“以农业为基础”，是建国以来周恩来致力发展整个国民经济的一以贯之的指导思想。1966年春，作为农村经济工作的一个战略主攻方向，中共中央、国务院决定成立北方八省（市、自治区）农业领导小组，由周恩来“挂帅”组长，并兼任河北、北京小组组长。
随后，周恩来在天津的一次会议上发表讲话说：“从全国说，我们一穷二白的落后状态未摆脱，工业、农业都比较落后，甚至不能不承认，我们社会主义国家比资本主义国家还落后。”“光学习毛主席著作，不联系这个（实际）不行。”“华北区是个光荣的地方。我对华北有了感情。我过去是在华北受的资产阶级教育，现在我还是在这里。在这儿要活一天干一天。因此要不断学，不断改造，把主要力量用在主要方面，把当前的抗旱救灾一直抓下去。”
4月初，周恩来来到邯郸地区磁县，巡视打井抗旱、合理安排劳力等问题。他向当地干部坚定地表示：“北方抗灾生产抓他十年八年，一定要抓出个名堂来！”
4月10日，周恩来在回答巴基斯坦《黎明报》记者提问时充满信心地宣布：“中国是比过去强大了一些，但还不很强大。中国人民正在按照毛泽东主席的教导，奋发图强、自力更生地进行社会主义建设。不论遇到什么风浪，勤劳勇敢的中国人民经过二三十年的努力，一定能够把中国建设成为一个具有现代农业、现代工业、现代国防和现代科学技术的社会主义强国。”
建设一个包括农业现代化在内的四个现代化的强国，这正是周恩来长期以来由衷的愿望。虽然“文化大革命”的爆发，打断了周恩来从农业入手进而推动整个国民经济持续发展的计划，但是，周恩来仍不忘对农业生产的密切关注和具体指导。十几年经济工作的经验和教训使他懂得，稳住农业，就稳住了国民经济的大头，稳住了国家政治经济生活的大局。
1966年6月上旬，鉴于夏收、夏种、夏管季节的来临，周恩来同副总理谭震林、李先念商量后决定，从国务院农业口和财贸口各部委中，抽调一名副部长和30名干部，组成“三夏”工作队，分别到北京郊区各县抓“三夏”工作，支援麦收。15日，周恩来应邀出访罗马尼亚、阿尔巴尼亚。离京前，周恩来得知国务院有关部、委因搞运动使原定抽人支援京郊农村“三夏”发生困难，即明确指示：“每部、委都应参加一部分人，这也是一种考验。”他还在许多场合指出：一定要抓季节，要不误农时，讲“关心国家大事”，搞好秋收秋种也是“大事”之一，从季节上说，是目前最大的事情。
“红卫兵运动”中，周恩来及时发现并制止了一些学生组织提出的不利于稳定农村经济政策、妨碍广大农民生产积极性的口号，强调农村社队集体经济的基本核算单位不变，国家对主要农副产品的收购价格在相当一段时间内不动，农民个人仍可继续保持自留地、饲养家禽家畜等。1966年9月，针对河北省一所农业中学提出“把一切自留地、自留园田、自留树交给人民公社”的倡议，周恩来当即派人调查此事，告诫在这些牵动全局的问题上不可“一哄而起”，否则“就会对农业生产不利”。
1967年3月，为了减轻“全面夺权”对农业生产的破坏，周恩来提出：应“迅速建立县一级的‘抓革命、促生产’第一线指挥部”，以便“动员一切力量狠抓农业及其增产措施，狠抓工业、交通、财贸、卫生、教育等方面工作及其对春耕生产的支援工作”。同年9月，国务院成立了“抓革命、促生产”棉花小组，指导全国棉花生产和收购工作。1968年以后，周恩来还亲自过问抗旱打井、防洪排涝、主要农副产品等方面的工作，并直接抓化肥、农业机械等支农工业的建设。
在这段时间里，尽管国务院有关机构和人员发生了巨大变化，出现从未有过的阻力和困难，但由于周恩来和国务院有关部门的不懈努力，整个农业形势没有出现大的动荡和反复。1968年7月，李先念、李富春副总理上报党中央和毛泽东的国务院业务组《关于1967年度粮食情况的简报》中说：1967年粮食比上年增产383亿斤，农村粮食情况进一步好转。此后连续几年里，全国农业状况一直趋于稳定。
和农业情况相比，工业形势要严峻得多。尤其是铁路运输部门，始终处于“老大难”地位，成了周恩来的一块心病。
