南昌起义的主力部队在潮汕兵败，朱德率领的这支部队顿时变成了孤军。
来不得半点犹豫，茂芝会议后，朱德等率领部队立即穿插北上，冲破国民党反动派的包围圈，向湘粤赣边界转移。
起义军北上行动，很快被国民党反动派发现了。在三河坝地区沾了些便宜的钱大钧连忙调集一个师的兵力紧紧尾追而来。当起义军经福建的大埔、永定、焦岭、峰市，于10月16日进抵闽赣交界的武平县城时，钱大钧率领的第十八师就追上来了。
起义部队原预备在这里休整一天后再向西行。不料，全军将士刚刚在城内安顿下来，钱大钧部已抵达城外。
一场恶战在所难免！
由于起义军毫无准备，仓促应战，加之缺粮少弹，士气也不太高，实在不便与敌人持久地硬拼硬打。所以，在激战了两个小时后，朱德便下令部队撤出战斗，向武平西北方向转移。
当部队退到城西北5里外的石径岭一个地势十分险要的隘口时，预先埋伏在这里的当地反动民团已占据有利地形，拦住了起义军去路。后面又有钱大钧的重兵追上来了，部队陷在一条窄窄的小山道上。敌人前后夹击，情形极为险恶。如果不尽快从隘口冲出去，后果不堪设想。
就在这个危急的关头，身为最高指挥官的朱德挺身而出，出现在部队的前面。他命令开路的部队先疏散隐蔽起来，以减少伤亡，自己则带领身边几个警卫人员，从长满灌木的悬崖陡壁上攀登而上，突然出现在隘口上的民团后面。遭此突然袭击的民团武装，顿时惊慌失措，在没有弄清楚到底有多少人的情况下，已纷纷逃散。这样就给部队让出了冲出险境的道路。
当部队官兵急速地从隘口通过时，都清楚地看到朱德手执一支驳壳枪站在一块断壁上进行指挥的情景。这一情景深深地刻在了起义军战士的脑海中、心坎里。几十年后，当时担任班长并在战斗中负伤的粟裕这样深情地回忆道：“这次战斗，我亲眼看到朱德同志攀陡壁、登悬崖的英姿，内心里油然产生了对他无限钦佩和信赖之情。经过这次石径岭隘口的战斗，我才发觉，朱德同志不仅是一位宽宏大度、慈祥和蔼的长者，而且是一位英勇善战、身先士卒的勇将。”
确实，通过这次战斗，不仅使粟裕而且使其他绝大多数人都重新认识了朱德。他以英勇善战的形象开始赢得官兵们的敬佩和信赖，为他日后得心应手地指挥这支部队打下了最初的基础。
冲出隘口后，起义部队进入赣南山区，总算摆脱了强敌的尾追。此时，起义军“尚存实力约1500人左右，枪支在1000以下，机枪两挺”。
10月中下旬的赣南山区，天气已逐渐转凉，但部队官兵仍穿着单衣短裤，甚至赤着脚。寒冷、饥饿、疾病折磨着大家，使大家思想很混乱，离队的越来越多，行军路上遇到岔道，便有人不辞而别。
就在这时，一些黄埔军校出身的军官，其中包括第七十三团七连连长林彪，找到陈毅，表示要离开队伍，另寻出路。他们动员陈毅一起走：“你是个知识分子，你没有打过仗，没有搞过队伍，我们是搞过队伍的，现在队伍不行了，碰不得，一碰就垮了。与其当俘虏，不如穿便衣走。”
陈毅摇了摇头：“我不走。现在我拿着枪，我可以杀土豪劣绅，我一离开队伍，土豪劣绅就要杀我。队伍存在，我们也能存在。你们要走你们走，把枪留下，我们继续干革命。”
见劝不动陈毅，那些军官们只好自己“溜号”。据人回忆，当时林彪也曾自行离队，但几天后又自动地回到了部队，跟着部队转战湘南并上了井冈山。
假如当时林彪没有回心转意，就这样一走了之，也就不会有后来威震敌胆的共和国元帅林彪，也就不会有折戟沉沙的“副统帅”林彪。不过，历史不能假设！
10月下旬，部队抵达安远县的天心圩时，已不足900人。师团级政工干部就只有陈毅一人了。中国共产党独立领导的这支革命武装已处于崩溃的边缘，面临着生死攸关的严峻考验。
在这异常艰难的时刻，朱德、陈毅挺身而出。他们在一个山坳中召开了全体军人大会。
朱德首先宣布：“同志们！你们的师长团长我派他们去执行任务去了，从今天起，这支队伍就由我和陈毅来领导。”
接着，他大义凛然地说：“要革命的，跟我走。不愿继续奋斗的，可以回家，不勉强。只要有十支八支枪，我还是要革命的。”他拿俄国十月革命所走过的曲折道路作比喻：“俄国革命1905年失败后是黑暗的，但黑暗是暂时的，到了1917年革命终于成功了。中国革命现在是失败了，中国现在也是黑暗的，但黑暗遮不住光明。只要保存实力，革命就有办法，就能成功。”
陈毅也在会上讲了话。他说：南昌起义是失败了。但南昌起义的失败不等于中国革命的失败。中国革命还是要成功的。我们大家要经得起失败局面的考验，在胜利发展的情况下，做英雄是容易的。在失败退却的局面下，就困难得多了。只有经过失败考验的英雄，才是真正的英雄。
这些铿锵有力的话语，极大地鼓舞和教育了部队官兵。正是从这次军人大会开始，朱德才真正成为了这支队伍的领袖，陈毅也才有了威信。
