不明了。
日本各出版社还配套出版了教科书的教师用书和学生练习题集。比如三省堂出版的《高中日本史B》的教师指导资料中，就分析了产生南京大屠杀的五个理由，具体为：“一，日军对士兵尊重人权观念教育的欠缺。二，日军特有观念认为被俘虏是最大侮辱。这一观点也反映在对敌方俘虏的做法上。三，对中国人的歧视和蔑视。四，无视补给不足，以现地征集为幌子的掠夺。五，对（侵略）战争的目的不明了，中国军民的顽强抵抗加剧了日方的怨愤。”
该书还特别补充说明了“虽然日本国内以田中正明为代表的人认为南京大屠杀是虚构的，但这只是极少数人的观点。洞富雄、藤原彰、本多胜一等人的调查研究证明了屠杀是不可动摇的事实”。
另外，三省堂、实教出版社等的习题集中，都通过填空题等强化了学生们对南京大屠杀的记忆。比如实教出版社的题目是这样的，“侵占上海后日军向内陆侵略不断扩大，发生了民众屠杀事件（请回答代表事件），此外还使用了掠尽、烧尽、杀尽（请回答这被称作什么）的作战方式。”
以上介绍的都是一些被认为有历史良知的出版社的教师用书。
在教科书的事项解说中，编委们还对南京大屠杀作了单独介绍。原文如下：“南京事件，是1937年12月日军占领南京后在6周时间里，杀害多数南京军民并被世界非难的事件。……今天，中国政府的说法是30万人被屠杀，但这个数字超过了当时南京的最大人口，几乎没有研究者支持这一说法。研究者对受害人数的见解分为三派，大屠杀派认为10万到20万人，中间派认为1万人前后，虚构派认为几乎不存在不法杀害。现在这些争论仍在继续。”午后。书社！
扶桑社的解释方法是欲将焦点集中到人数争论上，而其他很多出版社的材料中则认为“虽然关于受害规模还有不同说法，但攻占南京后的非战斗时期，多数中国人部分男女老少被杀害的情况是事实”。
很多日本的历史学家曾评述，从学术研究的角度说，南京大屠杀抹杀论者在历史和世界和平面前不会成功，笠原十九司教授在《南京事件与日本人》中曾说过：“在历史学研究中，由史料所证实的历史事实是研究的共同出发点，这是最基本的准则。在这个意义上，南京屠杀作为历史事实，是历史学界的定说，南京事件的论争，也应该从这里出发。”
其实，若干日本学者的所谓研究，不过是文字游戏。无论有无条约规定，是否有法律管制，日军在南京大规模屠杀战俘和平民的行为，都是一种反人类的罪行。因为日军的行为违反了人类的基本准则，这才是南京大屠杀的真正罪恶所在，这根本不是任何法律条文可以改变的。