事实上，早在“文化大革命”发动之初，工交系统“革命”与生产的矛盾就已经存在了。1966年6月，刘少奇、邓小平向毛泽东报送《中共中央、国务院关于工业交通企业和基本建设单位如何开展文化大革命运动的通知》稿，获得批准。随后又制定出关于上面《通知》的《补充通知》，要求各级党委在进行文化大革命的同时，采取各种措施，抓好工交生产。这两个文件的主旨，是对工交企业的“文化大革命”进行必要的限制。尽管如此，“革命”对生产的冲击已见端倪。7月中下旬，上海市工业生产中开始出现事故增多、产品质量下降、干部放松生产业务工作等问题。
随后发生的全国性的“大串连”活动更是给铁路部门带来了严峻的考验。在红卫兵“大串连”高峰时，周恩来每日都要仔细审看工交部门汇总上来的生报表，哪个铁路局的货运量减少了，哪个煤矿的产量降低了，哪种产品的原料供应不上了，他都亲自过问、查询，找有关领导研究解决问题的措施。他一再向国务院有关同志讲：“无论多么困难，都要妥善处理好学生串连与生产建设的关系。首先，必须安排好维持生产建设所必需的货运力量，然后，安排好客运计划，在客运计划中留有一定余地以应付学生串连之需。总之，无论如何不能让生产受到影响。”当时担任铁道部部长的吕正操（因被群众批判已不能正常工作）为此感叹道：周总理这是在替我当铁道部长啊！
就在铁路交通秩序勉强维持之际，最大的工业城市上海发生了一起震动全国的产业工人卧轨拦车事件——“安亭事件”，造成沪宁全线客货运输中断30多个小时的重大事故。在处理事件的过程中，中央文革小组副组长张春桥公然置中共中央以及华东局、中共上海市委的正确意见于不顾，擅自发表肯定“安亭事件”的言论，并签字承认以王洪人组织“造反”、“串连”，工矿企业也和学校一样，可以“停产闹革命”的先河。
对“安亭事件”的做法，周恩来是不赞成的。这种做法，明显违背了他在事件发生前有关“抓革命、促生产”的一系列言论和实际努力。事件发生后，周恩来多次批评类似的行动，竭力维护铁路运输的正常秩序。
11月16日，周恩来亲与江苏省委负责人通话，要求省委出面做好拦车群众的工作，放行被拦车辆。指出：“这关系到国家的信誉，关系到交通运输，关系到劳动人民。”
28日，周恩来亲笔修改以国务院名义发给滞留在四川广汉（宝成线站名）的“成都工人造反团”电文：“请你们认真考虑：成千的工人同志来北京请愿，既不便于接待和会谈，也会影响你们工厂的生产。如果另一方面工人同志也照样来京，那将更影响生产。”
在“安亭事件”发生一个月之后，周恩来向参加工交座谈会的成员及一些省、市负责人提出：必要的“条条”中央还要发几个，并且一定要保证有效，如保障交通运输、城镇水电供应。因为这是广大人民群众的利益，关系到国计民生。你把火车停了，这不能叫“革命行动”。出现这样的事，首先我们作自我批评，然后指出这种做法是错误的。否则，就没有原则了。
12月13日，周恩来又就中共中央、国务院关于保证铁路运输正常秩序的通告（经周修改）致信陈伯达、江青：“碰头会上根据一个月来各地拦车情况，起草了这一通告，现送上请中央文革小组加以讨论，并提出小组的意见，以便确定报请主席、林彪同志审批。附上一个月的工人拦车情况，请参阅。”
周恩来以“安亭事件”作为统计全国铁路交通混乱的起点，正表明他对此的态度。同时，他采取先摆事实，再发通告的办法，也是为了使中央文革小组在事实面前无计可施。
1967年元旦，周恩来亲自过问上海铁路局的工作。当时担任上海市委第一书记的陈丕显回忆：（1966年）12月31日下午，北京传来消息，中央决定要我出来工作，首先整顿铁路秩序，总理将直接给我打电话。我立即抱病赶到上海北站解决交通问题。1月1日凌晨3时，我在北站铁路公安分局听到周总理的声音：“丕显同志，你好吗？中央决定要你出来工作，上海一定不能乱，南北铁路交通一定不能断！……”我问候了总理，并告我现已在铁路局，正在做工作，力争明天通车。在周总理的关怀下，上海铁路终于在第二天通车了。
周恩来不分昼夜的劳顿，加上他对群众组织的苦口婆心的批评和劝导，确使一些地区铁路运输部门的生产业务状况有所改善。但是，由于指导“文化大革命”的错误理论没有也不可能从根本上改变，其“左”的实践也必然会恶性发展，乃至愈演愈烈，欲罢不能。这种情况，当然是周恩来的主观愿望所无法改变的。他能够做到的，就是在某些方面、在某些重要环节上，继续起控制局势和减少损失的作用。可以说，没有周恩来的这些努力，整个工交生产情况还要坏得多。