在此危急关头，还有一个为辅佐朱德掌握住这支队伍立下汗马功劳的人，他就是第七十四团参谋长王尔琢。
在南昌起义后曾立下“革命不成功，就不剃胡子和头发”誓言的王尔琢，虽然只有二十几岁，却是满面胡须，长发披肩。他毕业于黄埔军校第一期，为人十分忠厚，在第二十五师中向来有“黄埔老大哥”之称，很受那些比他晚毕业的营、连长的敬重。特别是当师、团两级军官差不多都离队后，他便成为这支部队中资格最老、地位最高的“本地户”。他的一言一行在部队中都有着举足轻重的作用。开完军人大会后，他以黄埔老大哥的身份一个个地找营、连军官们谈话，要大家坚决服从朱德的领导，他本人也真心实意地为朱德在军事上出谋划策，当好参谋。
可以说，在以后的日子里，朱德能够顺利地把南昌起义剩余下来的这支部队带上井冈山，政治上主要靠的是陈毅，军事上主要靠的就是王尔琢。
为了巩固部队，保存好革命的火种，10月底到达粤赣边界的大庾后，朱德、陈毅适时地领导部队进行了有名的大庾整编。撤消了已成空架子的军师建制，将余下的800多人统一编成一个纵队，为了隐蔽，对外号称“国民革命军第五纵队”，朱德化名“王楷”，任纵队司令，陈毅任指导员，王尔琢任参谋长。下辖7个步兵连、1个迫击炮连和1个重机枪连。
与此同时，在陈毅主持下，对党团组织也进行了整顿，重新登记党团员，成立党支部，把一部分党团员派到连队中去，加强党在基层的工作。
经过这次整编，“部队走向统一团结了，纪律性加强了，战斗力也提高了”。
11月上旬，在朱德、陈毅率领下，恢复了生机和活力的南昌起义军余部进入湘粤赣三省交界的崇义、上犹山区，开展打击土匪恶霸、宣传发动群众的活动，并在崇义的上堡再次进行了军事整训，首先强调纪律，规定募款、缴获全部归公；其次开展军事训练，提出新战术，由正规战开始向游击战方向转变。
时近隆冬来临之际，气候一天天恶化，部队战士却还穿着单衣单裤，粮食、弹药、医药等更是严重缺乏。如何解决给养，成为摆在这支部队面前的首要问题。
正当朱德等领导人为此事发愁之时，驻防广东韶关和湖南汝城一带的国民党第十六军军长、朱德过去在云南讲武堂的同班同学范石生派人前来联系，希望与朱德率领的南昌起义军余部合作。为了解决部队给养问题，朱德、陈毅经过研究后决定，在确实保持共产党武装独立自主的原则下，愿意与之合作。
11月下旬，朱德率部来到距离上堡90多华里的湖南汝城，并在少量武装人员的护送下，亲自与范石生进行了谈判。经过两天的磋商，范石生接受了朱德的条件，同意：（一）朱部是共产党的队伍，一切行动听从共产党的调动，组织上独立，政治上自主，军事上自由。（二）朱德部改称国民革命军第十六军第四十七师第一四零团，朱德仍以王楷名义任第十六军总参议、第四十七师副师长兼一四零团团长。（三）先发给一个月军饷，并配以一定数量的枪支、弹药、服装等军需用品。
通过与范石生部建立合作关系，起义部队得到了衣食弹药的补充，暂时摆脱了困境。
在汝城谈判期间，经范石生部的中共地下党员介绍，朱德、陈毅与由汝城、宜章农军组成的工农革命军第二师第一团200多人取得联系，并于11月26日至28日在汝城召开了湘南、粤北各县党组织负责人联席会议，讨论布置了举行湘南年关暴动的问题。
12月上旬，朱德、陈毅率部随第十六军军部向韶关转移。途经仁化时，与中共北江特委取得联系，并得到中共中央要他们率部南下参加广州起义的指示。当他们率部到达韶关时，却传来了广州起义失败的消息。于是，部队便在韶关西北40里的犁铺头驻扎下来，开展了紧张的练兵运动，为日后举行武装起义进行多方面的准备。
广州暴动失败后，蒋介石发觉南昌起义军余部隐藏在范石生军中，于是密令范石生解除其武装。范石生不忘旧谊，不仅没有执行命令，还秘密通知朱德率部火速离开，并赠送银元几万元和一批子弹。于是，朱德、陈毅以演习为名，在1928年1月4日悄悄离开犁铺头北上，准备绕道南雄、翁源前往北江的海陆丰。当抵达仁化境内时，发现大量国民党军正往南雄方向开进。显然，如果部队继续向海陆丰方向前进，必然会与之发生战斗，后果不堪设想。在此情况下，朱德采纳了不久前由中共北江特委介绍到部队来担任团副的龚楚的建议，折回向西北进，到群众基础较好的湘南去实现早已计划中的湘南武装起义。
北进湘南，随后又上井冈山，历史就为南昌起义剩余下来的这支队伍提供了一个难得的机遇。如果真的去了海陆丰，那么以后的遭遇，很可能会像已到那里的董朗所率的第二十四师余部和广州起义后的教导团一样，最后在背山面海的狭小地域里全部被广东军阀吃掉。现在去了有广阔回旋余地的湘南和湘赣边区，那才是大有作为的一片天地。